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标题:针对外显子设计PCR测序引物教程[转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-20 12:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
非常有意思，希望楼主继续，把故事讲完，谢谢！
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发表于 2011-8-20 12:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
点页面里的supporting evidence,再点 exon,就得到了smurf2的全基因序列,我们可以看到大写的碱基为外显子,小写的碱基为内含字.其实ensembl不同于ncbi的最大优势在于分开了外显字和内含字.我们设计的引物就知道是在外显子还是内含子上了.


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发表于 2011-8-20 12:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
太好啦

请楼主务必继续

谢谢！
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发表于 2011-8-20 12:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我也非常喜欢用ensembl 对于测序很方便
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发表于 2011-8-20 12:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
现在将全部的gDNA用鼠标拖选起来,大家注意到两点(1)务必使内涵子全部显示,我们在页面左下角的Configure this page里有这个选项.(2)鼠标拖选后,里面会有一些页面里的单词,比如ENSE00001331843什么的,必须把这类字母过滤掉.


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发表于 2011-8-20 12:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
可以用DNA-Star 工具软件里的Editseq(网上有下),将序列过滤,仅保留ATCG字母.或者用下列在线过滤工具
cuturl('http://www.bio-soft.net/sms/index.html')
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发表于 2011-8-20 12:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
将过滤后的ATCG拷入
在线设计软件 exon primer 的gDNA栏中(见第一贴)
cuturl('http://ihg2.helmholtz-muenchen.de/ihg/ExonPrimer.html')
默认的参数不变. done!
就得到了我们要的外显子引物了.大家可以发现我们的引物cover了非编码区，外显字以及临近外显子的一小段内含子.大功告成!(全文完)


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发表于 2011-8-20 12:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
非常好，大家赶紧来学习，谢谢了！！！
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发表于 2011-8-20 12:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
虽然有很多地方看不懂（由于基础知识太差），但是能感觉是好东西，而且楼主也很非常的辛苦的把图片都给截下来了。激动感谢楼主~~~！！！！！祝楼主一切顺利~
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发表于 2011-8-20 12:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
Thx so much, not only for exon primer designing, also for real-time PCR primers.

Really appreciated your kind share with us, hopefully, could see your work again...

Good luck with ur research...:p
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