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标题:[求助]关于realtimePCR条件如何摸索的问题

jude[使用道具]
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上一周,一个师兄让我做一PCR,温度最初给的是58度,但是目的没有达到,后又实验了52和53均没有结果,另一师兄建议我缩短其中几个步骤的时间,摸索出来一个时间后再扩增目的片段!不知道大家怎么看?
(师兄本来要我用菌体做模板的,但是无论是菌体还是质粒都没有结果!)
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mogu[使用道具]
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请教:
我是real-time的新手,试验的内参用的是b-glublin,师姐给的primer和probe的序列,我就用了,可经real-time在有些细胞里却没有测出表达,回头一查原文章,forwardprimer和probe的序列都有错,但考虑到在有些细胞里还是能够测到表达的,所以想请问到底是是primer和probe影响了我的实验结果?还是b-glublin在有些细胞中确实表达很低?我需不需要重新买引物和探针?

多谢  
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阿拉蕾[使用道具]
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传统定量PCR方法简介:内参照法,竞争法,PCR-ELISA法,内标在传统定量中有重要的作用。
相比之下,实时荧光定量PCR技术,是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。在荧光定量PCR技术中,有一个很重要的概念 —— Ct值。C代表Cycle,t代表threshold,Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数(如图1所示)。 PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号,荧光域值的缺省设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍,即:threshold = 10 ´ SDcycle 6-15 。荧光定量PCR所用的荧光化学可分为两种:荧光探针和荧光染料荧光探针CR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,该探针为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时,Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。荧光染料:在PCR反应体系中,加入过量SYBR荧光染料,SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后,发射荧光信号,而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号,从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。
定量聚合酶链反应的研究进展与临床应用.另外,cyc1sbs5 ,可以参考以下的站点看是否有帮助:
中华检验医学杂志2000, 23(2): 120-121.
cuturl('http://www.appliedbiosystems.com.cn/chinese/pe_h2-add1.html')
cuturl('http://www.roche-applied-science.com/lightcycler-online/')
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我是real-time 的新手,绝对的菜鸟,希望大家各位兄弟姐妹帮我。
我提取的是血中的一种DNA,要绝对定量此DNA,则需要画标准曲线,用标准品(target copy number),可我不知道怎么提取1000个男性细胞(要精确),有没有简单点的方法?
我的实验的原文作者文章中写:the conversion factor of 6.6pg of DNA per cell was used,for expression of results of copy numbers.
是不是这句话和此有关系,我写信问过他,他没回我,请各位赐教,小妹若有让大家笑,偷偷的笑即可,一定要回答我啊
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椰子叶子[使用道具]
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请教:
我是real-time的新手,试验的内参用的是b-glublin,师姐给的primer和probe的序列,我就用了,可经real-time在有些细胞里却没有测出表达,回头一查原文章,forwardprimer和probe的序列都有错,但考虑到在有些细胞里还是能够测到表达的,所以想请问到底是是primer和probe影响了我的实验结果?还是b-glublin在有些细胞中确实表达很低?我需不需要重新买引物和探针?

多谢

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你将你的PRIMER和PROBE在BLAST 上查一下,是不是在目的基因上,如果不在目的基因上,就是能扩出来也不是你想要的。
不过b-glublin的确不是很常用的内参基因,我手头上的资料都没有关于b-glublin,所以我也不太清楚它是不是表达量很低。你作出来的b-glublin平均的拷贝数或CT值是多少?如果你的平均拷贝数已经接近检出最低限,那么你就要增加模板量或者换一个内参基因。
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椰子叶子[使用道具]
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我是real-time 的新手,绝对的菜鸟,希望大家各位兄弟姐妹帮我。
我提取的是血中的一种DNA,要绝对定量此DNA,则需要画标准曲线,用标准品(target copy number),可我不知道怎么提取1000个男性细胞(要精确),有没有简单点的方法?
我的实验的原文作者文章中写:the conversion factor of 6.6pg of DNA per cell was used,for expression of results of copy numbers.
是不是这句话和此有关系,我写信问过他,他没回我,请各位赐教,小妹若有让大家笑,偷偷的笑即可,一定要回答我啊。


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你要精确提细胞是要做DNA标准品吗?用质粒DNA比较好。
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冰激凌小姐[使用道具]
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根据大虾的建议我现在采用质粒DNA做标准,但在稀释时又出现了问题,如何保持每个稀释度的准确性.我按10倍的梯度稀释,但浓度并没有呈现梯度,甚至低浓度的的测量值高于高浓度的,重复了多次后仍然没有解决这个问题.上了机器之后结果也是乱七八糟.请各位战友指导一下,如何做才能保证稀释浓度的准确性.
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微笑的海豚[使用道具]
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第一要保证枪的准确性。我个人感觉最好10ul+90ul这样稀释,如果没有小量程的,尽量用最准确的。第二,稀释时每一步要充分混匀。第三,如果有条件,用rRNA溶液稀释。如果用水稀释,则不要反复冻融,而且用新鲜的稀释品。我的经验是新鲜稀释品1天之内4度保存,第二天用新的稀释品。
切记!还要保证没有污染。
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韩梅梅[使用道具]
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谢谢各位高手指点,这里向大家有礼了!
目前跑细胞株药物作用后的基因表达趋势,觉得real-time还是能做出一点趋势来的,虽然不同锅之间的差异问题还是存在,但是我只有通过不断的重复来肯定所得的结果。不过,我不知道如果要发文章,怎样才算是有科学性的?是给一条曲线,上面标出复管之间的误差线呢,还是发至少三条曲线上去,说明结果是solid的?
以我的经验觉得,realtime在结果的可信性上确实存在问题,一次结果实在不能说明问题,我看3次也未必能够。因为实在太不容易稳定了,不同锅之间根本不可能进行统计分析,所以我觉得realtime的统计和传统的PCR肯定是不一样的,比如如何进行临床标本检测的统计?如何进行实验研究的统计。我指的不是简单的阳性阴性,而是数值上的变化和变化所赋予的意义,这点我非常想得到高手的指点!!

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因为前一阵子我也在做TAQMAN,现在已经作完,我想就我的心得回答你的问题。
我想如果发文章的话,可以不必给出曲线吧,我查过的一些文献就没有,如果要给的话,给出你最能说明问题的即可
关于你说不同管的误差实在太大,可以通过在一个管内加完样再分装成2或3各管来解决,这可是园友们告诉我的哦,我这样做了,很有效,误差变得小多了
关于你说的统计问题,我刚开始用的是scheffe's Ftest,感觉效果不是太好,因为我的病例少,不属于正态分布,后来改用mann- whitney进行分析,效果很好,数据变得有统计学意义了。我认为比较适用于不清楚样本是否属于正态分布的数据分析。
以上是我的心得,不知对你是否有帮助!
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大猫[使用道具]
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哥们儿:
作两步法是需要考虑到反转录产物中的镁离子浓度对PCR反应体系的影响,我现在正在用ABI和MJ公司的机器作realtime PCR,效果很好。如果你有问题,可以发email给我。
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