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标题:甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）

冷太阳[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
想问一下，大家测PH值都是用的PH仪呢？还是根据经验来的？？谢谢
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夕阳[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问处理过夜后，能够不用那个纯化试剂盒吗？因为价格很贵啊，能够不用的话有啥经济的办法可以脱盐吗？谢谢高手回答啊
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大猫[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
可以做透析啊，本来用柱子回收损失就大。
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冰激凌小姐[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我按照楼主的方法做了DNA的修饰，但之后PCR都没有扩出东西来，引物是参照文献的。每份用1.5微克左右的DNA，修饰回收之后溶于25微升水中，取3微升跑琼脂糖电泳，结果什么都没有，请高手帮我分析一下，问题出在哪里，谢谢！
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小困[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问亚硫酸氢钠修饰后，必须要纯化回收么？有没有这样的纯化试剂盒的。价格大概在多少价位？烦请知道的朋友多多指教啊！  
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finger[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
回答：是的，只是方法略有不同。Promega有这样的试剂盒。如经济条件好些，可试试Takara的甲基化修饰试剂盒，一次修饰成功，价格大约要4000元左右。可以致电代理公司查询。
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finger[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我按照楼主的方法做了DNA的修饰，但之后PCR都没有扩出东西来，引物是参照文献的。每份用1.5微克左右的DNA，修饰回收之后溶于25微升水中，取3微升跑琼脂糖电泳，结果什么都没有，请高手帮我分析一下，问题出在哪里，谢谢！

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回答：谈点浅见：1：回收后可不必跑电泳，因为量少可能会什么也没有。2：进入修饰的量请确认，除了测定OD值外，跑个电泳试试，看一下提取的基因组DNA的质量。3：PCR体系尝试调整一下，如退火温度。
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@木木@[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
有的文献上说使用玻璃奶法回收DNA,但是它的亚硫酸氢盐修饰方法跟楼主的方法有所不同,请问,有什么不一样的吗?可不可以使用楼主的亚硫酸氢盐修饰方法而使用玻璃奶法回收呢?因为楼主的回收方法实在是好麻烦啊,呵呵,本人是新手,提的不成熟的问题。主要是我们是两年的研究生,自己研究的话真怕到时候作不出实验结果呢!!谢谢各位大侠的帮助!!!肯盼回复。
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嘉年华[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
教下楼主：
关于引物，我查的文献中有很多种不同的版本，实在不知该用哪一种。而且，这些引物在gene bank中都没比对到，是不是甲基化的引物就是跟正常的不一样，在库里比对不到啊？好急，谢谢啦！！！
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finger[使用道具]
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发表于 2011-8-31 15:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 @木木@ 于 2011-8-31 15:55 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
有的文献上说使用玻璃奶法回收DNA,但是它的亚硫酸氢盐修饰方法跟楼主的方法有所不同,请问,有什么不一样的吗?可不可以使用楼主的亚硫酸氢盐修饰方法而使用玻璃奶法回收呢?因为楼主的回收方法实在是好麻烦啊,呵呵,本人 ...

回答：没有使用过您说的方法，不敢妄言。如欲使实验简便，可使用甲基化修饰试剂盒，修饰回收一次完成，比较方便，Takara好像有此产品，可以查一下目录。回收的目的是去除修饰过程中的盐分，否则将影响后续试验。您说的方法如有成熟的Protocol，不妨参照做一下。
实验是非常耗费时间和精力的，还要有一颗敢于面对失败的心。
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