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标题:环介导等温扩增技术专题讨论 [转自 丁香园论坛]

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空气中已经存在以前未用dUTP时的扩增产物了,再使用无效的。

不过可以控制接下来的可能产物污染。
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你好,看到你说防止污染可以用UNG酶,但是要使UNG酶的失活,温度需要多少?因为BST酶80度左右就很容易失活,是否会受到影响呢?
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我从事这项技术两年多,发现该技术也存在很多缺点,虽然原理上特意性很高,但假阳性也很多.
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我就在这里抛个砖~
(1),它的扩增产物不能够进行测序,克隆,表达。
(2),其实2000年的那篇文献也没有把最基本的扩增机理说清楚,酶切固然可以说明一定的问题,但是金标准还是测序,个人觉得应该把在F3和B3之间的扩增条带切胶回收,连入载体,然后再去测序,看是不是这些是重复序列。这样才更具说服力。
(3)特异性的问题,我同意zzzshandong的观点,因为你很难判断你的扩增是特异的还是非特异的,理论上说识别6或8个区域,但是需要用实验去证实一下。
(4)灵敏度,我不知道楼主怎么和PCR做的比较,你能用什么证明你的PCR已经达到最好的扩增能力,也可以换个角度去想,你怎么知道LAMP扩增的是特异性的?因此我觉得从这个角度去看,二者比较的可行性值得商酌。个人觉得应该有个标准的东西。

我个人觉得helix dependent amplification 这个技术更好一点(不是做广告),它有明确的扩增条带,引物只需要一对,机理比较简单,容易去验证。而且是最模仿生物体内的DNA复制。唯一的缺点就是引物设计要求非常高,常常需要去设计一大批引物,然后去賽选。

呵呵,个人观点,仅供参考~  
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helix dependent amplification 和LAMP我都尝试过,helix dependent amplification在中国还没有成型产品,购买国外进口试剂又很贵,不过该技术发展前景广阔。LAMP技术我做了两年多,做的比较成功,但其灵敏度和特意性还有待确证。呵呵(个人意见)。恒温扩增试剂盒的开发应该是一个比较有前途的思路,但是开发出价格低廉和傻瓜式操作的恒温扩增试剂盒还需要一段路要走,否则无法超出PCR的局限。
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1)的确,LAMP扩增产物不能够进行测序,克隆,表达。这不是它的长处,它的最大优点是:时间快、等温和高产量,因此最大的用途就是病原微生物的快速检测等。如果要做测序,克隆,表达,您根本就不用考虑它。

(2)把在F3和B3之间的扩增条带切胶回收,连入载体,然后再去测序,这也只能说明您切下来的条带是什么,还有太多的条带你切不下来。所以,更具说服力的是,用F1和B1之间的序列做探针去杂交。

(3)特异性的问题,PCR仍然存在,不过LAMP更加复杂一些。当然用酶切、杂交及您说的测序可以作出初步的判断。我想,用F1和B1之间的序列做TaqMan探针荧光定量,应该能够知道是否特异扩增了。

(4)灵敏度。二者比较的可行性的确值得商酌。标准的东西,是很难的。但是,不管PCR是否已经达到最好的扩增能力,但扩增方案一旦确定(尤其对于病原微生物检测的试剂盒),您就一般不会变更它。反过来,你也不用证明LAMP已经达到最好的扩增能力。从理论上看,LAMP的后续扩增可以不依赖引物和模板,因此,它的扩增能力比PCR强是可能的。

最后,我想说,没有十全十美的技术。每一种方案都有它的优缺点,关键是看您需要做什么。没有最好的,只有相对更合适的。
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您说的很中肯。的确还需要一段路要走。如果完全成熟了,也就没有太多讨论的必要了。就向N年前,我们需要讨论PCR的引物浓度、dNTP浓度、Mg浓度、循环参数设置等问题,现在这些问题都成定论了。
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防止污染可以用UNG酶,温度只能是65度,30min可基本灭活。所以,如果用了UNG,LAMP前段的扩增产物会部分被消化。解决办法是:延长反应时间至90min。
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杭州某公司开发出的切口酶扩增技术是在SDA技术的基础发展起来的,已经申请了专利,不知道您对该技术了解多少?
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请问您做过helix dependent amplification 那方面的工作?结果怎么样?最重要的事情是您是怎么设计引物的?因为这是该技术的核心,谢谢~
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