【求助】做realtime PCR，分4个时间段处理，...

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标题:【求助】做realtime PCR，分4个时间段处理，...

ROSE李[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

做realtime PCR，做加药前后某个基因的相对定量表达差异，用2-△△ct法
△△ct= （ct目的基因-ct内参基因）实验组- （ct目的基因-ct内参基因）对照组，我从0h,6h,12h,24h4个不同时段分别提取数据，对照组和实验组分别得到4不同时间的CT值。请问我最后处理数据时是要以未加药处理0h的样品为标准，其余所有样品都要以此为标准，计算2-△△ct值。还是4个时间段分别以对照组为标准计算最后终值。还有就是我实验组和对照组最后的4个时间段间的得出的4个ct值有无统计学差异又该怎么计算呢？

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2015-10-7 14:52

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yonger[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

严格地说，每个时间点都必须有untreated sample，然后normalized to untreated 。
你如果没有设立，只能以0小时的作为untreated，然后进行normalization。

ROSE李[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:53 资料个人空间短消息加为好友

小中大

谢谢了，小弟想问问如果是实验组4个时间点，2-△△ct怎么计算最后的终值呢，可不可以以0小时的对照组为参考计算呢，我想看看四个时间点有无统计学差异！

附件

2015-10-7 14:53

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yonger[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:53 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我知道你的意思。我认为你的每个时间点都应该设置一个未处理组。然后每个时间点，都根据本时间点的未处理组计算ddCt。然后用one-way ANOVA分析得到的4个ddCt，以考察4个时间点之间有无统计学差异。

ROSE李[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:53 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 yonger 于 2015-10-7 14:53 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我知道你的意思。我认为你的每个时间点都应该设置一个未处理组。然后每个时间点，都根据本时间点的未处理组计算ddCt。然后用one-way ANOVA分析得到的4个ddCt，以考察4个时间点之间有无统计学差异。 ...

恩太感谢了，最后one-way ANOVA分析是比较2-ΔΔCt还是ΔΔCt，对照组的2-ΔΔCt结果都是1，比较ΔΔCt吗？然后实验组比较2-ΔΔCt？感觉2-ΔΔCt是不是就是把ΔΔCt放大一点啊？这几天都被这些事情搞晕了！

yonger[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:54 资料个人空间短消息加为好友

小中大

将实验组和对照组进行分析，得到2^-ΔΔCt。然后用方差分析，比较4个时间点之间的2^-ΔΔCt差异。
看看这篇文章（ cuturl('http://d.dxy.cn/detail/1186299') ）内的实例分析，就清楚了。

whitesheep[使用道具]
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发表于 2015-10-7 14:58 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 yonger 于 2015-10-7 14:52 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

严格地说，每个时间点都必须有untreated sample，然后normalized to untreated 。
你如果没有设立，只能以0小时的作为untreated，然后进行normalization。

我想问下，我现在想测A基因在细胞加药24h,96h后与0h的表达差异情况：
做定量的时候已经确定各基因扩增效率是可以用2-△△CT 处理，数据格式如下，实验目的是看加药前（day0）对比加药后（day1和day4）基因表达变化.
我想问问DAY1和DAY4未加药的数据要怎么处理呢？用什么统计方法？SD要怎么得出呢？

目的平均CT值
内参平均CT值
△CT=目的平均CT值-内参平均CT值
△△CT
Day0（未处理）
A0
B0
P0=A0-B0
Day1（处理)
C0
D0
R0=C0-D0
R0-P0
Day1（未处理）
E0
F0
Day4（处理)
G0
H0
T0=G0-H0
H0-P0
Day4（未处理）
X0
Y0