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标题:【求助】全血基因组DNA提取问题

remonte[使用道具]
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我是个新手,我要提的是血浆里的DNA,哪位好心的xdjm能给我推荐一下用哪个公司的什么型号的试剂盒比较好,多谢多谢!
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remenb[使用道具]
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PCR作完有的会有杂带,样本多的情况下尤其可能,建议将目的条带切下纯化然后再酶切。当然,你的目的带要够亮才好。
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2541[使用道具]
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我用的是天根公司的 感觉用起来比较好!
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bgf5[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 remenb 于 2015-8-1 18:06 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

PCR作完有的会有杂带,样本多的情况下尤其可能,建议将目的条带切下纯化然后再酶切。当然,你的目的带要够亮才好。

谢谢你的回复,呵呵,我已经发现这个问题了,我用PCR产物没有纯化就直接酶切,结果什么也没切出来!我已经买了胶回收试剂盒,下一步就是切胶回收再酶切!谢谢回复!我会继续努力。有进展及时与大家沟通!
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我这个问题放在这也许不太合适:我怎么最近做PCR跑出来的带子没有原来的亮?我分析的可能原因是:1)DNA降解;2)引物脱嘌呤(这个是因为我无意中测了一下我用的无菌超纯水的pH值,是6.18-6.22,可能对引物不好);3)实验室条件变化;4)所用的试剂反复从冰箱中取出放回,性能下降。
我想到的可能是这样,不知道对不对!请大家指正!
还有,大家溶解引物时是用水溶,还是TE溶,区别很大吗?
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junhun[使用道具]
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天根什么型号的呢。试剂公司给我推荐用DP315,但较贵,也没用过,不知道提取效果会怎样
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junhun[使用道具]
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我这个问题放在这也许不太合适:我怎么最近做PCR跑出来的带子没有原来的亮?我分析的可能原因是:1)DNA降解; 有可能2)引物脱嘌呤(这个是因为我无意中测了一下我用的无菌超纯水的pH值,是6.18-6.22,可能对引物不好);这个pH已经不错了,水不利于引物保存,但还不至于脱嘌呤,合成引物过程中还要用到三氯乙酸呢
3)实验室条件变化;4)所用的试剂反复从冰箱中取出放回,性能下降。主要是引物和dNTP、模板
我想到的可能是这样,不知道对不对!请大家指正!
还有,大家溶解引物时是用水溶,还是TE溶,区别很大吗?建议母液用TE,工作也用水或者Tris-HCl
......
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呵呵,谢谢你的回复!我己经把引物用TE溶了,用水还是不放心!能再问你一个问题吗?我下边这对引物:上游: 5’-CAGCAGAGCCAACTTCTGACCC-3’;(Tm 63.8℃)下游:5’-CCCTTGTAAGGCAAGTCTGG-3’(Tm 59.4℃),扩增片段长度1800bp.我的PCR条件是94℃预变性5分钟,94℃变性60秒,退火58℃,50秒,延伸72℃,60秒,30个循环。最后延伸72℃5分钟。什么也跑不出来。是(1)退火温度太高了?(2)延伸时间不够?(3)最可怕,也是我最不想认为的是引物设计不合理。。。。。。。?
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junhun[使用道具]
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首先,我认为引物设计的重要性要高于PCR条件的摸索;如果说你的这个PCR条件有什么要摸索的,我想,既然现在没有产物,那退火温度往低了调,先不管特异性,先有东西再说,有了产物,特异性不好,再考虑温度高一点,如果退火温度降下来也没有产物,那就要考虑试剂等原因了。
其次,不清楚你扩增的什么模板,看前面的帖子,应该是人基因组吧?我以前做过Taq酶质量控制,一般公司的普通Taq酶扩增人基因组到2k多大小的片段已经接近极限了,也就是说处于扩增出来和不出来之间,条件稍微不好就失败,所以Taq酶质量在你的实验中应该比较重要。
另外,引物我只是建议贮存液用TE溶,工作液如果也用TE溶,既要顾及到PCR体系中加入引物的体积,不能太大,否则引入太多EDTA,会螯合镁离子,抑制PCR。
最后,引物设计的好坏,可以用oligo6.0评价一下。
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bgf5[使用道具]
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不好意思,上面的回复中(我今天又做了一次PCR,呵呵,我没有把退火温度降低,反而升高了由原来的58℃升到60℃,竟然有带子跑出来了,不过有“非”特异性条带,我明天准备再升一度,再调一下。)我少打了一个“非”字。
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