小中大
我有过相似经历，我来尝试解答！
根据图片，大带应为期望的488bp产物带；小带（看起来好像小了20-30bp左右）可能是由于核酸的二级结构造成的。
前提是该基因在基因组内可能是多拷贝的。有的拷贝可能存在1个或几个小片段的缺失。在PCR过程中就会形成如示意图中的产物（有两个小片段缺失）。该种结构在琼脂糖上会形成如楼主图中的小带。当然，由于酶切后，片断变小，这种影响就小了，自然就看不到双带的现象了。
根据我的经验，楼主可以将同样的PCR产物在聚丙烯酰胺胶上跑一下。如果我猜得没有错的话，其结果很可能就是小带消失了，取而代之的是一条比真实产物还要大很多的带。这主要是由于形成二级结构的产物在聚丙烯酰胺胶上前进更为困难所致（胶孔比琼脂糖小很多）。
可能有人会问，为什么有缺失的拷贝的自身的PCR产物没有形成额外的带。答案就是，缺失的碱基数很少且琼脂糖的分辨率有限，所以无缺失的和有缺失的PCR产物都在那条大带里，而只有形成如示意图所示的二级结构的产物时，由于其泳动能力特殊，所以才会出现小带现象。
