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标题:国内外SNPs研究的进展及展望 [转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-16 10:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
好帖，要顶~~~~~~~~~~~·

其实现在做高通量SNP研究的技术方法也是很多的，Maldi-TOF（质谱）技术是一种，Taqman技术也可以，而测序和RFLP已经是很原始的检测方法了。大家在实验的时候可以多分析比较，根据自己的实验特点：包括样本量、研究的目标位点数、经费等，综合去考虑，而不要一条路走到低。  
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发表于 2011-8-16 10:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
有人用beckman的snpstream做snp吗？
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发表于 2011-8-16 10:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
新发展起来的依赖于锁式探针的滚环扩增检测技术是检测SNP的一个非常好的方法，特异性不亚于TaqMan探针技术。本人有设计锁式探针的经验，也有这方面的资料，可惜的是太多了不好上传。
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发表于 2011-8-16 10:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问各位，Taqman外包多少钱？那一家好？一个SNP位点探针合成多少钱？
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发表于 2011-8-16 10:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我是临床医生，对这些技术了解较少，我理解疾病的机制的研究是不是一般这个思路：

1.通过基因芯片技术初步赛选病人几个异常表达的基因（还有哪些实用办法？），然后采用定量pcr来确定一下。
2.采用CHIP的方法来对比正常人分析上面几个基因里面的SNPs的异常（比较实际的办法还有哪些？），目的就是来了解是哪个SNP导致了它所在基因的异常表达。

请高手指点，虚心学习。
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发表于 2011-8-16 10:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
思路还是可以的，但是要注意，芯片还是比较贵的，如果经费不是特别多的话，要仔细考虑了。
可以考虑其他的方法进行初步筛选
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发表于 2011-8-16 10:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
简单一点讲：初步筛选基因－－主要看文献，看别人做过没有，做过，你再做，没意义。上NCBI，查你要做的这个SNP位点是不是在中国人中出现差异的比较大，一般要5％，小了研究也没多大意义，除非样本量很大。

然后就是，做一个Case--Control，看结果，做一下统计，是否在你所感兴趣的疾病中有统计意义。

如果是筛选未知的SNP位点，做芯片是好的，但就是花钱多。如果有仪器和技术就是做sscp吧，省钱。

除了做CHIP外，还可以做EMSA。
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发表于 2011-8-16 10:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
SNP的快速筛选方法:HRM高熔点分辨曲线分析方法。基于roche的Lightcycler 480机器。
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发表于 2011-8-16 10:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
HRM（High Resolution Melt）技术使得SNP的检测上大大节约了成本、时间和劳力。HRM“高分辨率熔解”是近几年来在国内外兴起的最新的SNP工具。

这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。相关工作已获国际高等级杂志，如Nature Genetics（13）、Nature Protocols（14）等认可。在突变筛查、基因型分析，特别是SNP相关研究中HRM技术得到广泛的应用。

整个实验过程简单：引物设计合成-PCR-基因分型。

高通量：1次可检测1-384个样本，实现高通量检测
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发表于 2011-8-16 10:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
新手~~~老板刚刚让开始准备SNP的实验，结果查了半个月的文献还没有在帖子里一个晚上学习到的多，谢谢各位的分享啦~~~
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