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标题:一本待出版的有关PCR技术的新书[转自 丁香园论坛]

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第四节 结果分析及注意事项
本实验用PCR技术检测CDK4基因敲入小鼠的表现型成功率为99%。本方法成功率较高,但应注意如下问题:
1.设计引物时,引物的结合位点距离插入基因片段不能太远,否则由于片断太小,使目的基因所占的比例变小,与对照比较时不易拉开距离,效果不好。
2.实验中,常会出现当DNA浓度过高时,反而不能扩增出PCR产物,故应特别注意DNA浓度的控制,具体见本书有关章节。
3.如果PCR未获得扩增结果,需考虑如下问题:
(1) 引物问题:引物可通过电泳检测,有时PCR引物降解则无PCR扩增产物。可使用电泳直接检测引物,如果只有一条带,提示引物降解。
(2) DNA浓度:DNA浓度不能太低或太高。若浓度过高,电泳后,可见加样孔处有浓的DNA,但无特异带,此时需将样品逐级稀释后再扩增。
(3) 若如上均无问题,仍没有PCR产物,应考虑Taq酶活性有无问题。
(4) 反应条件、循环参数是否适宜靶基因的扩增。

邓兴力 王廷华

参 考 文 献
1  Pardee AB. A restriction point for control of normal animal cell proliferation. Proc Natl Acad Sci U S A, 1974,71(4): 1286-1290.
2  Serrano M, Hannon GJ,Beach D. A new regulatory motif in cell-cycle control causing specific inhibition of cyclin D/CDK4. Nature, 1993,366(6456): 704-707.
3  Hannon GJ,Beach D. p15INK4B is a potential effector of TGF-beta-induced cell cycle arrest. Nature, 1994,371(6494): 257-261.
4  Guan KL, Jenkins CW, Li Y, et al. Growth suppression by p18, a p16INK4/MTS1- and p14INK4B/MTS2-related CDK6 inhibitor, correlates with wild-type pRb function. Genes Dev, 1994,8(24): 2939-2952.
5  Hirai H, Roussel MF, Kato JY, et al Novel INK4 proteins, p19 and p18, are specific inhibitors of the cyclin D-dependent kinases CDK4 and CDK6. Mol Cell Biol, 1995,15(5): 2672-2681.
6  Chan FK, Zhang J, Cheng L, et al. Identification of human and mouse p19, a novel CDK4 and CDK6 inhibitor with homology to p16ink4. Mol Cell Biol, 1995,15(5): 2682-2688.
7  Guan KL, Jenkins CW, Li Y, et al. Isolation and characterization of p19INK4d, a p16-related inhibitor specific to CDK6 and CDK4. Mol Biol Cell, 1996, 7(1): 57-70.
8  Harper JW, Adami GR, Wei N, et al.The p21 Cdk-interacting protein Cip1 is a potent inhibitor of G1 cyclin- dependent kinases. Cell, 1993,75(4): 805-816.
9  el-Deiry WS, Tokino T, Velculescu VE, et al. WAF1, a potential mediator of p53 tumor suppression. Cell, 1993,75(4): 817-825.
10  Xiong Y, Hannon GJ, Zhang H, et al. p21 is a universal inhibitor of cyclin kinases. Nature, 1993,366(6456): 701-704.
11  Polyak K, Kato JY, Solomon MJ, et al. p27Kip1, a cyclin-Cdk inhibitor, links transforming growth factor-beta and contact inhibition to cell cycle arrest. Genes Dev, 1994, 8(1): 9-22.
12  Polyak K, Lee MH, Erdjument-Bromage H, et al. Cloning of p27Kip1, a cyclin-dependent kinase inhibitor and a potential mediator of extracellular antimitogenic signals. Cell, 1994,78(1): 59-66.
13  Toyoshima HHunter T. p27, a novel inhibitor of G1 cyclin-Cdk protein kinase activity, is related to p21. Cell, 1994, 78(1): 67-74.
14  Lee MH, Reynisdottir I,Massague J. Cloning of p57KIP2, a cyclin-dependent kinase inhibitor with unique domain structure and tissue distribution. Genes Dev, 1995,9: 639-649.
15  Matsuoka S, Edwards MC, Bai C, et al. p57KIP2, a structurally distinct member of the p21CIP1 Cdk inhibitor family, is a candidate tumor suppressor gene. Genes Dev, 1995,9: 650-662.
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第一章 聚合酶链式反应  2
第一节 PCR技术的原理  2
第二节 PCR反应体系  4
一、 模板(template)  4
二、 引物 (primers)  5
三、 反应缓冲系统(reaction buffer system)  8
四、 二价阳离子(divalent)——Mg2+  8
五、 三磷酸脱氧核苷酸(deoxynucleotide triphosphates,dNTPs)  9
六、 耐热DNA聚合酶(thermostable DNA polymerase)  9
七、 PCR促进剂  13
第三节 PCR的反应温度和循环参数  13
一、 变性温度与时间  14
二、 退火的温度与时间  14
三、 延伸温度与时间  14
四、 循环次数  15
第四节 PCR反应条件的优化  15
一、 PCR反应条件的选择  15
二、 PCR反应的忠实性  26
三、 平台效应  28
第五节 PCR产物的检测  28
一、 凝胶电泳检测  29
二、 核酸探针杂交检测  29
三、 酶谱分析法  31
四、 DNA酶免疫试验法(PCR-EIA)  31
五、 PCR-酶联免疫吸附法(PCR-ELISA)  31
六、 颜色互补分析法  31
七、 序列分析法  32
八、 PCR-HPLC法  32
九、 单一核苷酸引物延伸法(SNUPE)  32
十、 PCR-寡核苷酸连接检测法(PCR-OLA)  32
十一、 单链构型多态性分析法(PCR-SSCP)  33
第六节 PCR产物的纯化  33
第二章 DNA模板的制备及PCR技术  35
第一节 DNA模板的制备  35
一、 有机提取法  35
二、 Chelex-100提取DNA  40
三、 无机法提取DNA  41
四、 差异裂解提取法  41
五、 其他方法提取DNA  41
第二节 PCR常见问题及处理  43
一、 PCR扩增参数对扩增目的基因的影响  44
二、 PCR常见问题及处理  44
第三节 PCR技术中污染问题  46
一、 污染原因  46
二、污染的监测  47
三、 防止污染的方法  47
第四节 PCR技术实验室的质量控制  49
一、 设备条件  49
二、 人员条件  49
三、 操作标准问题  49
第三章 原位PCR相关技术  51
第一节 原位PCR  51
一、原位PCR的基本原理  52
二、 原位PCR的方法和原则  52
三、 原位PCR中的问题和技术难点  59
四、 应用前景  60
第二节 原位PCR的分类  60
一、 直接原位PCR  60
二、 间接原位PCR  61
三、 原位反转录PCR  62
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第三节 原位PCR技术  63
一、 直接原位单拷贝PCR  63
二、 在细胞和石蜡切片上检测低拷贝DNA序列的原位PCR方法  67
三、 冰冻切片上的逆转录原位PCR  76
四、 HIV-1前病毒 DNA的原位PCR检测及流式细胞仪分析  81
五、 细胞内mRNA的原位PCR扩增  86
六、 组织切片上核酸序列的PCR扩增  93
第四章 定量PCR 技术  100
第一节 概述  100
第二节 基本概念  101
第三节 定量PCR 技术基本原理  101
第四节 定量PCR技术的种类  102
一、 外对照PCR定量  104
二、 有限稀释PCR定量分析  104
三、 内对照PCR 定量  105
四、 非竞争性对照基因定量法  106
五、 竞争性定量PCR  106
六、 PATTY定量分析mRNA法  107
七、 PCR-ELISA法:  107
八、 荧光定量PCR  107
九、 实时定量PCR技术  108
十、 定量PCR的主要影响因素  108
第五节 荧光定量PCR 技术及其在临床上的应用  109
一、 荧光定量PCR  109
二、 实时荧光定量PCR  121
第六节 PCR 产物的定量检测与技术  129
一、 凝胶检测系统  129
二、 HPLC检测系统  129
三、 固相测定系统  129
四、 SPA系统  130
五、 杂交检测系统  130
六、 电化学发光检测系统  130
七、 DNA酶免疫测定系统  131
八、 激光诱导荧光检测法  131
第七节 目前存在的问题及展望  131
第五章 其它相关PCR技术  134
第一节 逆转录—聚合酶链反应  134
一、 原理  134
二、 实验方法  134
三、 常见问题处理  137
第二节 套式PCR  139
一、 原理  139
二、 基本技术  140
三、 套式PCR的应用与评价  141
第三节 多重PCR(MULITIPLEX PCR)  142
一、 原理  142
二、 基本技术  142
三、 多重PCR的应用与评价:  143
第四节 PCR结合等位基因特异性的寡核苷酸探针法(PCR-SSO)  144
第五节 PCR结合序列特异性引物技术(PCR-SSP)  146
第六节 单链构型多态性分析(PCR-SSCP)  147
一、 原理  147
二、 基本技术  147
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第七节 限制性酶切片段长度多态性分析(PCR-RFLP)  149
第八节 MVR-PCR  150
一、 原理  150
二、 基本技术  151
三、 应用和评价  152
第九节 RAPD技术  153
一、 原理  153
二、 基本技术  153
三、 技术应用和评价  155
第六章 PCR技术用于构建CDNA文库、测序及基因突变的检测  159
第一节 CDNA文库构建的基本技术  159
一、 经典cDNA文库的构建方法  159
二、 用PCR 方法构建cDNA文库  167
第二节 PCR测序  168
一、 PCR产物直接测序法  168
二、 PCR循环测序法  169
第三节 PCR技术用于基因突变的检测  171
第七章 PCR技术分析DNA序列多态性  176
第一节 DNA的二种多态性和遗传标记分类  176
一、 片段长度多态性(fragment length polymorphism,FLP)  176
二、 序列多态性(Sequence polymorphism)  177
第二节 PCR技术分析DNA序列多态性  177
一、 PCR-RFLP(restriction fragment length polymorphism )技术  177
二、 PCR-SSO(sequence specific oligonucleotide-PCR,SSO-PCR)技术  178
三、 PCR测序  178
四、 PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism,SSCP)技术  179
五、 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism ,SNP)及PCR分析  179
六、 线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)多态性及PCR分析  181
第八章 用PCR技术分析VNTR和和STR  188
第一节 概述  188
第二节 扩增片段长度多态性分析分型技术基本原理  189
第三节 用PCR技术分析小卫星VNTR基因座分型的基本技术  190
一、 VNTR基因座特征  190
二、 试剂和器材  190
三、 基本操作步骤  195
四、 常用遗传学数据的统计处理  202
五、 小卫星VNTR扩增分析的质量控制  205
六、 小卫星VNTR扩增分析的应用  206
第四节 用PCR技术分析微卫星(STR)基因座  206
一、 STR基因座特征  206
二、 常用的STR扩增基本技术  207
三、 STR复合扩增(multiplex PCR)  212
四、 STR扩增分析的质量控制  214
五、 STR扩增分析注意的问题  214
六、 PCR分析STR技术的应用领域  217
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第九章 用PCR技术对性别染色体进行分析  223
第一节 概述  223
第二节 PCR扩增的基本方法  223
一、 PCR扩增模板的制备  223
二、 主要试剂及其配置、所使用仪器、DNA浓度和纯度的检测方法  224
三、 PCR反应  224
第三节 讨论  226
第十章 用PCR技术对动植物、微生物DNA  进行分析  228
第一节 概述  228
一、 特异性PCR  228
二、 任何引物PCR  231
第二节 实验方法与步骤  233
一、 样品来源  233
二、 主要试剂及其配制  233
三、 基因组DNA的提取及其检测  235
四、 PCR反应:  236
第三节 结果与讨论  238
第十一章 PCR技术检测CDK4敲入转基因鼠的基因型  240
第一节 实验原理  240
第二节 实验方法  240
一、 仪器及试剂配制  240
二、 实验方法  241
第三节 结果  243
第四节 结果分析及注意事项  248
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你好!
我现在正在做PCR,包括一般PCR和RACE,您上传的文章对我非常需要,并且有一个具体的指导。谢谢啦~
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真的很不错,内容翔实,具有可操作性。
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