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标题:甲基化检测方法(亚硫酸氢盐修饰后测序法)

finger[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 loli 于 2011-8-31 17:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼主你好,我现在正作修饰,用的是chemicon公司的试剂合,总是不成功,不知道你是否有这方面的建议  

回答:没有使用过,不过您可以把遇到的主要问题发上来,大家共同探讨一下。
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dreaming[使用道具]
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楼主好,我今天刚又作了一次还是一点条带都没有。我用的是chemicon公司的试剂盒,实验室条件有限无法知道修饰的效果如何,作PCR的条件也是我自己看书设的。有几个问题还请楼主帮小弟看看:
1 我用的引物上面有两个退火温度,上游引物中一个是1M钠离子时的65.7,另一个是50mM钠离子时的44.1,下游引物也有两个,我该怎么用?
2我做不出来的情况下怎么分析是修饰的问题还是PCR的问题.
3修饰是剧烈的化学反应,修完后的基因就都是单链了,用紫外分光测浓度都是些小片段居多,而且跑电泳不结合EB了,是不是这样?
4做甲基化的PCR是不是除了退火温度不一样,反应条件可以差不多吧?我用的是95-3分钟,/95-30'.58-30'.72-30',35个循环,最后72-10分钟.楼主您觉得行不?
5还有一个就是请楼主帮小弟来点自信吧,我都失败的麻木了,不知道那的原因就是做不出来.
谢谢楼主了!
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楼主好,我今天刚又作了一次还是一点条带都没有。我用的是chemicon公司的试剂盒,实验室条件有限无法知道修饰的效果如何,作PCR的条件也是我自己看书设的。有几个问题还请楼主帮小弟看看:
1 我用的引物上面有两个退火温度,上游引物中一个是1M钠离子时的65.7,另一个是50mM钠离子时的44.1,下游引物也有两个,我该怎么用?
2我做不出来的情况下怎么分析是修饰的问题还是PCR的问题.
3修饰是剧烈的化学反应,修完后的基因就都是单链了,用紫外分光测浓度都是些小片段居多,而且跑电泳不结合EB了,是不是这样?
4做甲基化的PCR是不是除了退火温度不一样,反应条件可以差不多吧?我用的是95-3分钟,/95-30'.58-30'.72-30',35个循环,最后72-10分钟.楼主您觉得行不?
5还有一个就是请楼主帮小弟来点自信吧,我都失败的麻木了,不知道那的原因就是做不出来.
谢谢楼主了!
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finger[使用道具]
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楼上:
回答:试着谈一下。
1:怎么分析是修饰的问题还是PCR的问题?
修饰用试剂盒应该带有对照,以判断您修饰成功与否,请修饰时同时使用对照。修饰后DNA成为单链,比较脆弱,所以每一步操作像对待RNA一样对待它-轻柔、细致,才感觉比较保险。避免剧烈的吹打、振荡,尤其是使用漩涡振荡,一般是颠倒、旋转混匀溶液即可。
2:用的引物上面有两个退火温度,上游引物中一个是1M钠离子时的65.7,另一个是50mM钠离子时的44.1,下游引物也有两个?
您做的是甲基化特异PCR,即MSP吧?是两对引物吗?感觉退火温度不会相差这么多。如果您的引物来自文献,请参考文献。
3:95-3分钟,/95-30'.58-30'.72-30',35个循环,最后72-10分钟?
这个条件一般来讲是可以的。还要看您扩增片断的长短。如果是MSP,扩增片断较短,30sec是可以的。
我感觉是这样:
1:使用试剂盒修饰还是可以的,不知道其修饰后纯化回收的步骤采用的是什么方法,会不会有较多的DNA的丢失?请注意这个步骤。
2:进入修饰的DNA的量和纯度是否良好? 直接决定您修饰后还能有多少用来进行PCR!我总是反复强调这一点,我认为是非常重要的,只有足够多、足够纯,才能最终保证修饰后剩足够量用于PCR。
3:MSP有相当的难度,请多查阅文献,更换引物试试。
实验非常考验耐心,研究就是这样-不要期望一蹴而就,有种境界:众里寻它千百度,蓦然回首,它在灯火阑珊处。这就是我的实验感言。
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loli[使用道具]
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谢谢楼主的分析!!!
我这个试剂盒中没有对照,里面只有四种试剂,其中两种粉剂,一种吸附剂,我按说明书说得在50度下修饰16个小时后用5微升的吸附剂吸附,吸附以后要反复用酒精洗涤,10000转1分钟离心震荡,您上面说要避免剧烈吹打震荡,我想吸附以后是不是就可以离心震荡,否则离心后的吸附剂很难有效洗涤。
我做得确实就是MSP,有甲基化和非甲基化两种引物,每种引物的退伙温度确实是差这么多,我就是取得他的平均值,跟参考的文献差不多。
我的目的片断是347大。您说的修饰后纯化回收是不是说的修饰后怎么从吸附剂里把基因洗脱下来,我是按照说明书用PH值7.5的TE液,50到60度15分钟,然后高速离心,其中有多少丢失就不知道了。
我的基因提取是用试剂盒提取的,量和纯度都是挺好的,我加了20微升的基因,自我感觉量还可以。
非常感激楼主的解释,我做实验完全是个菜鸟,希望多多帮忙。
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loli[使用道具]
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谢谢楼主的分析!!!
我这个试剂盒中没有对照,里面只有四种试剂,其中两种粉剂,一种吸附剂,我按说明书说得在50度下修饰16个小时后用5微升的吸附剂吸附,吸附以后要反复用酒精洗涤,10000转1分钟离心震荡,您上面说要避免剧烈吹打震荡,我想吸附以后是不是就可以离心震荡,否则离心后的吸附剂很难有效洗涤。
我做得确实就是MSP,有甲基化和非甲基化两种引物,每种引物的退伙温度确实是差这么多,我就是取得他的平均值,跟参考的文献差不多。
我的目的片断是347大。您说的修饰后纯化回收是不是说的修饰后怎么从吸附剂里把基因洗脱下来,我是按照说明书用PH值7.5的TE液,50到60度15分钟,然后高速离心,其中有多少丢失就不知道了。
我的基因提取是用试剂盒提取的,量和纯度都是挺好的,我加了20微升的基因,自我感觉量还可以。
非常感激楼主的解释,我做实验完全是个菜鸟,希望多多帮忙。
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楼主了解MSAP技术分析甲基化水平的试验吗?我遇到的问题是酶切连接后预扩和选扩的片段太小,只有100到200bp左右。这种片段太小,希望你能帮我,谢谢
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白鸟之翼[使用道具]
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这里用Epigentek 的 Modification kit,因为,做了不同的sample, 所以,不知道甲基化率怎么样。但是real time 已经做出几个primer的了,只是ct值很靠后(31-35之间),跟一般的DNA不一样,不知道这是不是MSP的特点呢?
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loli[使用道具]
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战友们有做过试剂盒修饰基因的吗,我怎么还是没结果啊,有跟我有同样经历的战友一块讨论一下啊。。。。。。。。
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去看海[使用道具]
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你好:
想请教一下,哪一位学者做过定量pcr呀?想问一下都买哪个厂家什么么型号的试剂盒啊?谢谢
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