PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自 丁香园论坛]

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 90  9/9 ‹‹123456789
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:有关SNP，超强技术，需要帮助的请进[转自 丁香园论坛]

羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
81

发表于 2011-8-16 17:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
用荧光定量PCR 技术检测SNP ，看看ABI的SNP研究技术去吧 探针法和测序仪上的SNPshot都可以做
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
82

发表于 2011-8-16 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家好，我想做SCN9A的有关疼痛的东东，因为刚接触这一块，不是很了解，有谁能否发一些有关SNP的技术？谢谢。
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
83

发表于 2011-8-16 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教一下，如何确定一个基因内部的SNP位点？一片迷茫？谢谢大家了！文献上好像没看到报道。
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
84

发表于 2011-8-16 17:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
各位大虾：
我是一个新手，我想做遗传性家族性乳腺癌与BRCA1基因启动子的SNP之间的关系，我应该怎么做？我是一点都不会，一个头两个大，请各位大虾给出宝贵的意见！谢谢！
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
85

发表于 2011-8-16 17:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
感谢大家的分享，很好用，
但是搜索出来的结果中有好几种酶，要怎样选择呢，还是任何一种都可以啊，请赐教，谢谢！
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
86

发表于 2011-8-16 17:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我现在在做冠心病易感基因关联研究，已经确定好目的基因后，请教如何进行SNP位点的筛选？
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
87

发表于 2011-8-16 17:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
已知有hotSNP、tagSNP、功能SNP 3种方法，请大侠们详解这3种方法,谢谢
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
88

发表于 2011-8-16 17:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你去看cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/topic/19923201')，这个帖子应该对你有点帮助，我觉得筛选都是大同小异的。
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
89

发表于 2011-8-16 17:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
酶活栋hotSNP,一般是早期对SNP的研究，大家对这个新事物都不了解，很多国外科学家做了些工作之后，我们国内在此基础上在中国人群内做一些重复的验证工作。
tagSNP，一般来说是对新的SNP的探索性研究，希望在基因上发现一些新的有意义的SNP位点，这个一般是通过筛选的方法先去定位一些SNP，然后对结果做统计分析，以期找出有意义的SNP位点。
功能SNP，是将对已知的SNP做功能性研究，就是研究这些SNP位点在基因表达过程中的意义，像酶活性的变化、转录障碍、蛋白失活等等，一般都是研究外显子部分。
我觉得hotSNP、tagSNP、功能SNP是代表SNP研究的3种方向。
顶部
羊咩咩[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70437
精华 0
积分 320
帖子 360
信誉分 100
可用分 2556
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
90

发表于 2011-8-16 17:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
之后就是如何更好的实施SNP的挑选，可结合3种策略，针对我研究的基因

1、国外的研究结果未一致，阳性也有，阴性也有

2、tagSNP是根据hapmap的haploview进行筛选吧？这方面有什么好的文献推荐吗？我看到挑选tagSNP亦有很多方法

3、功能SNP,一般就是筛选外显子中的SNP位点。

４、在进行SNP位点筛选时，是不是一定要结合中国人的频率？是参考Hapmap？千人基因组计划中的位点在hapmap中吗？

5、在Ensembl、dbSNP、hapmap中查到的同一基因的SNP位点不一致，一般以哪个为准？hapmap吗？

6、HRM技术在SNP筛选中的作用如何？

请朋友们帮助解答，刚学习SNP，有很多疑惑，谢谢！
顶部
 90  9/9 ‹‹123456789