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标题:甲基化检测方法(亚硫酸氢盐修饰后测序法)

王六六[使用道具]
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各位高手帮我分析一下,我也正在做甲基化实验,PCR扩增出的条带很特异,就是大小比预期的小大概80~90bp,不知是什么原因,这种现象正常吗?下面还要回收,连T载体,不敢往下做呀!帮帮忙吧!
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阿拉蕾[使用道具]
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回复 #111 王六六 的帖子

楼上说的情况,我没遇到过。你说比预期的小大概80-90bp,是拿软件对照maker计算出来的吗?如果是,可以说明,那肯定不是你要的目的条带了。那你还连T载体就没意义了。

首先,比对一下你的引物有没有设计错。其次,你的pcr的条件是不是摸索好了。你的引物是文献报道过的,还是自己设计的?
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岸上的鱼[使用道具]
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只是目测的,并没有用软件分析。???
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用跟你一样的试剂盒(从生物谷抄过来的),感觉会对你有帮助。

1. 我溶NaOH的水PH值大概在6.5左右,所以我每次调Reagent I的时候3MNaO0H

基本都要加150uL左右。

2. 解链时用50度水浴15分钟。

3. 加入Reagent I后,50度水浴16小时。

4. 加入Reagent II和III后,室温孵育10分钟

5. 第一次离心用9000 rpm 5分钟。

6. 70%乙醇清洗3次,每次9000rpm 1 分钟,最后一次13000rpm2min。

7. 加入20mM NaOH/90%EtOH后,反映5分钟。

8. 不要去掉20mM NaOH/90%EtOH,直接加入90%乙醇后离心,9000rpm 1min

9. 90%乙醇清洗2次,每次9000 rpm 1 min,最后一次13000rpm 3min

10. PH 7.5 TE buffer 65度 溶解 15 min

PS: 如果发现PCR结果中M,U,W都有产物,则提高些退火温度,因为毕竟这几对引物都只由几次位点甚至只有一个位点的差异,故非特异结合的可能性很大。

另外,每次PCR前一定把处理的DNA离心一下,因为会有残留的小珠,即Reagent III,它会影响PCR的结果。
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小荷尖尖[使用道具]
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请教一下各位高手,为什么做MSP时亚硫酸盐处理不完全会有假阳性结果啊?很困惑!谢谢回复!
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HOT兔[使用道具]
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可能个人的经验不一样,我调Reagent I 的PH 3MNaO0H加50uL左右
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请问您是怎么调亚硫酸氢钠的PH值的?是用PH计呢还是试纸?以您的经验,如果用3M NaOH调的话,配5ml加多少比较合适?如果偏酸或偏碱,分别会有什么后果呀?
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绿茶公子[使用道具]
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第三步当中提到石蜡油啊,请问是从石蜡标本中提取DNA么?希望尽快回答啊.谢谢了
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牙牙[使用道具]
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楼主好!
请问如果我研究的基因序列启动子区没有CpG岛,选择一段CG含量多的序列设计引物作MSP有意义吗?
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跳跳糖[使用道具]
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楼上的,我们研究甲基化,主要是看这种表观遗传现象对基因有什么影响,一般研究启动子区,可以看甲基化后,基因的mRNA有上调还是下降,在和样本的信息联系,看这种上调或下降对某基因的表达有什么影响,当然mRNA的表达有的时候和蛋白的表达不成线性关系的。

你的问题,假如选这一段GC含量高的,那你即使测出有甲基化,怎么和表达联系,或者你可以和cDNA联系,在和该基因表达的蛋白联系?甲基化只不过是5'端多了个CH3,但这种改变会不会导致该基因表达蛋白的变化,还没有确证,因为碱基是没变的。还有就是甲基化的间接作用:基因5′端调控序列甲基化后与核内甲基化CG序列结合蛋白(methyl CG-binding p rotein)结合,阻止了转录因子与基因形成转录复合物(大多是靠近转录起始区)

所以你随便找个高GC的区域研究是一般是没有意义的!(个人见解,请大家指正!)
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