甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法） - 经验共享

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标题:甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）

假小子[使用道具]
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381

发表于 2011-9-2 11:03 资料个人空间短消息加为好友

小中大

于找到组织了，小妹我刚开始做肿瘤的甲基化，用的是天莫的甲基化试剂盒，说明书上说加20ul差不多200-500ng的DNA就行了，大家是遵照说明书呢还是将提取的DNA纯化了然后加的样啊。期待大家指点，谢谢

假小子[使用道具]
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382

发表于 2011-9-2 11:05 资料个人空间短消息加为好友

小中大

还有啊，阳性对照是如何弄的？唉问题还真是多啊。请大家帮帮小妹啊，感激不尽！

假小子[使用道具]
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383

发表于 2011-9-2 11:05 资料个人空间短消息加为好友

小中大

还有不好意思了，我从肿瘤患者外周血中提取DNA，大约在35ng/ul左右,用天莫的甲基化试剂盒，按照楼主说的修饰要加1-2ulDNA,我是不是先要把提取的DNA纯化一下啊，因为试剂盒要求加20ul。是不是我提的DNA有点太低了？

大仙[使用道具]
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384

发表于 2011-9-2 11:06 资料个人空间短消息加为好友

小中大

楼主也提到，可以用电泳的方法大概估计浓度，现在有售精准定量的DNA marker.基因组DNA稀释几个梯度，和Marker比较就可以大概估计浓度了

微笑的海豚[使用道具]
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385

发表于 2011-9-2 11:17 资料个人空间短消息加为好友

小中大

不知道你的单个细胞指的是什么，我们做小鼠胚胎的，细胞量很少，DNA提取、亚硫酸氢盐处理、PCR模板都有不同，你可以查两篇文献看看，方法写的比较明白，具体的就要自己再查了。

《亚硫酸氢盐测序法检测小鼠胚胎Oct4启动子区甲基化[1]》

=菓子=[使用道具]
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386

发表于 2011-9-2 11:18 资料个人空间短消息加为好友

小中大

可能是引物的问题，我之前出现过电泳只点1微升引物出现两条带的情况，合成引物的公司说是与引物序列有关，电泳一下引物试试

阿福[使用道具]
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387

发表于 2011-9-2 11:20 资料个人空间短消息加为好友

小中大

可能是引物的问题，我之前出现过电泳只点1微升引物出现两条带的情况，合成引物的公司说是与引物序列有关，电泳一下引物试试

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请问你说的拿引物电泳是采用琼脂糖电泳还是PAGE?

阿福[使用道具]
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388

发表于 2011-9-2 11:21 资料个人空间短消息加为好友

小中大

还有不好意思了，我从肿瘤患者外周血中提取DNA，大约在35ng/ul左右,用天莫的甲基化试剂盒，按照楼主说的修饰要加1-2ulDNA,我是不是先要把提取的DNA纯化一下啊，因为试剂盒要求加20ul。是不是我提的DNA有点太低了？

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我最近在做甲基化,用的也是ZYMO的试剂盒,感觉质量没有问题,你完全按他们的protocol做就ok了.按照你的浓度,加10ul左右,补水至20ul 就好.
还有,我个人感觉亚硫酸氢盐转化对DNA的质量要求并不是特别高,因为我曾经用很差的
DNA做出来过.事实上,ZYMO公司据称有试剂盒能直接在细胞内进行亚硫酸氢盐转化.

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389

发表于 2011-9-2 11:21 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请问有什么方法可以做石蜡包块的甲基化分析？

石蜡包块的年份有要求吗？

从石蜡包块提取DNA有什么比较好的protocol或者试剂盒吗？？得率高不高？DNA质量如何？？

后续的甲基化检测用什么方法比较恰当？

我想做大量本的石蜡DNA甲基化分析

小困[使用道具]
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发表于 2011-9-2 11:22 资料个人空间短消息加为好友

小中大

楼主您好，你用的亚硫酸氢钠是sigma的s9000有的文献上说的是s8890，刚刚又去查了一下，s9000是Sodium metabisulfite，而s8890是Sodium bisulfite ，请问有区别吗？？

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