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标题:有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-16 16:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这个帖子很好啊，顶一下。
在此也请教一个小问题：
分析数据时，p－value给我的数值是“3.17e-014” 这是什么意思啊？这个数到底是多少啊？
全部结果数据如下：
Global chi2 is 65.930481 while df=3 (frequency<0.03 in both control & case has been dropped.)
Fisher's p value is 4.32e-014
Pearson's p value is 3.17e-014
就是不明白3.17e-014表示什么？是很小很小了吗？谢谢！
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发表于 2011-8-16 17:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
3.17X10的负14次方
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发表于 2011-8-16 17:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
最近有做点文库的rflp分析，对snp有过一点了解，但也不是特别的清楚，希望zxyapple能发些相关资料小弟拜读一下，学习中……
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发表于 2011-8-16 17:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我按你的指示，打开网页：　cuturl('http://genome.ucsc.edu/')
但是一头雾水，不知道在这个网页，如何能找到基因功能示意图。
方便的话，请详细指教。
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发表于 2011-8-16 17:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
http://genome.ucsc.edu/
你先搜索你要的基因
会出现一个列表
点所在的位置区域就可以看到一种那个结构图
上面有很多的信息可以选
然后点上方的DNA，就会可以输出序列并对输出作标记
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发表于 2011-8-16 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大约你做那个方向，疾病研究还是动植物进化
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发表于 2011-8-16 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
NcoI C^CATGG 1 ..AGTAACCAGGCAACA C CATGGAAGGCTCATA..

这个酶切维点应该是C--C之间识别CCATGG 应该可以用
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发表于 2011-8-16 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
根据基因名，打开网址：cuturl('http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr17:34143676-34158084&hgsid=104834129&knownGene=pack&hgFind.matches=NM_007144')。
是否正确？如何确定这个基因功能图？
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发表于 2011-8-16 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
NcoI C^CATGG 1 ..AGTAACCAGGCAACA C CATGG AAGGCTCATA.. 不对，应是AGTAACCAGGCAACA C CATTG AAGGCTCATA.. 我问过NEB的技术支持，他说 NcoI 的识别片段是C^CATGG ，差一个碱基也不行。
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发表于 2011-8-16 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你的问题回答如下：
我想是原文章的引物有问题，他实际上用的技术叫：amplification-created restriction site。
譬如：ATCGAA[C/T]TCAA 这个SNP，只有ATCGAATTCAA能被Eco RI酶切，被称为naturally occurring sites。但是有时候我们可以通过引物设计来引入一些突变，就像是你的例子：它的引物实际上应该是Noc I 识别的那个位点进行了突变，这在引物设计中是可以的。所以我觉得正确的引物(rs1800587)应该是：5-GAT TTT TAC ATA TGA GCC TTC g ATG (注意我小写的那个g，就是原文错误的地方）。 要不Nco I是没办法切割该位点的。

Does that make sense？

当然因为文章比较新，你可以写信问问，是不是这种情况？
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