小中大【分享帖】RT-PCR前用DNase消化去除基因组DNA污染
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Realtime PCR中存在的基因组DNA的污染,可以在逆转录前用DNase消化来解决。具体过程:
(试剂用的是PROMEGA公司的RQ1 RNase-Free DNase,因是实验室公用试剂,价格我也不清楚。)
测得RNA浓度后,开始进行。
反应体系:
10*buffer 1ul
DNase 2ul
RNA 2ug(RNA浓度过大时,可以用4ug量,此时对应的DNase 4ul)
DEPC处理水 to 10ul
反应条件:37°C 30min 暂停,立即将产物置冰上,每管加RQ1 DNase Stop Solution 1ul(4ugRNA的体系也是1ul),再65°C 10min即可。
再做逆转录时,如果用1ugRNA进行逆转录,那么只要加处理后的RNA5.5ul(2ugRNA进行DNase消化,总体系时10+1=11ul,故1ug为5.5ul;同样,若是取4ug进行DNase消化,那么逆转录所用1ugRNA的量就是1/4*11ul=2.75ul)。
需要注意的是:37°C 30min是DNase起作用的时间,时间一到,就放冰上。如果设置程序后面紧接着65°这一步,一定要注意温度变化之前取出置冰上。(我在这时候准备逆转录的母液配置)
另外,引物设计的好,也能有效避免基因组DNA片段的扩增。