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标题:【求助】5‘RACE 紧急求助

月牙牙[使用道具]
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【求助】5‘RACE 紧急求助

本人3’端已经测出来了,现在做5‘端,却怎么也扩不出来。5'RACE做了两轮pcr,用的都是以下程序:即1、94度2分钟。2、94度30秒,72度3分钟,5cycle。3、94度 30秒,70度30秒,72度3min,5 cycle。4、94度30秒,68度30秒,72度3分钟,25cycle。最后,72度7min延伸。(这个是BD公司提供的程序)
做第一轮pcr的时候有条带,但是鉴定不是我要的。第二轮pcr的时候好像隐约有目的条带,但是不亮,很微弱。对了,我把第一轮的产物稀释了100倍,第二轮成糊状。
内外2个引物的TM值设计的时候都接近70度,按照要求设计,可是合成出来后引物单子上是63.62度。
是不是程序不合适?
请各位给一些建议,本人在此谢谢大家啦。
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gogo[使用道具]
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不要管引物单上的温度,第一轮低退火温度扩,我一般55度,40个循环,第二轮温度梯度,跨度尽量大点,50到70度吧,做个5管就行了。
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jude[使用道具]
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我做5‘的时候也出现过你说的情况,不过现在我已经得到了我要的目的基因。我使用的是加接头的方法,我没有做巢式PCR,就是在合成引物的时候我本来合成的Tm值是72°,出来发现只有62°,当时我也没有管它,索性死马当活马医,我使用的反应程序是:Clontech公司提供的2号程序。不过那个扩增用的酶我使用的是Advantage酶,反应体系也是参考Clontech公司的说明书上做的,效果不错。很轻松就做出来了。
之前我也使用过很多其他的酶,什么普通的Taq,LA Taq,Ex Taq,HS Taq都使用过,感觉效果不是很理想,还浪费了我很长时间。
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月牙牙[使用道具]
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我用巢式PCR老是糊成一片,第5和7泳道好像隐隐约约有条带,我要的估计就是400多,但是也不亮。我把电泳图发上来看看。
各位有经验的指导下哟,愁死


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hyuu[使用道具]
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前一段时间做5race,用的是advantage酶,第一轮pcr后有一条带,第二轮巢式有另一条带,与我的目的条带非常接近,于是立即把下面的程序一气呵成,酶切也是非常之正常,但是,测序后的结果让我立马跌入谷底,不是我要的结果,也就是说,我race了一个与我目的片段一样的非特异性片段,各位高手指点一下啊
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hyuu[使用道具]
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提的总RNA有降解,特异性引物是19bp,不知是不是这原因,郁闷死了
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dog002[使用道具]
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软件合成的TM值都是偏高的,引物合成报告单上的还是比较准确的
我就是按照这个退火温度做出5‘RACE的
但是每个人的情况都不一样,别人的方法不一定适应你的
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月牙牙[使用道具]
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,你做5'RACE 顺利吗?你的程序是怎样设的呢?用巢式扩两轮的吗?
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queen[使用道具]
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还算顺利吧
我的两条基因都是在引物报告合成单TM值左右做出来的
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queen[使用道具]
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巣式做不做都可以,并不是必须的,这只是一步验证 有的基因表达的丰度低,或者是引物不合适,经常会发生非特异的扩增,这样最好做一下巣式 具体要看你研究的基因的情况了 有的人的非常好做,有的人可能怎么也做不出来的
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