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标题:※※※电泳讨论专区※※※

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我做变性PAGE,老出现这样问题,请指教:
(1)MARKER多出两条带,正常吗?
(2)带型弯曲,中间低,什么原因?
(3)有实验指导说,应该预电泳1小时后,温度达到55度,才可以,真的是这样吗?
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QUOTE:
原帖由 阿拉蕾 于 2011-8-21 09:26 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我做变性PAGE,老出现这样问题,请指教:
(1)MARKER多出两条带,正常吗?
(2)带型弯曲,中间低,什么原因?
(3)有实验指导说,应该预电泳1小时后,温度达到55度,才可以,真的是这样吗? ...

MARKER在上样前同样需要变性的。
带型弯曲也属正常,可能是胶面温度不均匀,可在高压电泳时加一块铝制保温板。如果拔梳子时注意使胶面平齐,带型会好些。
预电泳30分钟即可。
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想请教一下用TAE做缓冲液,配琼脂糖凝胶加多少TAE,跑胶时用1TAE吗?这时指示剂可用溴酚蓝吗?  
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QUOTE:
原帖由 阿拉蕾 于 2011-8-21 09:27 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
想请教一下用TAE做缓冲液,配琼脂糖凝胶加多少TAE,跑胶时用1TAE吗?这时指示剂可用溴酚蓝吗?   

看你配什么浓度的胶,例如配60ML 1%的胶, 称0.6G AGOROSE,加 60ML 1*TAE,跑胶时电泳槽中加1*TAE。
加DNA进孔时需加加样BUFFER,其中有溴酚蓝,甘油等。  
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聚丙烯酰胺测序凝胶的制备
[试剂]
(1)10%过硫酸胺
过硫酸胺 1.0g
加双蒸去离子水溶解后再定容至l0ml,4℃避光保存。
(2)40%丙烯酰胺
丙烯酰胺(Acrylamide) 76g
N,N'-甲叉双丙烯酰胺(Bisacrylamide) 4.0g
加双蒸去离子水至150ml,将溶液加热至37℃使试剂溶解,再用双蒸去离子水定容至200ml。过滤后,室温保存于棕色瓶中。注意丙烯酰胺是强烈的神经毒素,可经皮肤吸收,配制时需戴口罩,丙烯酰胺与N,N'-甲叉双丙烯酰胺配制比值为38:2。
(3)10×TBE
Tris 108g
硼酸 55g
0.5mmol EDTA(pH8.O) 40ml
调pH8.0,加双蒸去离子水至1L,高压灭菌后室温保存。
(4)尿素(超级纯)
(5)TEMED
[仪 器]
(1)序列分析电泳槽:如GIBCO BRL和Bio Rad产品。
(2)高压电源:如GIBCO BRL和Bio Rad产品。
[测序板的处理与安装]
(1)用去污剂溶液清洗玻璃板和间隔条,用自来水彻底冲洗后,再用蒸馏水冲洗。用乙醇冲洗板并晾干。必须彻底洗净玻璃板,以确保灌胶时不会产生气泡。
(2)测序板的硅化处理:每块玻璃板的面都需硅化处理,以防止凝胶与两块玻璃板紧贴并减少电泳完毕后从胶模中取出凝胶时凝胶发生破裂的可能性。硅化方法为;将拟硅化的玻璃板置于通风橱中,并戴手套操作,在拟硅化板面上加2-3ml 5%二氯二甲基硅烷(二氯二甲基硅烷5%溶于氯仿中),用纸巾将硅化液涂布均匀,然后用去离子水洗净玻璃板,再用乙醇冲洗后晾干。如需要从玻璃板上去除原有的硅,可用KOH-甲醇擦拭之。KOH-甲醇配制为100ml甲醇中加5g片状KOH即可。
(3)装板与封边:不同厂家的产品装板方法略有不同。但原则是将板的两侧及底边封严,在灌胶时不至于漏胶。以Bio Rad测序仪为例:将板的两侧放置好0.4mm的塑料间隔边条,安装固定用夹板,置于封胶底槽用,再用已配制好的测序胶25ml封底边(测序胶配制见下述),待胶凝固后,用1.2%琼脂液(1.2%琼脂粉溶于l00ml 1×TBE中,加热溶解后用于封边)封2个侧边。
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[测序凝胶的灌制]
用于配胶的丙烯酰胺的浓度取决于待分析DNA片段的长短,如要读出引物5'端50个核苷酸以内的序列,应配制含高浓度(12%-20%)丙烯酰胺的凝胶。距离引物端25-400核苷酸之间的序列,可从含6%-8%聚丙烯酰胺的凝胶中读取,距离更远的序列,则可通过4%或5%的聚丙烯酰胺凝胶来测定。通常用的凝胶浓度为7%。胶量的大小根据所用测序板容积而定。
(1)取尿素42g,先用30ml双蒸去离子水加热溶解,溶解后迅速置冰浴中,摇动溶器避免尿素析出。
(2)加10×TBE llml。
(3)加40%丙烯酰胺溶液17.5ml。
(4)再加10%过硫酸胺1.33ml,混匀。
(5)用双蒸去离子水定容至100ml,混匀。
(6)取25ml配制的胶液,置于一小烧杯内,加TEMED 70ul,迅速混匀,倒入已装好的测序板的封底槽内,将底边封严。
(7)另外75ml胶液在倒胶前将TEMED 40ul加入。
(8)将配制的剩余75ml胶液加入40ulTEMED,迅速混合,并开始灌胶。
(9)用手托住制胶板,使之与水平面大约成45。角,用50ml的注射器吸取胶液,沿制胶板开放的顶端缓缓倒入胶液。为避免产生气泡,灌注胶液时应保持持续不断,必要时可将板自一侧向另一侧摆动以逐出注入胶液时可能产生的气泡。
(10)当胶将灌满时,将胶倾至几乎水平的位置,将鲨齿梳尖端朝上,平坦的—侧进入胶的混合物,将梳子紧紧地压入胶中以在胶顶端形成约0.4cm深的凹陷。
(11)待凝胶聚合后,将板两侧固定夹板取下并从底槽中取出,将两侧封边胶清除干净,重新装好固定夹板。
(12)将测序胶板安装于测序电泳槽的下槽中,将测序电泳槽的上下槽中加入约800ml1×TBE,翻转鲨齿梳,使齿在先前形成的凹沟中戳入胶顶部约3-5mm。
(13)预电泳,在50W恒定功率下,预热30min,待温度达55℃时开始上样电泳。加样前,拨出鲨齿梳,用缓冲液冲洗齿间间隔物以驱逐扩散出胶外的尿素和聚丙烯酰胺的碎片。
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我做变性PAGE,老出现这样问题,请指教:

(2)带型弯曲,中间低,什么原因?
(3)有实验指导说,应该预电泳1小时后,温度达到55度,才可以,真的是这样吗?

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

(2)是因为电泳过程中产热所至。有两种方法解决:一是降低电压,延长电泳时间,使单位时间内的产热量减少;二是在电泳槽外放两个冰袋,物理降温,电泳过程中可更换冰袋,效果也是不错的。
(3)我做变性PAGE时没有做过预电泳,结果也很好。可能对实验影响不大吧。
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请问各位老师:这电泳是怎么回事?

0.6%胶,最左为HANDIII MARKERS
不知道为何还在往后跑的。60V,2h


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2011-8-21 09:30
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QUOTE:
原帖由 阿拉蕾 于 2011-8-21 09:30 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请问各位老师:这电泳是怎么回事?

0.6%胶,最左为HANDIII MARKERS
不知道为何还在往后跑的。60V,2h

楼上的兄弟,你的问题不太好回答,你应该把你的电泳的有关细节描述一下?  
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请问各位战友测序胶中变性胶与非变性胶的区别有哪些,我不知道应不应该做变性胶。谢谢各位指点。
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