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标题:知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，得到PCR产物序列！

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发表于 2011-8-23 13:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
问题基本解决，有空给大家总结一下！
嘿嘿！谢谢各位！  
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发表于 2011-8-23 13:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：

很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：

一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。

二，得到引物进入BLAST（cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/')）， 进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。
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发表于 2011-8-23 13:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目 ，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如：313324---313943

四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=88952908&db=Nucleotide&from=313324&to=313943&view=gbwithparts')

五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/')
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。

六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2，所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。
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 小中大
以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善。


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 小中大
谢谢，想试试。
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发表于 2011-8-23 13:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841')，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。


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 小中大
好啊，有了这个，就可以把我先前帖的步骤简化好多。
谢谢！
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 小中大
很感谢！急用中！
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快乐的大脚[使用道具]
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发表于 2011-8-23 13:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
可以试试在scholar.google.com中能不能找到对应的RS号码，如果有就很方便了，不然都是可以根据给出的信息来确定的，没有问题，就是要麻烦一些而已。
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 小中大
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841')，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。

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从图中怎么看出3个SNP位点？谢谢
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