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标题:国内外SNPs研究的进展及展望 [转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-16 10:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
好久都没有来看了，这个贴不能让他沉下去，要让大家知道其实很多人说的国际上不留行做的SNP其实是一个非常非常热的话题，只是限于国内SNP文章漫天飞的原因，大家都觉得没有什么新意。但是要做的工作似乎很多哦，看这方面的文章越多就觉得越有必要做下去。
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发表于 2011-8-16 10:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我的试验做完了，现在在试验数据统计了，现在有些问题想问问，不知道版主和楼主是否还在关注这个问题呢？1，做Hardy-Weinberg equilibrium到底如何做，如何分析？第二，我在试验数据统计的时候发现，有两个SNP位点，同一个基因上的SNP位点，相隔比较仅，在基因分型时，如果某个标本前一个位点的基因型是CT，另外一个位点的基因型似乎肯定就是TC型，如果前一个是TT型，另外一个似乎必定是CC型，依次类推，似乎我只需要知道前一个位点的基因型就能判断另外一个位点的基因型，几乎所有的标本都是这样的。这个说明了什么问题，是不是说明这两个位点完全连锁或者强连锁！我对连锁分析还是一知半解，希望楼主和版主指导。谢谢！我自己正在看这方面的文章，但是文献中一般只说做了连锁分析，到底怎么分析没有说出来！第三，如何做单体型分析！
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发表于 2011-8-16 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
再次请教一个小问题：在分析中OR[95%CI]怎么描述？大于1时和小于1时（当然p值是小于0.05的情况）分别代表什么意义？谢谢！
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发表于 2011-8-16 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
OR值代表的是优势比odds ratio, 大于1说明该研究因素是所研究疾病的危险因素，小于1是保护因素。这是流行病学研究中最常用的一个名词，你也可以查一下相关的流行病学教材，里面介绍的很详细。
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发表于 2011-8-16 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家有没有关于 SNP与 先心病方面的 资料
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发表于 2011-8-16 10:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教 大家谁有做SNP的TaqMan的文章啊，
谢谢
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发表于 2011-8-16 10:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
第二篇是发表在NATURE 上的一篇综述，主要内容是关于如何评价关联研究中SNPs的功能的，给出了把潜在功能性SNPs分为强功能性，中度功能性及无功能性三类SNPs的标准，从SNPs所在序列信息、进化保守性的有无、人群遗传学、实验室功能学证据、暴露评价（如基因型-环境交互作用研究）和流行病学证据等各个方面综合加一界定。
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发表于 2011-8-16 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
版主你这篇文章对我来说真是场及时雨啊，让我对SNP研究有了新的认识，不然我就一直躲在死胡同里面了！久旱逢甘霖，谢谢！
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发表于 2011-8-16 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
Transferability of tag SNPs in genetic association studies
in multiple populations
这是发在nature gentics 上一篇很有意思的letter
证实了HapMap
DNA samples can be used to select tags for genome-wide
association studies in many samples around the world.
SNP genotype 和tag SNP的 方法里面也有介绍.
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 小中大
有没有朋友能系统地介绍下taqman？
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