小中大聚丙烯酰胺测序凝胶的制备
[试剂]
(1)10%过硫酸胺
过硫酸胺 1.0g
加双蒸去离子水溶解后再定容至l0ml,4℃避光保存。
(2)40%丙烯酰胺
丙烯酰胺(Acrylamide) 76g
N,N'-甲叉双丙烯酰胺(Bisacrylamide) 4.0g
加双蒸去离子水至150ml,将溶液加热至37℃使试剂溶解,再用双蒸去离子水定容至200ml。过滤后,室温保存于棕色瓶中。注意丙烯酰胺是强烈的神经毒素,可经皮肤吸收,配制时需戴口罩,丙烯酰胺与N,N'-甲叉双丙烯酰胺配制比值为38:2。
(3)10×TBE
Tris 108g
硼酸 55g
0.5mmol EDTA(pH8.O) 40ml
调pH8.0,加双蒸去离子水至1L,高压灭菌后室温保存。
(4)尿素(超级纯)
(5)TEMED
[仪 器]
(1)序列分析电泳槽:如GIBCO BRL和Bio Rad产品。
(2)高压电源:如GIBCO BRL和Bio Rad产品。
[测序板的处理与安装]
(1)用去污剂溶液清洗玻璃板和间隔条,用自来水彻底冲洗后,再用蒸馏水冲洗。用乙醇冲洗板并晾干。必须彻底洗净玻璃板,以确保灌胶时不会产生气泡。
(2)测序板的硅化处理:每块玻璃板的面都需硅化处理,以防止凝胶与两块玻璃板紧贴并减少电泳完毕后从胶模中取出凝胶时凝胶发生破裂的可能性。硅化方法为;将拟硅化的玻璃板置于通风橱中,并戴手套操作,在拟硅化板面上加2-3ml 5%二氯二甲基硅烷(二氯二甲基硅烷5%溶于氯仿中),用纸巾将硅化液涂布均匀,然后用去离子水洗净玻璃板,再用乙醇冲洗后晾干。如需要从玻璃板上去除原有的硅,可用KOH-甲醇擦拭之。KOH-甲醇配制为100ml甲醇中加5g片状KOH即可。
(3)装板与封边:不同厂家的产品装板方法略有不同。但原则是将板的两侧及底边封严,在灌胶时不至于漏胶。以Bio Rad测序仪为例:将板的两侧放置好0.4mm的塑料间隔边条,安装固定用夹板,置于封胶底槽用,再用已配制好的测序胶25ml封底边(测序胶配制见下述),待胶凝固后,用1.2%琼脂液(1.2%琼脂粉溶于l00ml 1×TBE中,加热溶解后用于封边)封2个侧边。