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标题:一本待出版的有关PCR技术的新书[转自 丁香园论坛]

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三、 套式PCR的应用与评价
套式PCR技术主要是用来提高扩增的灵敏度和特异性，用“外侧”、“内侧”两对引物扩增，其结果较一对引物扩增的结果敏感100倍，特别适合与微量靶序列的扩增。病毒、钩端螺旋体等病原微生物的检测常选用套式PCR技术，此外，线粒体测序其测序片段的制备，可用套式PCR技术。对于样本中极其微量的靶序列，一次常规的PCR，结果不令人满意，此时，应用套式PCR技术，可以有效的提高扩增效率，得到满意的结果。
(张金国 景 强)

参 考 文 献
1  林万明.PCR技术操作和应用指南.北京:人民军医出版社,1993,第一版.
2  郭景元,李伯龄主编.中国刑事科学技术大全.法医物证学.北京：中国人民公安大学出版社,2002,第一版.
3  郑秀芬.法医DNA分析.北京:中国人民公安大学出版社,2002,第一版.
4  黄庚明,辛朝安.运用套式PCR检测传染性喉气管炎病毒核酸.中国病毒学,2001，16(3):265-269.
5  易广才,陈华,陈静琴等.用套式PCR检测孕妇及胎儿B19病毒感染.中国优生与遗传杂志,2001,9(4):17-19.
6  刘佩娜,姜素华,廖琳等.应用套式PCR技术检测我国西南部分疟区疟原虫的感染状况.华西医大学报,2002,33(3):452-455.
7  杨岁虎,杨双旺,孙佩等.套式聚合酶链式反应极量稀释法评价外科乙型肝炎表面抗原携带着血液的传染性.中华医院感染学杂志,2000,10(5):396-398.
8  孟钵,谈维,孙启俊,等.套式聚合酶链反应检测HTLV-ⅠDNA方法的建立与初步应用.临床检验杂志,2000,18(5):270-271.
第三节 多重PCR(mulitiplex PCR)
一、 原理
多数的PCR技术都是设计一对寡核苷酸引物扩增所需要的目标靶序列。如果在实验中要求分析不同的DNA序列时，可以根据实验的要求，设计多对引物，在同一个PCR反应体系中，同时扩增一份DNA样本中几个不同靶区域的DNA片段，这一过程称之为多重 PCR。由于每一对引物扩增的是位于模板DNA上的不同序列的DNA片段，因此，扩增片段的长短不同，可以据此来检测特定基因片段，检测其大小、缺失、突变是否存在。PCR扩增后电泳检测，有条带则说明有待测基因片段，反之，则这一片段缺失。
二、 基本技术
(一) 主要设备、仪器：
PCR扩增仪，紫外分光光度计，高速离心机，电泳仪，紫外凝胶检测分析仪等。
(二) 主要试剂：
DNA提取试剂盒(或经典酚、氯仿、乙醇法提取DNA所需的饱和酚、氯仿、异戊醇、蛋白酶K、无水乙醇等试剂)、分子量标准(Marker)、PCR扩增试剂(引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶等)、ddH2O(PH8.2)、液体石蜡、琼脂糖、溴乙锭(E、溴酚蓝等。
(三) 操作方法：
同一般的PCR操作相同，只是反应中所加入的是多对引物而不是一对引物。
1.DNA提取：DNA提取可以用DNA提取试剂盒或实验室常用的一些DNA提取方法进行。
2.DNA定量：用紫外分光光度计进行DNA含量测定。
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3.多重PCR扩增：反应体系可以选定为20μl，50μl等，反应体系中含有：DNA模板，Mg++，dNTP，Taq DNA聚合酶，各种引物等。根据实验要求，设计合适的循环参数。在设计循环参数时要注意两个原则：一是退火温度要足够高。这是因为，多重PCR技术是在扩增体系中加入了多对引物同时进行扩增，这样就会由于错配而产生一些非特异性的扩增产物，增高退火温度，可以有效的减少非特异性扩增产物的生成；二是循环参数要尽量少，以利于检测扩增产物。多重PCR在一个反应体系中同时扩增多个DNA片段，其扩增效率并不是完全相同的，循环参数的增加，会使Taq酶的消耗增加，再加上每对引物相对退火效率不同，就会使扩增产物混乱，所以，循环次数不宜过多。
4.电泳检测及结果分析：取扩增产物10×与26×载样缓冲液(溴酚蓝)混匀上样，同时加入分子量标准，经2％琼脂糖凝胶(含0.5μg/ml E、恒压(200-600V)、电泳1-2小时后，置凝胶于紫外检测凝胶分析仪观察结果，并拍照，记录分析结果。
三、 多重PCR的应用与评价：
多重PCR技术可应用于生物学研究的多个领域，如病原体鉴别、性别筛选、遗传性疾病诊断、法医学研究以及基因缺失、突变和多态性分析等等。多重PCR技术作为一种可靠的检测基因序列的缺失或突变的方法，在假肥大性肌营养不良症(DMD)的诊断中得到应用。半数的DMD病人是由于Dystrophin基因的部分缺失所引起的，根据Dystrophin基因中易于缺失的9个区域的序列，设计合成一系列引物，同一实验中同时扩增这9个区段，电泳分析。正常人多重PCR电泳图谱为9个片段，如果Dystrophin基因中的某一个区段缺失，那么在PCR电泳图谱上就没有相应的条带，据此可以诊断DMD。
随着PCR技术的发展，多重PCR技术已经取代了较为烦琐的Southern印迹杂交来检测基因的突变或缺失。应用多重PCR技术，在同一反应管中可以同时检测分析多种目的DNA序列，既节约了实验样本和试剂，而且使操作更加简便，省时省力。
与常规的PCR技术相比，多重PCR技术涉及到了多对引物，随着引物对数的增加，也增加了得到错配的扩增产物的机会，因此，需要根据实验的要求、目的以及所设计的引物等等因素，对反应条件进行优化，对多重PCR中的各种影响因素进行组合、调整，以寻找到一个最优的扩增条件，从而可以进行高度特异性的多重PCR，这在对病原微生物的基因检测和临床诊断方面有着十分重要的意义。
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(张金国 景 强)

参 考 文 献
1  伍新尧,罗超权,马涧泉主编.分子遗传学与基因工程.郑州:河南医科大学出版社,1997,第一版.
2  迪芬巴赫 C W,德维克斯勒 G S.PCR技术实验原理.北京:科学出版社,1999,第一版.
3  K B 穆里斯,F 费里，R 吉布斯等著.聚合酶链式反应.北京:科学出版社,1997,第一版.
4  陶生策,张治平,张先恩.PCR技术研究进展.生物工程进展,2001,21(4):26-29.
5  樊绮诗,崔杰峰,夏玉卿等.多重聚合酶链式反应检测DMD基因的初步分析.上海医学,2000,23:336-338.
6  杨学文,王礼文,缪界平等.多重PCR在幽门螺杆菌检测及分型中的应用.临床检验杂志,2000,18(3):148-149.
7  李为民,韩东一,袁慧军,等.多重PCR在线粒体基因突变聋病诊断中的应用.解放军医学杂志,2002,27(3):280-281.
第四节 PCR结合等位基因特异性的寡核苷酸探针法(PCR-SSO)
通过对基因特异性的寡核苷酸探针与基因的杂交的情况可以判定基因是否突变。即首先通过PCR反应特异性的扩增目的基因片段，然后将含有目的基因片段的PCR扩增产物点样于尼龙膜上，使其与根据目的等位基因设计的一套寡核苷酸探针杂交。寡核苷酸探针的5’端使用放射性同位素标记，严格的控制杂交和洗膜的条件，使探针和目的DNA片段之间只要有一个碱基错配就不能杂交。这样当扩增片段和探针完全互补时，由于两者牢固结合而不会被洗脱脱下来，反之，只要有一个以上的碱基不互补时将被洗脱下来，在经过放射自显影，从而判断目的基因中是否含有与探针同源性的序列。
PCR-SSO技术包括PCR扩增反应和寡聚核苷酸探针杂交两个阶段。PCR反应阶段与标准PCR反应相同(详见PCR反应有关章节)，根据具体情况选择合适的反应条件。PCR扩增的产物点样于尼龙膜上后，使其与预先设计好并已标记的寡核苷酸探针杂交。
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探针的标记除了传统的放射性同位素标记法以外，还可以使用非同位素探针标记技术。非同位素标记技术主要包括生物素标记法、辣根过氧化物标记法及地高辛标记法，这些方法都是在寡聚核苷酸上结合某种化合物制成探针，与待测DNA片段杂交后经过一系列化学反应而显色。此外，反向斑点杂交技术也可应用到PCR-SSO技术中，从而大大地简化了操作。1989年，Saiki等首先报道了反向斑点杂交技术，他在寡核苷酸的3’末端加上一个多聚胸苷酸尾巴，经过紫外光照射，激活的胸腺嘧啶与尼龙膜上的腺嘌呤结合。使用这种方法，先将一套探针固定在同一张膜上，然后使其与目的DNA片段杂交，这样就可以同时分析一系列序列，或者分析某个基因位点存在着哪些等位基因。
在PCR-SSO应用方面，自上世纪80年代中期SSO技术的发明以来，SSO技术就用于等位基因的分型，此后随着PCR技术的问世和推广，SSO技术通常和PCR技术相结合形成PCR-SSO技术。PCR-SSO技术同时具有PCR技术灵敏度高和SSO技术特异性强、可靠性好的优点。1990年第11届国际组织相容性会议推荐了一套标准的探针和条件，使得PCR-SSO技术趋于成熟，并且使不同实验室的结果具有可比性，从而得到广泛的应用。目前，PCR-SSO技术主要用于等位基因监测、基因分型和基因突变的检测等领域。然而PCR-SSO技术也有其不足之处，主要有以下几方面：⑴传统方法使用同位素标记技术，但同位素标记具有半衰期短、标记率不稳定、容易造成放射污染的缺点；⑵随着新的等位基因的不断发现，需要越来越多的探针和杂交次数，然而使用常规的PCR-SSO技术不但操作繁琐、技术要求高而且费时、影响因素多；⑶不能进行单倍型分析。目前，通过采用非同位素标记技术和反向斑点杂交技术对PCR-SSO技术进行了改进，部分地克服了上述的一些缺点。
第五节 PCR结合序列特异性引物技术(PCR-SSP)
PCR结合序列特异性引物技术(PCR amplification with sequence-specific primers， PCR-SSP)是一种新的基因多态分析技术，可用于多种具有多态性特点的基因的分型。
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基因的多态性是由其编码等位基因的碱基顺序不同所决定的，在PCR-SSP技术中，预先根据多态性等位基因中的核苷酸序列设计出等位基因特异性的引物，即序列特异性引物(SSP)，SSP只能与其特异等位基因片段的碱基序列互补结合。将SSP引物与目的基因通过PCR反应扩增，PCR反应产物经过电泳分离后，可以直接检测该等位基因的多态性。
PCR-SSP技术除使用的引物为SSP引物外，其反应体系的组成和各反应参数都与常规的PCR反应相类似，故使用该法进行基因分析时，只需根据目的基因中的等位基因设计SSP引物，然后就同常规PCR反应体系一样，根据具体情况选择合适的反应条件和反应参数，进行PCR扩增反应即可。最常用的扩增产物的检测方法是琼脂糖凝胶电泳-溴化乙锭检测和聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染色检测法。
在应用方面，自1992年Olerup首先建立PCR-SSP技术以来，其在实践中得到了迅速的发展和推广。目前，PCR-SSP技术主要用于等位基因多态性的分析，例如是HLA复合体的分型和基因突变的研究。在器官移植的组织配型和HLA与疾病的关联的研究中，PCR-SSP法已被证明是一种实用有效的检测技术。实践证明，PCR-SSP技术具有方法简便、快速、结果准确的优点，但由于目前设计合成的SSP引物只具有相对的特异性，使得该法在基因分型和突变的检测中仅限于较低分辨率的检测，而要获得更加精细的结果，则需要依赖于其他的技术进行进一步的分析。
第六节 单链构型多态性分析(PCR-SSCP)
一、 原理
DNA分子在凝胶电泳中的泳动速率除取决于其分子量的大小外，还受到其空间构型的影响。在非变性条件下，单链DNA分子由于分子内碱基配对而重新折叠形成一定的构象，因此当单链DNA分子中存在由于各种突变导致其核苷酸序列的微小变化时，这些变化会影响DNA分子的构象从而使其在凝胶电泳中的泳动速率发生改变。通过DNA分子在凝胶电泳中不同的电泳迁移率，我们可以将变异的DNA与“正常”DNA区别开来。而PCR技术能在短时间内把目的基因片段扩增数百万倍，将两者结合起来，就形成了单链构型多态性分析(PCR-SSCP)。
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二、 基本技术
(一)试剂
变性上样缓冲液
95% 甲酰胺
5mmol/L EDTA
0.05% 溴酚蓝
0.03% 二甲苯晴蓝
0.5×突变凝胶
6% 聚丙烯酰胺凝胶
10% 甘油
0.6% TBE
0.05% 过硫酸铵
0.005% TEMED(N，N，N’，N’-四甲基二胺)
10%醋酸固定液
去离子水
(二)所需设备及材料
垂直电泳装置
恒压恒流电泳仪
染色盘
脱色摇床
照相设备
(三)具体操作步骤
1．变性：PCR循环结束后，取5μl扩增产物与3μl的变性上样缓冲液混合，95℃热变性后骤冷从而得到单链DNA分子。
2．电泳：将变性得到的单链DNA分子上样于0.5×MDE突变分析凝胶，同时加入一标准单链DNA作为对照以克服胶与胶之间或泳道间的差异。在室温下5W恒电流电泳过夜，微型胶用3W恒电流电泳3小时即可。
3．电泳结果检测：除了常规的电泳后溴化乙锭染色和银染色法显示电泳结果外，在电泳前使用同位素或非同位素标记引物和脱氧核苷酸后再进行PCR反应，电泳后采用荧光分析等方法也可以显示电泳结果。
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4．结果判定：根据不同泳道DNA数目和位置，确定样品扩增产物的PCR-SSCP谱型。根据位置的差异分析判断产物单链构型的差异，从而间接反映模板DNA序列间的差异。
至今，PCR-SSCP技术已被广泛的应用于癌基因、抑癌基因突变的鉴定，遗传病致病基因分析和基因诊断等领域中。与其它的基因检测技术相比较，PCR-SSCP技术具有简单、快速、敏感性高、需要样本量少、适合大量样本的筛选的优点。由于其检测结果是通过电泳条带的变化而不是信号的缺失体现的，因而PCR反应的失败不会导致假阳性结果。但是由于没有完整的理论依据来预测迁移率与序列构像的对应关系，使得其结果的判定只能基于经验的总结基础之上。此外，SSCP只能检出影响分子构像的某些一级序列的突变，因而可能漏检某些序列即存在假阴性。并且，随着DNA片段长度的增加，检测的敏感性逐渐降低，尤其对于大于300bp的DNA片段，依其序列的不同，可能表现出复杂的图谱。另外，尽管PCR-SSCP在不同系统中的突变检出率可高达70%到95%以上，但是高的检出率需要在不同条件下做凝胶电泳才能得到。因此，PCR-SSCP仅仅是一种简单、高效的突变筛选方法，而并不是最佳的方法。
第七节 限制性酶切片段长度多态性分析(PCR-RFLP)
限制性内切酶能够特异性的识别特定的碱基序列，并将其切开。若目的基因的碱基突变位点与限制性内切酶的识别位点相关，碱基的突变则可能引起某些酶切位点的消失或者新的酶切位点的出现，当用特定的限制性内切酶来消化发生突变的目的基因后，将会产生与“正常”的目的基因不同大小的片段。通过电泳可将上述酶切片段分离从而得到目的基因的电泳酶切图谱，将其与“正常”基因的酶切图谱相比较，可以直接判定目的基因是否发生碱基突变。这种根据不同长度的限制性酶切片段来分析目的基因的多态性的方法称为限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism，RFLP)分析。将RFLP分析技术与PCR扩增反应相结合，即使用RFLP分析技术来分析PCR扩增产物可以大大提高RFLP分析的灵敏度，这就是PCR-RFLP分析技术。具体操作步骤如下：
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(一)试剂和设备
限制性内切酶
琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶配制试剂
EB染色试剂或银染色试剂
电泳仪
水浴锅
(二)实验步骤
1. PCR扩增：按常规的方法分离提取目的DNA片段，按标准的方法进行PCR扩增反应。
2. 酶切反应：根据不同的目的DNA片段选择合适的限制性内切酶与目的DNA片段进行酶切反应。具体的酶切反应按内切酶生产商提供的说明进行。
3. 电泳分析 将酶切得到的DNA片段经过电泳后染色以得到相应的酶切图谱。常用的有琼脂糖凝胶电泳溴化乙锭染色和聚丙烯酰胺凝胶电泳银染色分析，也可以电泳后通过转膜，选取适当的探针杂交检测。
PCR-RFLP分析技术目前主要用于基因突变的检测和等位基因的分析，RFLP是最早用于HLA基因分型的方法。但由于PCR-RFLP分析只能检测到某些已知与限制性内切酶酶切位点相关的碱基变异而不能检出一些未知的碱基突变，故其检测视野很窄，此外其还有很多不足，如操作繁琐、费时、影响因素多、费用高等因素而限制了其在检测DNA多态性和基因突变中更广泛的应用。
第八节 MVR-PCR
微卫星DNA是指核心序列(Core Sequence)在基因组非编码区中以10~50bp为重复单位的***重复序列。微卫星DNA***重复序列的多态性(Minisatellite Variant Repeat，MVR)包括核心序列***数目的变异以及核心序列组成的微小变异。1991年，Jeffrey等首先使用两种MVR特异的引物进行PCR扩增反应，并结合数字编码详细地分析了小卫星区域D1S8(MS32)核心序列的变异情况，从而建立了MVR-PCR技术。1993年，Nail等报道了小卫星区域D1S8(MS32)核心序列的变异的同时还发现了重复核心序列的侧翼区也存在变异，从而可以根据不同的保守序列引物和不同的MVR特异引物进行PCR反应扩增，这就是等位基因特异的MVR-PCR(Allele-specific MVR-PCR)。
一、 原理
MVR-PCR利用MVR特异引物对微卫星DNA片段进行PCR扩增，扩增产物经电泳分离后，通过染色法或者标记引物的方法来检测微卫星DNA的多态性。根据PCR反应体系中使用的MVR特异引物，MVR-PCR可分为二态MVR-PCR技术、四态MVR-PCR技术和等位基因特异MVR-PCR技术。
(一)二态MVR-PCR技术
二态MVR-PCR技术采用2种MVR特异引物进行PCR扩增反应，核心序列至少有1个碱基替换。Jefferys等分析小卫星D1S8基因时设计了32D、32-TAG-T、32-TAG-A和TAG四种引物，其中32-TAG-T、32-TAG-A分别特异性的与a型和t型核心序列特异性的结合从而保证PCR产物的特异性。
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(二)四态MVR-PCR技术
四态MVR-PCR技术利用4种MVR特异引物进行PCR反应扩增，核心序列至少有2个或2个以上碱基替换。将4种MVR特异引物与基因组DNA分别在4个PCR反应体系中进行扩增反应，可进一步增加微卫星DNA多态性的可检出性。例如，Y染色体特异小卫星MSY1(DYF155S1)是以25bp的DNA片段为核心序列的***重复序列，其核心序列上有4个位置出现碱基替代，通过四态MVR-PCR技术已发现有10种类型的核心序列，并且以1、3、4型多见。
(三)等位基因特异MVR-PCR技术
二态和四态MVR-PCR检测的均为微卫星DNA***重复的核心序列的多态性，然而1993年Nail等报道了微卫星DNA的侧翼区也会发生微小的变异(如碱基替代)，故可能使同一个体双等位基因表现为杂和状态或不同个体间的差异表现为一定的多态性。预先确定出微卫星DNA侧翼区域的DNA变异的位置后，设计出能与不同的等位基因互补的特异引物，使其3’端与侧翼区域变异的碱基配对，通过PCR扩增后，扩增产物电泳分离后可以得到MVR图谱，此即等位基因特异的MVR-PCR技术(Allele-specific MVR-PCR)。利用该技术，不仅可以检测到微卫星DNA核心序列多态性的状况，还可以获得其侧翼序列DNA多态性的信息，从而更有利于分析微卫星DNA的结构和多态性。
二、 基本技术
MVR-PCR分为PCR扩增反应和扩增产物的检测两个阶段。PCR扩增反应体系与标准的PCR反应体系相同，根据待增的微卫星重复核心序列及其侧翼序列的情况以及所选择的MVR-PCR技术选取不同的MVR特异引物。
通过MVR-PCR扩增产物的检测，可以获得微卫星DNA多态性的信息。常见的MVR-PCR扩增产物的检测方法主要有如下几种：
(一)探针杂交法
1.  32P标记探针杂交法 Jeffrey等建立的MVR-PCR技术中，PCR扩增产物使用1%琼脂糖凝胶分离后经Southern blotting转移到尼龙膜上，与探针杂交后经放射自显影，可获得至少50个数字编码的MVR图。
2.  碱性磷酸酶法和辣根过氧化物酶法 Hopkins等采用碱性磷酸酶法，虽然避免了放射污染，但方法过于繁琐；而郑秀芬等使用的辣根过氧化物酶法不仅方法简便，而且提高了检测的灵敏度。
(二)电泳检测法
1.  聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染色法 Rodringuez-Calvo等采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR扩增产物，然后使用硝酸银染色检测。此法具有简单、费用低、可快速获得清晰的MVR图的优点。
2.  琼脂糖凝胶电泳-溴化乙锭染色检测法 Yamamoto等将PCR反应扩增产物在含有溴化乙锭(E的1%琼脂糖凝胶中电泳后在紫外灯下观察。此法简单、省时，但是当PCR扩增产物中含有较大或着较多的DNA片段时，不易分离。
(三)荧光标记引物法
Hau等使用荧光染料6-FAM标记MVR特异引物经PCR反应扩增，在DNA序列分析仪上电泳后，经过计算机程序处理后可得到60个以上的数字编码MVR图。此法实现了DNA的自动化分析，可以客观、灵敏、直观地分析微卫星MVR图谱，而且操作简单、快速，可以在2天内得出结果。
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三、 应用和评价
与其他技术相比较，MVR-PCR技术具有如下的优点：⑴获得的多态性信息量高、灵敏度高：即使微量(1ng/μl)的DNA模板通过此法也能获得令人满意的多态性结果；⑵保证结果的客观性和准确性：MVR-PCR技术采用数字编码，不需要检测片段的长度，且编码的产生不需要特殊的DNA分子量标准，不受凝胶变形和谱带漂移等因素的影响，不要求在同一凝胶中进行样品的对比；⑶数字化：MVR-PCR技术可通过计算机将微卫星DNA多态性的信息转化为一组数字信息，简明直观、便于储存。然而，MVR-PCR技术也有其不足之处，主要表现在：⑴已发现的适合MVR-PCR技术使用的微卫星还很少；⑵尚未建立标准有效的与微卫星相关的数据库；⑶目前发现的微卫星的突变率比较高。这些因素限制了MVR-PCR技术的应用，目前其应用主要局限于法医学和人类遗传学的研究。
自Wyman等克隆分离人类基因组第一个微卫星DNA以来，越来越多的微卫星DNA被克隆、分析。微卫星DNA核心重复序列在不同的个体间存在较大的变异，同时MVR-PCR技术具有简单、快速、可以数字编码有利于计算机储存的特点，使得MVR成为法医学领域中应用广泛的遗传学标记之一，故MVR-PCR技术被广泛的应用于法医学的个人识别和亲子鉴定中。微卫星DNA突变率极高，且突变过程也极复杂，是目前遗传学研究的难点之一，由于MVR-PCR技术可以揭示DNA序列内部的变异结构，使其成为研究微卫星DNA突变机制和过程的方法之一。近年来，MVR-PCR技术已被肿瘤研究和微生物学领域的研究所采纳，可以预见，随着更多符合要求的微卫星DNA的发现，MVR-PCR技术将会在更多的领域中得到广泛的应用。
第九节 RAPD技术
自从1985年Jeffreys建立了DNA指纹技术以来，该技术就得到了广泛的应用。随着PCR技术的建立，DNA指纹技术也不断的发展。1990年Welsh等首先使用任意引物进行基因组指纹分析来检测DNA的多态性。
一、 原理
使用随机选择的的核苷酸作为PCR反应体系中的引物，在较低的复性温度下(36℃)进行PCR。由于非特异性的引物与模板上的多个位点结合而不是与某一限制性位点特异性的结合，因此经过PCR扩增反应后可以产生多个PCR产物。经过凝胶电泳可以将上述的多个PCR反应产物分离，这样的多态性的产物通常称为随机扩增多态性DNA(Random Amplification Polymorphism DNA,RAPD)。最有效结合的引物在扩增过程中相互竞争而产生指纹，从而形成相应的DNA指纹图谱。
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