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标题:【分享帖】RT-PCR前用DNase消化去除基因组DNA污染

园丁##[使用道具]
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【分享帖】RT-PCR前用DNase消化去除基因组DNA污染


放在这里便于大家分享。
Realtime PCR中存在的基因组DNA的污染,可以在逆转录前用DNase消化来解决。具体过程:
(试剂用的是PROMEGA公司的RQ1 RNase-Free DNase,因是实验室公用试剂,价格我也不清楚。)
测得RNA浓度后,开始进行。
反应体系:
10*buffer 1ul
DNase 2ul
RNA 2ug(RNA浓度过大时,可以用4ug量,此时对应的DNase 4ul)
DEPC处理水 to 10ul
反应条件:37°C 30min 暂停,立即将产物置冰上,每管加RQ1 DNase Stop Solution 1ul(4ugRNA的体系也是1ul),再65°C 10min即可。
再做逆转录时,如果用1ugRNA进行逆转录,那么只要加处理后的RNA5.5ul(2ugRNA进行DNase消化,总体系时10+1=11ul,故1ug为5.5ul;同样,若是取4ug进行DNase消化,那么逆转录所用1ugRNA的量就是1/4*11ul=2.75ul)。
需要注意的是:37°C 30min是DNase起作用的时间,时间一到,就放冰上。如果设置程序后面紧接着65°这一步,一定要注意温度变化之前取出置冰上。(我在这时候准备逆转录的母液配置)
另外,引物设计的好,也能有效避免基因组DNA片段的扩增。
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caihong[使用道具]
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“产物立即放置冰上”这一步值得学习,以前没有这样做,经DNase处理后,RNA降解的厉害。
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1472583690[使用道具]
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“产物立即放置冰上”,我们反应是放在PCR仪上进行,下面一步就接着4°for forever。不知道楼主这么做RNA降解的厉害吗?是否需要在反应中加RNA酶抑制剂?
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summerxx[使用道具]
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哦 本人也在做RT-PCR 不知道若不立即放在冰上会不会有太大的影响
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qhyu[使用道具]
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貌似在PCR时不能有RNA抑制剂,比如,DEPC
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园丁##[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 qhyu 于 2015-10-7 14:29 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

貌似在PCR时不能有RNA抑制剂,比如,DEPC

DEPC处理水没问题!
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ffaa[使用道具]
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楼主是在DNase处理后直接做RT吗?不需要去除蛋白等一些物质吗?
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园丁##[使用道具]
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首先,做这一步的产物逆转录后是要做实时定量PCR的,不是普通的逆转录。要不是做实时定量的,确实没有必要做一步。
这一步目的就是去除DNA的污染,无法去除蛋白的污染。要避免蛋白的污染,就像happyzhjh所说的取少量上清,够用就行,千万不可沾上中间一层(蛋白质),原则就是宁少勿多,够用就行。
happyzhjh说的不无道理,我在前面也说了,引物设计的好,可以不用这一步。但是这一步也不是绝对多余的,你怎么证明你的样品没有DNA的污染?按照某些厂家TRIZOL说明书,如果样品用DEPC水来溶解,OD260/280比值在1.6与1.8之间就是质量很好的,大于1.8可能就有DNA的污染了,我以前每次都测这个比值,时高时低,为了保险起见,就一直都做这一步。
从实验的角度说,如果想比较前后不同批次的结果,那么过程和处理方法都得一样,所以我把这一步固定下来,每次都做,毕竟这样的实验劳命伤财,做就要做出个好结果,起码得到一组可信的数据。
我一直都是把产物立即放冰上,RNA降解的很少,因为后面的结果都很稳定,跑出来的曲线很漂亮。这里也不需要加RNA酶抑制剂,因为试剂本身就是 RNase-Free (RQ1 RNase-Free DNase)的,加了反倒影响离子浓度什么的,有可能影响DNA酶发挥作用。
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伊莎贝拉[使用道具]
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请问一下,最近几天,我的PCR结果有条带,但经检测为单引物扩增,模版也换过了,不知道是什么原因。请老师们指点迷津。(我的PCR上游引物为特异性引物,下游引物是Oligo(dT18),经验证为上游引物线性扩增,应该如何消除单引物扩增?) 谢谢~
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