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标题:国内外SNPs研究的进展及展望 [转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-16 10:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
给大家分享一篇上海交通大学在BBRC上刚刚发表的SNP文章，用的是连接酶检测反应（ligase detection reaction），BBRC我查了，06年的IF是2.855好像。
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发表于 2011-8-16 10:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
PCR-LDR这个方法检测SNPs不太好，重复行不好，而且探针设计麻烦，反应条件摸索很麻烦，总体来说不是能大量推广的技术~~
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发表于 2011-8-16 10:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我看了很多关于多态性的文章，在国内这类的文章实在是太多了，但是样本量都不是很大，上次在园子里面看了一篇关于做多态性，样本量的计算的问题，但是看得不是很明白，这里有哪位可以介绍介绍下吗？此外，我还想想问一问，是不不是绝大大多数的SNP都可以用PCR-RFLP的方法来测定！  
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发表于 2011-8-16 10:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
推荐一下Hi-Res Melting™技术（HRM）检测SNP或未知突变（或SNP）初筛，没有用过，看过原理，比较感兴趣，类似qPCR仪上的溶解曲线分析，但灵敏度比在qPCR上要好的多，应该重复性也不错，通量也很大。

Idaho公司的产品说明：
cuturl('http://www.rapidcycler.com/LifeScience/HiResMelting.htm')

BioTechniques上的protocol
cuturl('http://www.biotechniques.com/default.asp?page=protocol&subsection=article_display&id=112358')

另外：Rotor Gene 6000 qPCR仪据说也可以做到HRM分析
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发表于 2011-8-16 10:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
建议上传相关文献，LDR这种方法据我所知目前在国内有很多单位和科研机构在使用，具体的优缺点广大战友不尽熟悉~
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发表于 2011-8-16 10:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢斑竹的关注,我说的都是我们这里做的实验结果,可能其他实验室做的更好一点,不过文献我到可以上传一些,(电脑坏了,过一段时间我会上传的)
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发表于 2011-8-16 10:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
很好的帖子,学到不少,但是为什么大家在SNPs的分析方法中都没有提到引物序列特异性PCR(PCR-SSP)技术呢,现在采用这种方法的文章也很多啊!而且我个人认为该方法的性价还是很好的,大家不妨看看相关的资料!

另外我有一个问题想向各位请教:我的课题是用PCR-SSP的方法分析4个位点的基因多态性,本来我4个位点的反应条件和反应体系均很稳定且高效,并且已经很顺利的完成了120份DNA标本4个位点的多态性分析,但是自此后,我其中一个位点就跑不出来,我起初怀疑引物出了问题(刚新稀释了引物,前面的用完了),于是先后从新合成了3遍(2次invitrogen,1次生工),并且彻底更换了所有试剂,并同时采用阴性和阳性对照,但结果仍无改观.我也怀疑过是DNA质量问题,但是同一批DNA跑其他3个位点都没问题.我几乎想尽了所有的办法,也向所里所有老师请教过,但都没有肯定的解释.昨天,我把以前该位点跑的好的DNA和跑不出来的DNA各5份加上阴性对照共11份做了比较,电泳结果显示:以前跑的好的DNA仍跑的很好,跑的不好的DNA仍没有跑出来,阴性对照显示没有污染.从这个结果看来很可能是DNA质量问题,但是其他3个位点却没有问题!这是什么原因呢?不知哪位师兄师姐有好的建议，请多指教！万分感激！
我用的DNA提取试剂盒是Qiagen GENTRA Puregene blood core kit B , Lot NO :GS22215.出问题前用的盒子是GENETRA Puregene blood kit , Lot NO : D-5000.厂家称GS22215与D-5000的组成完全相同,前者是后者换包装后的产品(品牌兼并的原因).
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发表于 2011-8-16 10:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼上战友提高的SSP的分型技术目前在国内外应用还是很普遍的，特别是对小到中量样本的基因分型，该技术不需要做E切，只需要跑2次PCR，成本比较低廉。在高通量的分型技术出现之前可以弥补RFLP方法没有E切位点的郁闷。但是该方法需要对引物质量和 特异性要求比较高，并且要设置内参。

另楼上战友遇到的问题是典型的模板质量问题，有的引物设计的质量好，所以质量稍次的模板也可以扩增的很好，但是遇到引物设计不是很好的，这种问题出现的就很普遍~
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 小中大
请教 如何从hapmap数据库中挑选候选基因的单体型标签SNP（haplotype-tagging SNP, htSNP)? 另外谁有Haploview软件，能不能给我发一个或者告诉我在那里能下载到
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 小中大
Hapmap的网址：
cuturl('http://www.hapmap.org/')

haploview可以在这里免费下载，需要装Java.
cuturl('http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/download.php')

haploview可以分析hapmap数据，并选择tagging SNP。看看haploview的userguide可以知道了。
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