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标题:有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-16 16:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你可以去ucsc上查
选择你需要标记方法可以显示
外显子等位置
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发表于 2011-8-16 16:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我说的是DNA上表达rRNA的基因，看到一些文献做的都是PCR 16SrDNA就是表达16srRNA的那段基因，测序在比较，作聚类分析。
还有就是核酸的就突变了一个，但是我看标出的时候把周围的几个也都标出来了，啥意思？看上面说的是突变的 那个核酸和边上的核酸有关系，不明白！还有就是在基因上SNP有突变速度？
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发表于 2011-8-16 16:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
一般来说如果离得很近的几个
snp施共连锁的，不知道是不是你说的
这样  
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发表于 2011-8-16 16:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教:

根据IL-1A-889的Rs1800587可查到序列：TCTTTAATAATAGTAACCAGGCAACA[C/T]CATTGAAGGCTCATATGTAAAAATC。我查到的所有文献都是用NcoI来切， 而NcoI 的Recognition Site: 5’…C▼CATGG…3’ 好像并不能切开Rs1800587的多态性位点。
同样，IL-1A+4845的Rs17561: TTTTAGAAATCATCAAGCCTAGGTCA[G/T]CACCTTTTAGCTTCCTGAGCAATGT。文献都用Fnu4HI来切，而Fnu4HI 的Recognition Site: 5’…GC▼NGC…3’ 好像也不能切开Rs17561的多态性位点。
总是差一个碱基，酶应该识别不了吧。

这是为什么？问题出在那里？
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发表于 2011-8-16 16:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你用cuturl('http://watcut.uwaterloo.ca/watcut/watcut/template.php')
在看一下你的位点是否和文献一致，如果还不一致，，看看文献报道的突变
和数据库是否一致
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发表于 2011-8-16 16:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我用该在线工具查过,对Rs1800587和Rs17561所推荐酶,都有一个mutation change 这样的酶能用吗?
"位点是否和文献一致"是指IL-1A-889和Rs1800587一致吗?如何才能看出?
但我想应该是一致的,我的IL-1A-889pcr产物包含了Rs1800587的片段.IL-1A+4845也是如此.而且Rs号也是文献上告之的.
"文献报道的突变和数据库是否一致 "指哪个数据库?
请您说的详细一点,
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发表于 2011-8-16 16:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
就是和dbsnp数据库
IL-1A-889和Rs1800587一般是指il-1a全基因组
的第889个碱基突变，不过没写突变成什么呀
你可以找出基因组数一下然后看看是不是和rs1800587一致
注意有正反向问题

根据IL-1A-889的Rs1800587可查到序列：TCTTTAATAATAGTAACCAGGCAACA[C/T]CATTGAAGGCTCATATGTAAAAATC。我查到的所有文献都是用NcoI来切， 而NcoI 的Recognition Site: 5’…C▼CATGG…3’ 好像并不能切开Rs1800587的多态性位点

这个因该可以切开把如果是cacca，catca就无法切了
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发表于 2011-8-16 16:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
Rs1800587的野生型是caccattg,突变型是catcattg。我要的酶必须而且只能识别其中之一，可惜NcoI识别片段是ccatgg,要是ccattg就好。
国外的文献应该不会错，我不知道问题在那里。
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 小中大
你可以到NEB上根据你的突变碱基去找你要的酶，打开他的首页，
有 NEB cutter2.0,输入你的基因序列就可以查到你想要的酶，它的酶很全的，且我觉得从NCBI上根据RS 或SS号查到的突变位点应该是正确的。
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 小中大
NEB cutter2.0也试过，没文献上的酶，也没我要的酶。
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