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标题:RT-PCR讨论区

fangxiang[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 椰子叶子 于 2011-9-6 17:10 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
一定要做内参的,每一次,我想。不作内参的结果是不可信的,实际上,半定量rt-pcr本身就是不可信的,大部分,我想,不过我做的是可信的,玩笑,^_^。因为我反复摸,每次作,重复做,跟自己对照,用不同的酶,不同的体系,作出同样的结果,指的是基因表 ...

你的比喻很形象。我明白了。做内参的管当然是和加有特定引物的管是分开的。我是指RT和PCR在同一管里做,直接加入RNA,然后用Clontech的One-step Titanium RT-PCR kit做。我去年做过的,用一步法做出的结果比用两步法做出的不论是带的亮度还是带的形状以及带的特异性都要好。不过我可能会采用两步法,用Gibco的Superscript 逆转录酶。
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椰子叶子[使用道具]
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我一直不建议采用一步法,因为逆转录酶很贵,就坐一次PCR,多可惜啊!还有RNA。而且反转录了之后可以做10-20次,还可以摸条件找原因。建议大家查一查eeflying帖子,他的论述很正确精辟,是高手。我只是和他关于扩增片断长度上有不同意见。
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fangxiang[使用道具]
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谢谢,还想请教一下,用18S RNA做内参,其引物是什么?另外,在做Northern blot和RNA组织原位杂交时,我用cDNA的片段(3个基因的cDNA片段长度分别为:200bp, 433bp, 888bp)做探针,用Roche的DIG标记试剂盒进行标记,可否?盼回复。谢谢!
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椰子叶子[使用道具]
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18s的引物也和著名的βactin一样是设计的,只要拿到序列就可以了,但是限制是只能用总RNA为模板,但是比actin和bubulin等可准多了,更不要说GAPDH这个破烂了。18s除了在细胞中更相同(量)外,主要是它占的比例远远高于看家基因,所以定量更加准确,我想,不知对不对,请几位主任和eeflying指教。我认为,就像你用某一种东西的数量去概括,因该选那种多的东西,说一座房子是由2000块砖造成的,比说又29根梁更准确吧。更不要说没有看家基因不看家的缺点,因为他是服务于整个基因组表达谱什么的。
PE有专门的用于实时PCR的内参试剂盒,就是用18s,不过我们看懂使用的那条序列,不知有没有人用过,告知其序列和genbank号。
正好问一下,我查了一些序列,一直没有去合成,主要是因为手上的actin的荧光探针还没有完,当初和成了一堆。
有那位高手用过18s的内参,请问您的序列(我指的是模板的序列)?
原位杂交最好用RNA做探针,效果好一些,反正你有钱卖roche的盒子,而且量也能保证,因为转录过程嘛,沿着一条线突突地跑就是了。正义反义也容易理清。
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fangxiang[使用道具]
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18s的引物也和著名的βactin一样是设计的,只要拿到序列就可以了,但是限制是只能用总RNA为模板。

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请问椰子叶子,你说的18S 只能用总RNA为模板,是指的RT时的模板吧。这应该没有什么影响啊,因为我的目的基因也是用总RNA做模板进行RT的。
体外转录的RNA,标记时怎么知道哪条是正义RNA,哪条是反义RNA?难道RNA的两条链转录后不是混在一起吗?低级问题,可我确实不知道,盼指点。
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我觉得做RT-PCR的方法和条件及应注意的事项就是那么几条,许多专业书都有详细的描述,但是许多人还是历经多次磨难,有时就是得不出结果。因此,我认为因为每个人所要克隆的片断不同,引物不同等,因此对不同的人来说还是有他自己的特殊性,我的以下经历说明:做实验时各人的情况不同,做不出时还是要好好动一下脑子。
    记得我开始我的RT-PCR时,按常规方法,提取总RNA后,首先用自己设计的下游引物进行逆转录,不断改变反应条件,进行了N次均没有结果。后来考虑到本人的克隆的PCR的片断位于我们实验另一位同学克隆的片断当中,而该同学已经用RT-PCR克隆出她的片断(尽管她用这些RT-PCR产物做模版再进行PCR时也没办法重复出她的产物),因此,我先用她的引物和条件扩增出她的片断,然后用她的RT-PCR产物作模板(有点改进,逆转录反应换用了9mers随机引物),用我的引进物进行一般PCR,终于得到我的产物,测序结果完全正确。尽管我的这个经历别人很人遇到,但足可以说明实验可以有自己的模式,书本的知识和别人的经验很重要,但有时也不定要受到书本框框和别人经验的限制。
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本人在作巢式RT-PCR时,常遇到空白对照(无模板)中也扩出阳性产物,请问这种污染可能来自何处,当如何处理?多谢!
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我做的反转录***因长度有8.5KB左右,
我现在要做的其中一部分大约有6KB左右
抽提RNA用实验室其他人的引物经反转录扩增有条带
但是我自己的老是反转录不成功,
没有清晰条带,老是很模糊一带。
提高退火温度到60还是很模糊。不知道这里的高手有何建议
另外,反转录如此长的***因要注意什么,谢谢 
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米米[使用道具]
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我从国外文献查的引物,但没做出目的条带,如何确定引物的准确性?
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米米[使用道具]
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请问:
1 引物的特异退火温度怎样设定?可以根据gc 和at含量算出吗?可以用引物报告单上的Tm值吗?
2 PCR时20微升体系中cDNA应加多少比较合适?MgCl2应加多少?各个成分的量有无确定标准?
3 PCR结果跑电泳,actin有,但跑不出目的条带,有几种原因?与cDNA的量少有关吗?Mg离子太多是否会抑制Taqase的活性?
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