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标题:甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）

冰激凌小姐[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
另外,2006年底nature上一篇文献提到:非CpG岛序列的甲基化状态发生改变也可以影响基因表达.正是基于此,导师坚持要继续做甲基化,苦于目前研究的方法都涉及CpG岛,实验毫无进展.请问liuzeyi2002,有没有具体方法可行呀?
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阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
学习了，能否把你的这篇文章发给我！因我们实验室主要研究是肿瘤遗传易感性的，主要是甲基化和SNP。还真不知道非CpG岛序列的甲基化的研究方法！
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麻瓜[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主，你好！我最近也准备做甲基化这方面的东西。虽然看了些资料但对这个技术还不是很了解。有个问题想请教：你做的是组织提取DNA吗？可以做单个细胞的DNA提取？亚硫酸盐修饰DNA的一系列的过程比较繁琐，步骤较多，如果我采用此方法提取单个细胞的DNA是不是困难加大，进一步做PCR的话是不是比较难跑出带？因为是以前完全是门外汉，提的问题可能有点幼稚，希望能得到尽快你的答复，谢谢！
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阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 麻瓜 于 2011-9-1 09:25 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼主，你好！我最近也准备做甲基化这方面的东西。虽然看了些资料但对这个技术还不是很了解。有个问题想请教：你做的是组织提取DNA吗？可以做单个细胞的DNA提取？亚硫酸盐修饰DNA的一系列的过程比较繁琐，步骤较多，如果我采用此方 ...

我们实验室是做的癌组织的，最近也做细胞的。隔壁实验室做的是血样的。

不知道你说单个细胞DNA是什么？
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格格巫[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想做的早期胚胎的细胞，早期的胚胎细胞数目较少，不知提取DNA是否有困难？
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阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
因为甲基化模板初始要求2ug，你的胚胎细胞数目少（不知道少到什么程度），可能很难达到要求量！因为我做肿瘤细胞抽提DNA，也要求培养细胞达到5×10的6次方（QIAGEN试剂盒）
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格格巫[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
只有2-8个细胞左右， 这样可以提到2ug？现在还没开始实验还不是很清楚能不能提到2ug？
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fangxiang[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我用Chemicon的盒子还没做出来，想试试手工的。请问搂主您手工修饰的试剂除了亚硫酸盐以外都是国产的普通试剂吗？提纯的试剂盒多少钱啊?
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阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我就在这里回答楼上的问题了，不PM了！

试剂对苯二酚最好是国外的，我们用的是sigma的。亚硫酸盐用的是MERCK的，产品号K33542428.其他的就用的国内的。

纯化试剂盒，用的是QIAGEN Tissue Kit cat no :69504
（效果很好）
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竹蜻蜓[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家好！！有个关于引物的问题，希望帮忙看看。有战友说过可以用普通引物扩扩修前的目的基因片断看看，那修饰后得甲基化引物也是针对因为甲基化而没有变化的目的基因因片段的，这两种引物能通用吗？有什么区别？？？另外，有用chemicon修饰试剂盒的战友吗??? 他的说明书后面关于引物设计的描述提到了W引物，这是不是说的扩修饰前基因的普通引物？？
谢谢了
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