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标题:RT-PCR讨论区

嘉年华[使用道具]
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请教一个关于RT-PCR的问题
我准备从外周血中提取mRNA,然后做RT-PCR,希望扩增出特定的片段,
采用Gentra试剂盒提取RNA,提取完成跑电泳,正常人样品可见清楚两条带,而病人组要么只有一条带,要么什么也没有,不知是什么原因。
是RNA降解了吗?还是其它问题?(血样保存在-70度)
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微笑的海豚[使用道具]
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我做的反转录***因长度有8.5KB左右,
我现在要做的其中一部分大约有6KB左右
抽提RNA用实验室其他人的引物经反转录扩增有条带
但是我自己的老是反转录不成功,
没有清晰条带,老是很模糊一带。
提高退火温度到60还是很模糊。不知道这里的高手有何建议
另外,反转录如此长的***因要注意什么,谢谢 

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个人认为,一般来说要扩增从反转录到PCR全过程的长达2kb以上的片断是相当困难的事,很多长基因是通过随机引物库得到的而不是通过oligo Td得到的,不要说反转录,即使是PCR也是很困难的,不信可以从质粒里试试,至于反转录,就更是天方也谈了,除了美的效率等,还有RNA的二级结构等因素,不知你的实验目的,可否从实验设计上修改.当然,霸王硬上弓未尝不可,这就要一些大公司的特殊的名贵的效果也未必好的酶了,roche和gibco(invitrogen)都有的.听天由命吧.另外,8.5真不多见,印象中知道的只有一个PTP是这样,不过还有那个著名的20kb的东东.
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椰子叶子[使用道具]
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请问:
1 引物的特异退火温度怎样设定?可以根据gc 和at含量算出吗?可以用引物报告单上的Tm值吗?
2 PCR时20微升体系中cDNA应加多少比较合适?MgCl2应加多少?各个成分的量有无确定标准?
3 PCR结果跑电泳,actin有,但跑不出目的条带,有几种原因?与cDNA的量少有关吗?Mg离子太多是否会抑制Taqase的活性?

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一般来说引物报告单伤得是对的,也可以自己算,实际上重要的各条引物一致,剩下的可以摸的.
20中是指体积还是量?只要不明显改变体系的离子强度,加1,2ul都可以的.mg要调的,但我总觉得没有书里讲的那么玄乎,我都是常年不变的.
如果内参照有,目的没有,至少证明不是"美丽惹"的祸.原因书里应该都说了.
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椰子叶子[使用道具]
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我准备从外周血中提取mRNA,然后做RT-PCR,希望扩增出特定的片段,
采用Gentra试剂盒提取RNA,提取完成跑电泳,正常人样品可见清楚两条带,而病人组要么只有一条带,要么什么也没有,不知是什么原因。
是RNA降解了吗?还是其它问题?(血样保存在-70度)

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要么事实如此,要么病人的标本问题,正明这一点在病人里做一个看家基因就行了.G是个什么试剂盒?
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椰子叶子[使用道具]
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本人在作巢式RT-PCR时,常遇到空白对照(无模板)中也扩出阳性产物,请问这种污染可能来自何处,当如何处理?多谢!

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痕量的污染或者自无须有,巢式,嘿嘿,就是这样.亮不亮?多少个循环?是什么东西(阔的)?
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椰子叶子[使用道具]
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我从国外文献查的引物,但没做出目的条带,如何确定引物的准确性?

==============================================================================================================在作之前连序列都没对过,就找着老外或者在外的老中去合成引物了?有种!一定要对一下,并且即使对了(指的是序列正确)也要看看它设计的好不好,不行自己来,呃都是推倒重来.
现在么,下载一个序列,在里面查一下不就行了.
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椰子叶子[使用道具]
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本人在做RT-PCR遇到一怪现象,即本人对同一动物不同组织扩增同一段基因,结果从一种组织中可以扩出我的目的基因,条带非常的好,而另一组织在同样的条件下却得到许多非特异性的条带,尝试其他条件同样无法得到满意的结果,百思不得其解!(注:已肯定该基因在两种组织中都表达,且内参照在两种组织都可扩增出来)
从这两种组织中提取的RNA的量是不一样的,我测过吸光度,差异还很大,会不会和这有关呢? 请高手指教!

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我想你可以考虑你另一组织的RNA是否有DNA污染。
建议将浓度较高的RNA稀释后再做反转录。
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冰激凌小姐[使用道具]
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由于非典形势严峻,我现在在家做有关RT—PCR的论文,但有很多问题弄不明白,比如说定量RT—PCR和非定量RT—PCR的具体区别,RT—PCR的分类、此法的影响因素,创始时间等等,还望有高人指点,若能给发几篇具体文献,本人将感激不尽!!
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阿拉蕾[使用道具]
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关于primer 5.0,你只要随便在网上下一个demo版,(在google上搜索一下,到处都有)。关键是在打开计算机中的win.ini文件(打开方式:在开始/运行中键入win.ini),找到[win32],在下一行中加上 vspace=PU,如果原来就存在这一行,就把原来的vspace=DU改成vspace=PU。这样就可以用了。
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@木木@[使用道具]
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阳性对照一定要做好,如果在可能的情况下,actin或GAPDH在一个体系内进行,然后进行光密度扫描。
RNA电泳时在低温下进行,如果电泳槽比较干净,甚至可以不用预先处理。
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