甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法） - 经验共享

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标题:甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）

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发表于 2011-9-2 11:22 资料个人空间短消息加为好友

小中大

楼主您好，你用的亚硫酸氢钠是sigma的s9000有的文献上说的是s8890，刚刚又去查了一下，s9000是Sodium metabisulfite，而s8890是Sodium bisulfite ，请问有区别吗？？

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当然有啦，s9000：Na2S2O5, s8890: NaHSO4。所以在配制bisulphite solution 时候，如果是S9000摩尔数应该是s8890的一半，因为按照S的摩尔浓度算的。
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绵绵[使用道具]
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392

发表于 2011-9-2 14:48 资料个人空间短消息加为好友

小中大

你的MSP实验做得怎么样了？我的课题也是提肿瘤患者外周血DNA做MSP，希望多多交流！QQ:313214010
阳性对照你找到了吗？据文献上说：
MSP阳性对照选取的方法有以下几种：（1）查文献找目的序列MSP阳性的细胞，用其修饰后DNA做阳性对照。（2）购买商品化的MSP阳性对照，但较昂贵。（3）自制MSP阳性对照：用CpG甲基化酶(M.SssI)处理胎盘DNA做阳性对照。因为CpG甲基化酶M.SssI能识别并甲基化CpG识中所有C,使其与MSP方法所理想的DNA状态一致，可模拟生物基因组的修饰模式，故可用来做阳性对照。方

绵绵[使用道具]
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发表于 2011-9-2 14:48 资料个人空间短消息加为好友

小中大

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发表于 2011-9-2 14:51 资料个人空间短消息加为好友

小中大

大家好，我最近用BSP法想看一下基因启动子区的甲基化状态，刚开始的时候扩增产物比较亮，测序也显示亚硫酸盐处理成功，可是后两批亚硫酸盐修饰的20个样本中只有9个能够扩增出弱的条带，感觉操作步骤都是一样的，不知道什么原因后面处理的标本最后得到的DNA中都有象树脂一样的白色东西，但是能够溶解到TE里，扩增效果不好会不会跟这个因素有关？为什么会有树脂样的东西呢？

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发表于 2011-9-2 14:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

有谁知道人或其他哺乳动物的线粒体基因上那些基因存在甲基化位点啊？？或者相关文章给小弟推荐下？？

荷塘青蛙！[使用道具]
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发表于 2011-9-2 14:54 资料个人空间短消息加为好友

小中大

大家好，我准备做MSP，是否需要设置对照，阳性还是阴性？还是都要？如何设置？我是从肿瘤患者全血中提取DNA，检测一种抑癌基因的甲基化表达情况。谢谢