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标题:甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）

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发表于 2011-9-1 09:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
比较菜，还是不太明白，甲基化是说整个CpG岛的C都变成U了还是只有部分碱基变化了？？？？您上面的例子为什么只有一个碱基变化了？？如果都甲基化了，那么修饰后的目的区应该没变啊？？不知道我这样理解对不对。
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阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
修饰后基因的甲基化，我们一般是这样认为的，因为CpG岛已经发生甲基化，那修饰后这里是不变的，但不是CpG岛的C要被化学修饰成U
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竹蜻蜓[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
对阿，那CpG岛是说C和G特别集中的部分把，我的引物不就是针对这片不变的甲基化区吗？与非CpG岛的地方有关系吗？  
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发表于 2011-9-1 09:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你好！请问楼主，在DNA用亚硫酸氢盐处理之前你是否酶切过？另外，不同个体的DNA能否混合在一起进行处理？谢谢！
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发表于 2011-9-1 09:40 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
回复楼上：

酶切？没有。不知道你说的酶切由什么目的？我们倒是要进行RNase处理一下RNA。

不同个体的DNA混在一起，那你最后怎么区分啊？我们是每个样本单独修饰！
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按秒计算[使用道具]
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发表于 2011-9-1 09:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主好!
能帮我看看我的MSP引物吗?是在线软件设计的.源序列为 1 cgaggatgtg cgtgggggct cggcggctgg gccgcgggcc gtgtgcggct ctgctcctcc
61 tgggcctggg gctgagcacc gtgacggggc tccactgtgt cggggacacc taccccagca
121 acgaccggtg ctgccacgag tgcaggccag gtgaggcctc aggaggggtc gccacgcacg
181 ggcactccag ggactggggg ctggggcagg gatgggccag ccaggaggct ggtcctgggg
241 agggggcggg tgaggggccg gccaagcctg gcagaggagc cgcctggggg ggtccacggg
301 cgcaagcctg gggcctgacc gctgcctgac gccggcctct gctgcaggca acgggatggt
361 gagccgctgc agccgctccc agaacacggt gtgccgtccg tgcgggccgg gcttctacaa
421 cgacgtggtc agctccaagc cgtgcaagcc ctgcacgtgg tgtaacctca gtgagctccc
481 acctggcccc acagccccac ccagcacagg gggcggcagc ctggcaccca cattcccacg
541 cagcagcatg gggctcccac agccgcagaa acgaacctca aaccacagcg gggtctgctc
601 cgccacaggg gtccttcgag gagctgaggc gtctcccagg ggcaccccct ctccctccgg
661 gggcccagac tcggcccagg ccacgtggag tcggggagac cacgctggcc atgtggcctg
721 gccttgctgg cctgagcagt gaggctgggg ggttgggcca tggagaccct gccgcaggcg
781 gggctggcgg ctggaggcgg tggaggggta gggaagggtg gctggggctg ccacggaacc
841 agccccaggt tgtggccagg aagggagggc ccaggagcct cgggggctgc aggggctcca
901 agtctcaggg gaggccgcag acccctgccc acggccctct gtgtggtggg gaggccaacc
961 tgtcctccag tgcccacgct tcctgaggac cctgtccaca gcccccacct gaccaccccc
1021 ccatccggcc cctgctcagg aagtgggagt gagcggaagc agctgtgcac ggccacacag
1081 gacacagtct gccgctgccg ggcgggcacc cagcccctgg acagctacaa gcctggagtt
1141 ggtgagctcg gtggctgcgg ccggcggttg ggggtgtgca tagcggctgt ctgtgacgca
1201 gatgggccgt gggccgcagg gacctggccc caccggtgcc tcctctggca tcctcaagac
1261 cgagctcccg ggtcagggcc cacgggtggg atgtgggcag ggagggcttc cagaggccaa
1321 acccaccacc cagccatggg gggcaagtgc ctgccccaca ggctctgccc catgtcccca
1381 gcacccgggg cctgtgggca gcccctgacc accctatctt tgttgcagac tgtgccccct
1441 gccctccagg gcacttctcc ccaggcgaca accaggcctg caagccctgg accaagtgag
1501 gggcctggcc aggggctggg aggggctggg ggggggttgg ggtggttagg agggcggagg
1561 agctggggag ctgggagggg ctgggggggc aggtggggtg ggggcagttt tgggggaagg
1621 ggaggtgctg gtggccctgg gggcctggct atgtggctgg acctggttgg ggagcaggaa
1681 gctgctgcct gggggcagcc tttccctgtg ggtggagctg ggtgtgtggg accctcaccc
1741 tccgcagctg ggaggccctg ggggcacagg acagggaggt gctggtgggg ggtgtagatg
1801 tgggagaagg gtgtgtggcc ttggaggccc ctgtgggggg cacgtggggc tgggcagcgt
1861 ccttggctgt cactggcctg gtgtctgtgg tagatgctgc ctgtggctgg ccagcgtgga
1921 ccctgttatc cccaccgcat ctcccgggtc ccagggggtt tctggcctga gcaacacctc
1981 ctgttcccca acagctgcac cttggctggg aagcacaccc tgcagccggc cagcaatagc
2041 tcggacgcaa tctgtgagga cagggacccc ccagccacgc agccccagga gacccagggc
2101 cccccggcca ggcccatcac tgtccagccc actgaagcct ggcccagaac ctcacaggga
2161 ccctccaccc ggcccgtgga ggtccccggg ggtaagggcg cctggcccag cccagcgggg
2221 cccccaaccc gaataggaga aggggagggc ggcatggggg cccctcctgt ggaccccacc
2281 cagcagaccc cttcctgcag gccgtgcggt tgccgccatc ctgggcctgg gcctggtgct
2341 ggggctgctg ggccccctgg ccatcctgct ggccctgtac ctgctccgga gggaccagag
2401 gctgcccccc gatgcccaca agccccctgg tgagtgcctc atggccctgc cgcactgctc
2461 ctggcgggtg aggcccaccc accaatctct ccttttttcc tccccagggg gaggcagttt
2521 ccggaccccc atccaagagg agcaggccga cgcccactcc accctggcca agatctgacc
2581 tgggcccacc aaggtggacg ctgggccccg ccaggctgga gcccggaggg tctgctgggc
2641 gagcagggca ggtgcaggcc gcctgccccg ccacgctcct gggccaactc tgcaccgttc
2701 taggtgccga tggctgcctc cggctctctg cttacgtatg ccatgcatac ctcctgcccc
2761 gcgggaccac aataaaaacc ttggcagacg ggagtctccg accggca
引物为rimer Start Size Tm GC% 'C's Sequence
Left M primer 259 23 58.40 73.91 6 CGGTTAAGTTTGGTAGAGGAGTC
Right M primer 442 23 59.65 65.22 5 CGACTTAAAACTAACCACGTCGT
Product size: 184, Tm: 77.4
Left U primer 257 25 58.34 76.00 7 GTTGGTTAAGTTTGGTAGAGGAGTT
Right U primer 443 25 55.40 60.00 5 ACAACTTAAAACTAACCACATCATT
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牙牙[使用道具]
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发表于 2011-9-1 10:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家好,我是新手,想请教大家,设计甲基化引物用的是DNA还是mRNA序列,需要区别吗?
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发表于 2011-9-1 10:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
当然是DNA，主要是研究DAN5‘调控区的甲基化。甲基化设计引物网站：cuturl('www.urogene.org/methprimer/'),可搜索文献：methyprimer: designing primers for methylation PCRs
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Darcy[使用道具]
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发表于 2011-9-1 10:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家好。我刚接触这方面的东西，很多问题都不了解。请教各位：用福尔马林泡过的肺癌组织还可以用来做MSP么？DNA提取方法与新鲜的组织有何不同么？还有各位前辈能否上传一份MSP所需试剂清单？多谢啦！  
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阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-1 10:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家好。我刚接触这方面的东西，很多问题都不了解。请教各位：用福尔马林泡过的肺癌组织还可以用来做MSP么？DNA提取方法与新鲜的组织有何不同么？还有各位前辈能否上传一份MSP所需试剂清单？多谢啦！

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我们一般把肺癌组织放液氮中，没有泡福尔马林，所以不知道能不能做MSP，不知道对MSP有什么影响（一般我们选择的是放化疗前的病人），我也给你在园子里找了，没人做过。ID：依依的战友老早就提出你这个问题了，没有人解决。

你的第二人问题，提供一个链接给你，希望对你有帮助！
(甲基化的一些旧贴总结整理，希望对新人有帮助！)
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=9184927&sty=1&tpg=1&age=0')
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