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标题:【求助】怎样查基因序列

minran_1980[使用道具]
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【求助】怎样查基因序列


我是刚开始做pcr,最基本的都不懂,哪位能告诉我怎样查基因序列?如孕激素受体基因?盼望答复
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yayya[使用道具]
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根据我个人的实验经验,提供以下几点供参考:
1. 首先你要明确你的目的基因是什么.
2. 查阅你的目的基因的序列,在pubmed网站,核酸序列中查找你的目的基因(关键词要输入正确)
3. 查出来的目的基因,在你所感兴趣的一段DNA片段中设计引物(一般来说这段DNA序列是其表达为蛋白的关键序列)
4. 购买PCR试剂盒,让厂家给你合成引物(需要你提供正确的引物序列)
5. 参照试剂说明书进行实验操作.
6. 如有疑问,可以去图书馆查询相关PCR工具书,具体事宜具体学习.
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minran_1980[使用道具]
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谢谢,可是我第二点还是不明白,查不出序列,能告诉我具体的步骤或者给我一些资料?
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duchy[使用道具]
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楼主试试这个方法吧,个人觉得还可以呵呵,属于偏方类的
google中输入:目标基因名 primer 5' 3' 即可 比如:Tie-2 primer 5' 3'
这样检索出的引物,再上NCBI比对一下,因为有的时候,文献上的序列也会有错误,所以比对之后再去公司合成。这个方法,大多数引物序列都能找到。
通过GOOGLE查找引物序列别具一格,不过最好还是找到全序列针对性设计引物,知其然且知其所以然。
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minran_1980[使用道具]
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谢谢!能否再麻烦你教我一下在NCBI上查BSEP基因的方法步骤?不胜感激
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nut6694[使用道具]
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登陆NCBI主页后,选择Nucleotide database,然后在搜索框内输入BESP及其他限制词,点go搜索。在结果中寻找符合的序列。
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join[使用道具]
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1、进入NCBI主页
 NCBI
2、在“Search”栏选择“Gene”,用“BSEP”来搜索,即可得到多个物种的该基因的简介及其序列的相应连接,如人BSEP基因的简介与序列连接如下:
2: ABCB11
Official Symbol: ABCB11 and Name: ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 11 [Homo sapiens]
Other Aliases: ABC16, BSEP, PFIC-2, PFIC2, PGY4, SPGP
Other Designations: ABC member 16, MDR/TAP subfamily; bile salt export pump; progressive familial intrahepatic cholestasis 2; sister p-glycoprotein
Chromosome: 2; Location: 2q24
MIM: 603201
GeneID: 8647
3、打开相应连接进入下面的页面:
[iframe]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=8647[/iframe]
4、上面的页面中也很多有关人BSEP基因的信息,如不同的命名,基因组DNA、mRNA及所编码蛋白的序列的相应连接,PCR引物,所编码蛋白的功能等。在“Genomic regions, transcripts, and products”下面有其基因组DNA、mRNA和蛋白序列的连接(见下图),其中上面、中间的是基因组DNA序列的连接、左边的是其mRNA序列的连接,右边的是其蛋白序列的连接。鼠标左键点击相应连接,选择“GENBANK”或“FASTA”就可找到序列。


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谢谢!新手刚开始做,还想请教,在点击genbank后出现很多条序列图,怎么确定那段是最需要的?引物怎么确定呢?
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