小中大
我来试试，期待高手砸砖：
根据你的图片，M和U的扩增片段大小应该都在150~160左右（楼主做的是p16？呵呵呵）
1：应该是引物二聚体。特别是在下图中空白对照中（只有引物没有模板）这些浅条带的出现更支持引物二聚体的判断。
2：我也同意你的判断,可能是模板降解了。因为你前一批的MSP没有问题，就可以排除模板修饰不全和PCR扩增本身失败的可能性。
我不知道你的基因组DNA来自于什么标本？组织（新鲜还是石蜡包埋）？外周血？细胞株？我以前做石蜡包埋组织基因组DNA的甲基化，取2ug用zymo的修饰试剂盒修饰后10ul洗脱，各5ul分装于200ulPCR管负70度冻存（不超过一周），MSP时先配好PCR的反应液，再直接取出模板解冻加样上机扩增。
前一段时间从细胞株中提取基因组DNA，同样以2ug用zymo的修饰试剂盒修饰后可以用至少20ul洗脱，然后以5ul分装负70度冻存，取2.5ul行MSP或者BSP，模板切忌不要反复冻融（超过3次就很难扩增了），按照这样的保存条件，修饰后的模板在2个月后拿出来依然能P出很漂亮的条带。
MSP确实比常规PCR难一些，所以对酶的要求比较高，建议使用takara的hotstart，我以前就用这个做MSP，现在也用过ABI的amplitaqgold，效果也不错。
PS:你的电泳图上下颠倒了，看着怪怪的。
一点拙见，供参考。
