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标题:甲基化检测方法(亚硫酸氢盐修饰后测序法)

章鱼小丸子[使用道具]
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文献中的引物:
Primers specific for unmethylated DNA were 5'-GTTATGTTATGTTTGTTGTATG-3' (sense, -1616 to -1594) and 5'-TAAAATCCACCAACACAATCA-3' (antisense, -1394 to -1414) and yielded a 222-bp PCR product.
Primers specific for methylated DNA were 5'-TACGTGTTAGGGTCGATCG-3' (sense, -1427 to -1409) and 5'-CGAAATATCTACGCTAAACG-3' (antisense, -1152 to -1171) and yielded a 276-bp PCR product.
1、不知文献引物是否可用。
2、设计甲基化引物是不是最好在5‘端的甲基化区(上面第一个甲基化区是5’端的,第二个是3‘端的)
3、还有一问题:
我用MethPrimer 设计,软件给出好几对甲基化引物,可不知该怎样选择,希望能赐教。能否帮我推荐一下cyclind2基因的甲基化引物。谢谢大家了。
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橘子水儿[使用道具]
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请教:
我现在做MSP拉出的要么是引物二聚体,要么什么也没有,急急急啊,怎么办?请教各位大虾!
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finger[使用道具]
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回复 #79 橘子水儿 的帖子

回答:1:改变PCR条件;
2:更换引物。
反复查阅文献,并不断实践。
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如影随形[使用道具]
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多谢各位的分享!请高手们把溶液的配方和各试剂的作用介绍一下啊!谢谢!!
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喵咪[使用道具]
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现在用的是Chemicon的甲基化试剂盒,1ug的DNA模板,做20个25ul的PCR反应没问题,修饰后不需要clean up,阳性对照(0.2ug)的条带很明显,但未甲基化的引物中也有2条目的片段大小的条带,还是甲基化修饰的问题?从14小时到15小时条带还是存在,今天正在尝试修饰16小时,很期待明天的结果。按理说,阳性对照是比较稳定的,对于这种现象,请问LZ有什么高见?(用的是PCR后电泳的方法)
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蓝蜗牛[使用道具]
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有的文献上说使用玻璃奶法回收DNA,但是它的亚硫酸氢盐修饰方法跟楼主的方法有所不同,请问,有什么不一样的吗?可不可以使用楼主的亚硫酸氢盐修饰方法而使用玻璃奶法回收呢?因为楼主的回收方法实在是好麻烦啊,呵呵,本人是新手,提的不成熟的问题。主要是我们是两年的研究生,自己研究的话真怕到时候作不出实验结果呢!!谢谢各位大侠的帮助!!!肯盼回复。  
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假小子[使用道具]
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请教楼主:
关于引物,我查的文献中有很多种不同的版本,实在不知该用哪一种。而且,这些引物在gene bank中都没比对到,是不是甲基化的引物就是跟正常的不一样,在库里比对不到啊?好急,谢谢啦!!!
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葡萄籽[使用道具]
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刚开始做这个实验,请问您们用的是这个亚硫酸氢钠吗?要加水后反应生成亚硫酸氢钠?下面是说明:
S9000
Sigma-Aldrich Sodium bisulfite ReagentPlus®, ≥99%

As a solid, this product is sodium metabisulfite,.
When dissolved in water, it yields sodium
bisufite NaHSO3.
Na2S2O5 + H2O ® 2 NaHSO3
Sodium bisulfite is a reagent that is used in a variety of
large scale applications. These include the removal of
chlorine from bleached fibers in paper manufacture, as
a disinfectant and bleaching agent for wool, the
preparation of hot and cold indigo vats for dyeing, the
coagulation of rubber latex, and the manufacture of
sodium hydrosulfite.
请做过的朋友帮忙看一下,给点意见,谢谢!
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小蜜蜂[使用道具]
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请问,甲基化扩增的片段克隆后送测序,每次都是没信号,我自己做质粒PCR结果很好,请问春雨濛濛等专家是什么原因,我该怎么办?这件事已经耽搁3个月了。谢谢!
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格格巫[使用道具]
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请问各位,当你们得到甲基化测序结果以后,把结果作成很多文献上那种黑白小圆点的图,来说明你的那段序列里有多少甲基化的CpG,大家都是怎么做图的呢?自己手画还是有什么小软件可以用?谢谢!
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