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标题:【求助】microRNA的qPCR,Bulge-LoopTM miRNA qPCR方法...

superboy[使用道具]
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【求助】microRNA的qPCR,Bulge-LoopTM miRNA qPCR方法...

最近要做一个microRNA的荧光定量PCR的检测,因为实验室条件有限,准备找公司做。搜索到国内某公司的Bulge-LoopTM miRNA qPCR方法(TM为上标),公司名字就不提了。单个样品单个miRNA的检测报价很便宜,几百元。
其公司的介绍为,Bulge-LoopTM miRNA qPCR不需要荧光探针,只要SYBR Green即可。
步骤为1,茎凸环结构的逆转录引物能与miRNA3‘端部分结合,在逆转录酶的作用下进行逆转录反应;2,然后特异的正反向引物和SYBR Green荧光染料共同参与的定量PCR反应体系,实现对逆转录产物进行定量检测
本人对荧光定量PCR了解只有皮毛。希望有高人帮我解释下这种方法的具体原理,和stem-loop的异同。这种检测方法是否有可行性,国外是否承认。
谢谢。
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伊莎贝拉[使用道具]
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不知你的问题解决没有,我遇到同样的问题,有好多方法:QIAGEN的,LNA(锁核酸),ABI的stem loop,都很贵,不适合大量的检测,好像有人自己设计stem loop引物利用sbygreen检测。
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bling[使用道具]
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原理其实很简单的,用一个带loop的引物去做逆转(单链也行,但带loop的效率会高一些)
然后正向引物是特异性引物,反向引物其实是一条通用引物,与loop结合的。
再用普通的sybr green直接定量PCR即可。
一个样本,一个miRNA几百元其实比较贵了。
提RNA,逆转,引物,我觉的50块钱么差不多了。
当然,人力比较值钱。
我在浙江,不如我帮你做得了。呵呵
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这个文章算是经典了,呵呵,大家都提到它,我看到方法中用的试剂是:
1× RT buffer (P/N: 4319981, Applied Biosystems),
0.25 U/ml RNase inhibitor (P/N: N8080119; Applied Biosystems).
3.33 U/ml MultiScribe reverse transcriptase (P/N: 4319983, Applied Biosystems) ,
不知用普通的反转录试剂是否可以,我们之前做基因的定量时用的是promega的MLV反转录酶,当然Buffer就是配套的,RNase inhibitor 用的是Takara的不知是否合适?
另外,我看了taqman探针法的体系,想问一下如果用sbygreen的方法,体系上有什么参考吗?
在设计上游引物时我看到大部分序列就是miRNA的序列,就是在5'端加了一些碱基,查了一下说是提高TM值,但我发现有的上下游引物相差超过5度了(我用primer express 上的计算的),所以不知道上游引物5’端添加的碱基是否有些要遵循的原则?
还有就是想问一下引物设计好合成的时候,对纯化方式是否有要求呢?我在做基因表达时就是在上海生工合的,一般都是page纯化,然后3OD的量,miRNA的上游引物也可以这样合吗?
谢谢!
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superboy[使用道具]
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因为实验一直推迟,问题还没有解决。
因为还没有开始做,楼上的问题我回答不了,希望有高人帮忙解答。
我最近准备选用sbrgreen染料法来做,RNase inhibitor也是买的Takara的。现在在选引物,希望有高人能推荐下比较好的引物
谢谢!
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pore[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 superboy 于 2015-10-7 14:47 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
因为实验一直推迟,问题还没有解决。
因为还没有开始做,楼上的问题我回答不了,希望有高人帮忙解答。
我最近准备选用sbrgreen染料法来做,RNase inhibitor也是买的Takara的。现在在选引物,希望有高人能推荐下比较好的引物
谢 ...

逆转录用最普通的就可以了。就promega的MLV吧,因为便宜,打折时,240块钱,1万单位。(不是在打广告)当然,invitrogen的Superscript更好,但价格几乎是promega的十倍,没必要的买SSII的,另外,也从不建议买takara的,据我所说,takara自己其他酶都产,但就唯独逆转录酶是没有的,是买其他公司贴牌的。
另外,也不建议用什么RNase抑制剂,主要是小RNA不容易降解,二方面,继续省点钱。
至于引物,如果你对实验熟悉到一定程度,可以自己设计引物,再去生工或英俊合成,page足以。然后直接用于实验,或者自己想办法生成loop(通过合理的退火方式,可以形成的)。
如果你还是个生手,建议还是买公司生产的loop引物吧,约1.5元/次反应。不算非常贵。但效率会高于单链。
如果你在杭州,我可以送你一些引物。当然前提是你做的miRNA是我这里有的。
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您说买公司生产的,有哪些公司呢?
我看到国内有一个叫锐博生物的公司可以设计bulge-loop引物,
您能给推荐一下吗?另外,通过“合理的退火方式”可以形成loop结构,能说的具体点吗,或者有什么参考资料?谢谢!
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QUOTE:
原帖由 bling 于 2015-10-7 14:48 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
您说买公司生产的,有哪些公司呢?
我看到国内有一个叫锐博生物的公司可以设计bulge-loop引物,
您能给推荐一下吗?另外,通过“合理的退火方式”可以形成loop结构,能说的具体点吗,或者有什么参考资料?谢谢! ...

请问你买了锐博的引物了吗?用起来怎样?有一个师兄也给我提到了这个公司。
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QUOTE:
原帖由 bling 于 2015-10-7 14:46 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
原理其实很简单的,用一个带loop的引物去做逆转(单链也行,但带loop的效率会高一些)
然后正向引物是特异性引物,反向引物其实是一条通用引物,与loop结合的。
再用普通的sybr green直接定量PCR即可。
一个样本,一个miRNA几百元 ...

您好,我想问下miRNA定量PCR中标准曲线怎么制备啊?用什么做标准品呢?
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bling[使用道具]
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呵呵,我没买,我就是自己设计的引物,在生工合成的,RT引物50nt,然后上下游引物,下游引物是通用的,上游是根据目的miRNA设计的。然后上定量,效果还可以,但是有时会出现目的条带有2条的情况,空白也是有条带的有时(我觉得是引物自己的扩增,因为ct值很低,我没管它),不知你现在进行的怎么样了?
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