小中大最近我一直在摸条件，以前是一直没有结果，有一天我换了一个p16基因来做，发现成功了：经过修饰的肿瘤细胞的DNA，M引物能扩增出条带，U引物没有条带，而未修饰的DNA,M,U都扩增不出来；另外找了个正常人的标本，修饰后U引物能扩增出来，但M引物不能扩增。但我的基因一直是没有条带扩增出来，自从p16基因的扩增结果证实我修饰成功后，我的目的基因的M引物能扩增出有很多杂带，也包括目的片段在内，但正常人的和肿瘤的组织都能扩增出来，感觉特异性不好，而且U引物一直没有扩增出来，但别人的发表论文就没有杂带，我感觉很纳闷，而且我的pCR温度条件都是跟文献的一样的，不知道为什么？
回答：您可以提高一下退火温度，看是否能解决杂带问题。
另外，我在做限制性内切酶的实验，买了MBI的MSP I ,HpaII ,HhaI等三个酶，按照试剂说明书来做的，肿瘤细胞的总DNA一直切不断，于是我拿PCR产物来做酶切，又可以把产物切断，证明我的酶是没有问题的，我怀疑是总DNA的问题，但我经过再次纯化后，仍然是消化不了，不知道是什么原因？
回答：我想您所说的没切开应该是没有扩增到酶切后的DNA片段。我曾用过上述酶，效果还不错，注意一下酶反应的温度。总DNA纯化后使用水溶解，试试看。
我还打算做亚硫酸氢盐修饰后的DNA测序，设计了一对BSP引物可以扩增400bp的片段，按照我的设想，首先我的DNA修饰成功了，应该可以扩增的吧，但最近做了好几次，都没见任何条带，是不是扩增的片段比较长呢？有什么体系需要优化？我买的酶是天根的LA taq酶，Takara的也用过，都没成功。或是否需要把扩增的片段设计短先？
回答：可以做个小片段试试，400bp能做，但是不容易。
