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标题:【求助】如何寻找启动子？

黄花菜[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】如何寻找启动子？


我觉得启动子在基因以外, 是控制转录的元件, 在转录起始点上游, 和翻译起点ATG无关, 在网上看到寻找启动子, 我也很迷茫, 望高手指点如何寻找启动子？Sad
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yizhi[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

同问同问，我找到了已知基因的上游序列，暂且称作基因调节区吧，但是用什么方法可以调出来呢？
我用常规的PCR方法，设计引物，以总DNA为模板却一直没有得到阳性结果，有没有人做过类似的实验呢？
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ending[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

采用反向PCR，genome walking ,或Tail-PCR 均可以调出已知序列的侧翼! 进一步可以进行启动子预测等
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

所有的东西都是预测，只有通过试验证明。
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veiwu[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

使用步移搞出上游序列，用专门研究启动子的vector，对启动子进行逐步碎裂研究。
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qhyu[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
转自小木虫boying0928的个人空间 ，个人认为很好！
今天接到遥远老板的来电，急需查出某条基因的启动子序列，说他第二天早上就要，虽然搜到不少讲怎么找启动子的，但总是只言片语，我比较笨搞清别人的含义需要很长时间，于是把我折腾了一个白天，下面就记录下自己查找启动子的整个过程希望对后来的兄弟有点帮助：
首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter，返回15条记录，大概浏览了下摘要，很失望没有Sad ;
接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站，如下，cuturl('http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html')
其中给出了查找启动子的一般步骤，并且列出了所要用到的工具，兴奋！
第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即110778899-110997788；
第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/')
该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；
第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/')
我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！
哈哈，说了很多废话，不过感觉把我搜索的整个过程详细记录下来了，斗胆在这里献丑，希望朋友们别扔砖头，而且很多地方还值得探讨，so请大家指正！
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cj_mondy[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

一般查阅外文文献，老外从转录起始位点（Transcription Strart Site，TSS，记为＋1位）开始上溯2K－3K的区间算做是启动子。而国内的很多研究文章却是从翻译起始位点（ATG）开始计算。这主要是因为转录起始位点的确定一直是个大难题，花钱花时间的事情自然就很少有国人去碰它。但是从严格意义的基因结构上说，老外的做法是正确的。
回到LZ的问题，在序列未知的情况下，genome walking ，Tail-PCR，Anchor－PCR都是常用的方法（真核生物）。相关的帖子可在论坛搜索到很多，就不重复了。
最后总结一句话：使用DXY 搜索genome walking（染色体步行） ，Tail-PCR（热不对称交错PCR），Anchor-PCR(锚定PCR)是最简单的方法。^_^
++
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cj_mondy[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

一般查阅外文文献，老外从转录起始位点（Transcription Strart Site，TSS，记为＋1位）开始上溯2K－3K的区间算做是启动子。而国内的很多研究文章却是从翻译起始位点（ATG）开始计算。这主要是因为转录起始位点的确定一直是个大难题，花钱花时间的事情自然就很少有国人去碰它。但是从严格意义的基因结构上说，老外的做法是正确的。
回到LZ的问题，在序列未知的情况下，genome walking ，Tail-PCR，Anchor－PCR都是常用的方法（真核生物）。相关的帖子可在论坛搜索到很多，就不重复了。
最后总结一句话：使用DXY 搜索genome walking（染色体步行） ，Tail-PCR（热不对称交错PCR），Anchor-PCR(锚定PCR)是最简单的方法。^_^
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bring[使用道具]
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发表于 2015-8-5 15:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

Promotor 区的研究，首先需要拿到需要的序列，从基因组中的PCR相对困难些，而且非编码区的调取也很困难，所以一定要在设计引物上下功夫，BLAST的重要性在这里体现得很明显，可以采用套式PCR方式，逐步调取。
对该区的分析，要采用软件，分析大概的作用元件。
希望对你有帮助。
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