小中大从用PRIMER设计引物到查看您所设计的引物会不会有目的产物
从用PRIMER premier设计引物到查看您所设计的引物会不会有目的产物,以人的APP基因为例 [转自 丁香园论坛]
从用PRIMER premier设计引物到查看您所设计的引物会不会有目的产物,以人的APP基因为例
1、 打开pubmed cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/') ,在search的下拉菜单中选择 Gene或者直接打开这个链接cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene')
2、 输入 APP (或者其他的 待测基因名称或者缩写均可,以下均以APP为例);点GO,出来的结果是各个物种的APP基因,人的排在第一个(一般人[Homo sapiens],大鼠[Rattus norvegicus],小鼠[Mus musculus],都排在前几个。),现在设计人的APP普通或者定量PCR引物,所以选择Homo sapiens,截图如下:这些摘要信息会显示该基因所在染色体具体位置,别名,基因编号等。
3、 点击蓝色的APP字母进入查看具体信息(包括DNA序列和RNA序列等),要人的就点人的:如下图
4、 点击后进入网页,如cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/351?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum') , 设计RNA引物可以跳过第5步(DNA序列查看和引物设计)直接看第6步即可。
5、 进入之后往下拖网页,可以看到一个NC-000021.8的黑体字, 左键单击它可以看到第二行是Genbank(会出现三行,第一行是FASTA,中间一行是Genbank,第三行是Graphics,这三种都是核酸序列显示格式而已,通常选择Genbank查看基因组序列,)再左键单击Genbank,即进入到该基因的DNA序列查看网页。(这里显示了该基因DNA长度多少,从多少碱基到多少碱基等信息。)拖到此网页的最下面就可以看到完整的DNA序列。
6、 设计RNA引物,进入之后往下拖网页,可以看到一个NC-000021.8的黑体字,这里显示的是DNA信息,继续往下拖网页,可以看到黑体字 mRNA and Protein 下面列的就是RNA和蛋白信息的链接 如
NM_000484.3 → NP_000475.1 amyloid beta A4 protein isoform a precursor
NM就表示mRNA,NP表示蛋白(Protein),(APP比较特殊,有7份mRNA,大多数基因只有一个mRNA,可能跟它被研究的比较多有关系),这么多也不能一一设计引物了,所以就以第一个mRNA为例,点击(左键单击)NM_000484.3进入它链接的网页,即cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000484.3') ,此时可以看到此条APP的mRNA相关的信息
NCBI Reference Sequence: NM_000484.3
Homo sapiens amyloid beta (A4) precursor protein (APP), transcript variant 1, mRNA
LOCUS NM_000484 3648 bp mRNA linear PRI 13-DEC-2009
DEFINITION Homo sapiens amyloid beta (A4) precursor protein (APP), transcript
variant 1, mRNA.
ACCESSION NM_000484
VERSION NM_000484.3 GI:228008403
KEYWORDS .
SOURCE Homo sapiens (human)
一直往下拖,到最后可以看到mRNA的序列(途中可以看到gene,exon【外显子,即转录成mRNA的区域】,CDS【编码蛋白的区域】,这些都不用管,可以了解下)拖到最后看到了mRNA的序列,ctrl+C复制此序列,以备放入Primer premier