PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】设计好的引物如何在NCBI 上比对？

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【求助】设计好的引物如何在NCBI 上比对？

fox_79[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76205
精华 0
积分 546
帖子 691
信誉分 100
可用分 4423
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-2
状态 离线
1

发表于 2015-9-1 11:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】设计好的引物如何在NCBI 上比对？

我用primer 5.0 设计好的引物，想看看它的在基因组的特异性，请问在NCBI上如何比对？
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
2

发表于 2015-9-1 11:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

登陆ncbi主页,点击nucleotide,点击网页左侧blast,然后选择Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) 或Search for short, nearly exact matches都可以,在空白诓输入您的序列,种属限定为您所需要的,点击submit就可以了.
上下游分开比对!祝试验顺利!
顶部
ujne[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 117905
精华 0
积分 359
帖子 377
信誉分 100
可用分 2711
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-12-7
状态 离线
3

发表于 2015-9-1 11:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

引物比对在ncbi主页cuturl('www.ncbi.nlm.nih.gov/')上点blast，然后选择左上角那个版块里的search for short，nearly exact matches，输入上游引物序列，在下一行输入下游引物序列，选择你要看的种属（没有特殊要求就选择nr），点submit，在下一个窗口中点format，就可以了。
这样是看一对引物的特异性。
顶部
莲花白[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74499
精华 1
积分 286
帖子 247
信誉分 102
可用分 2016
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-11
状态 离线
4

发表于 2015-9-1 11:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 ujne 于 2015-9-1 11:05 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

引物比对在ncbi主页cuturl('www.ncbi.nlm.nih.gov/')上点blast，然后选择左上角那个版块里的search for short，nearly exact matches，输入上游引物序列，在下一行输入下游引物序列，选择你要看的种属（没有特殊要求就选择nr），点submit，在下 ...

你好~没看到“择左上角那个版块里的search for short”呢？
顶部
mimili_901[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 73543
精华 0
积分 564
帖子 723
信誉分 102
可用分 4458
专家分 20
阅读权限 255
注册 2011-9-24
状态 离线
5

发表于 2015-9-1 11:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
是哪个blastnt吧，现在ncbi显示的貌似有点不一样了版本比较新
顶部
chengjie79[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 114487
精华 0
积分 360
帖子 460
信誉分 100
可用分 3047
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-9-25
状态 离线
6

发表于 2015-9-1 11:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

有没有最新的修改更新一下怎么用，高手帮忙
顶部
小游abc[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108891
精华 0
积分 256
帖子 231
信誉分 100
可用分 1911
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
7

发表于 2015-9-1 11:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

有没有最新的修改更新一下怎么用，高手帮忙
顶部
ero11[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75131
精华 0
积分 684
帖子 1028
信誉分 100
可用分 5953
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-19
状态 离线
8

发表于 2015-9-1 11:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
登陆ncbi主页,点击nucleotide,点击网页左侧blast,然后选择Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) 或Search for short, nearly exact matches都可以,在空白诓输入您的序列,种属限定为您所需要的,点击submit就可以了.
上下游分开比对!祝试验顺利!

==============================================================================================================

选定自己所需要的种属的目的是什么呢？
譬如，我选定需要的一种细菌后，发现出现该细菌的很多条记录，说明这个PCR产物在该细菌中存在？并且特异，因为结果中不含其他细菌？谢谢！
顶部
cbou876[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108885
精华 1
积分 376
帖子 347
信誉分 102
可用分 2604
专家分 10
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
9

发表于 2015-9-1 11:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

cuturl('http://primer3.ut.ee')，在这里，第一个框选check primers 就可以比对
顶部