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标题:【求助】验证一个miRNA的靶基因需要多少钱?

woshituzhu[使用道具]
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【求助】验证一个miRNA的靶基因需要多少钱?


本人实验小白一个,准备做某个miRNA的靶基因验证,因为经费有限,所以想问下大家验证某个miRNA的一个靶基因大概需要多少钱?
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summerxx[使用道具]
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我也在做miRNA,没有几万拿不下来,验证靶基因一般有以下几个实验:1.荧光定量PCR验证表达情况:用染料和探针价格差距很大,染料很便宜,探针合成很贵!如果样本量少,实验顺利的话1-2千可以搞定!2.western blot或者免疫组化验证细胞或蛋白表达情况,western blot主要是抗体贵,单个抗体好的话要3-4千,但我觉得这个钱花的值!整个实验顺利的话也要5-6千样子,免疫组化比western blot简单些,也主要是抗体价格贵!4-5千可以搞定!3.构建荧光素酶载体,双荧光素酶报告实验验证靶基因,这个实验我也在学!理论很简单,但操作起来确感觉难啊,我失败了好几次,还没成功呢!估计4-5千样子。
总的来说,如果实验顺利,以前有实验基础的话,我感觉2-3万差不多可以!但是如果是新手,我觉得5万左右是保守数字,因为你不可能只验证一个靶基因,这样风险很大!我们实验室有时候验证7-8个靶标,经费有限的话其实冒风险太大了,做过实验的都明白,实验不可能老是漂亮的结果!可以一试,但是要冒风险,还要告诉战友一个秘籍,多看文献能减少实验错误率,少走弯路!仅是一家之言,说的不好,大家海涵,多交流,共同进步!
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txwuyan[使用道具]
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夸张啊,有那么贵么?当然,如果你啥都要买,那肯定很贵了,但如果比如有的试剂实验室是有的,用不了那么多。而且靶基因验证三个实验就够。
1、楼上提到的荧光定量PCR可以省掉,除非你想看看是不是发生1-5%概率的转录水平调控。所以这个不做的话直接从UTR验证开始。因此,UTR区克隆,然后做luciferase实验。这个需要常规的基因克隆费用不多,要买mimics需要几百元钱,如果你能构建过表达的miRNA,这个mimics都可以省了。但luciferase试剂贵些,1万多10个,所以话说回来来,如果你需要从头买,很贵,但如果实验室有,用不多的话,不贵。一般1瓶约10ml量,可以测约400个孔。你自己可以算成本。
2、UTR验证正确后,还要做突变,再做一次luciferase,看看是不是真的具有结合作用。这给费用可以参考上边。
3、western:如果UTR验证正确,可以做western验证,这个要买抗体,如果你能买到小包装就很便宜,1-2000元,如果没有,一般打折抗体只要不是很不常见的那些,3000-4000元,可以使用N多次。如果你实验室正好有这个抗体,这个是不用花费的。当然,这部分还要ECL试剂,稍微贵些,2000元左右。
4、最后一步就是过表达或者敲除你靶基因重新看看是不是与miRNA功能相同,这个分子生物学实验,不贵。
所以,综上所述,如果你啥都没有,1.5-2万彻底搞定。如果你有些基础,根本用不了这么多。
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woshituzhu[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 txwuyan 于 2015-10-7 16:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
夸张啊,有那么贵么?当然,如果你啥都要买,那肯定很贵了,但如果比如有的试剂实验室是有的,用不了那么多。而且靶基因验证三个实验就够。
1、楼上提到的荧光定量PCR可以省掉,除非你想看看是不是发生1-5%概率的转录水平调控。所 ...

嗯,太感谢了,我做的的是恶性血液病细胞(半贴壁),所以可能mimics可能好难转进去,可能要用慢病毒来过表达,这比mimics要贵些,不过我只见过做luciferase和western的,UTR验证还没见过(让您见笑了,呵呵),所以说能不能推荐一些文献呢?再次感谢!
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txwuyan[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 woshituzhu 于 2015-10-7 16:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

嗯,太感谢了,我做的的是恶性血液病细胞(半贴壁),所以可能mimics可能好难转进去,可能要用慢病毒来过表达,这比mimics要贵些,不过我只见过做luciferase和western的,UTR验证还没见过(让您见笑了,呵呵),所以说能不能推荐一些文献呢?再 ...

1、构建慢病毒载体实际比用mimics更便宜。当然各有优缺点。不过半贴壁细胞慢病毒也许也不是很好侵染,而mimics
因为很小,所以,是最好转染的。好的公司的mimics效果也是能保证的。但毕竟要买,不能一劳永逸,而自己构建过表达的载体,只要能够表达则可以随时使用。
2、UTR验证就是做luciferase的。这个跟miRNA作用原理有关系。90%以上miRNA是抑制靶基因的翻译(这是跟siRNA的区别),而且结合位点在靶基因的3’非翻译区(3‘-UTR)。所以,如果不用双荧光,你可以直接western实际一样可以,但是因为抗体很贵而且一对一,所以发展了通用便宜方法,就是先双荧光验证,这个就是把预测的感兴趣靶基因的3’UTR区克隆到相关载体上(sicheck、miR-report、pGL系列可用的有等等),载体上有报告基因(萤火虫荧光素或者海肾荧光素酶),如果miRNA能够结合UTR区,则酶基因表达水平下降,所以可以测出来(看看载体说明书原理就明白了)。
3、因为双荧光验证正确的,但western不一定正确,所以,双荧光晒出来后还要western确证。
4、当然即便western对了,也不代表功能复合,所以要做拯救实验,即过表达靶基因或者敲除。
这方面文献太多了,你pubmed随便输个miRNA或者microRNA就出来N多篇。你自己随便找10篇看看,如果能看明白了,你就都明白了。
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koook5695[使用道具]
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不用客气哈,我是菜鸟,大家共同交流,也是在学习中慢慢成长,园子里有很多高手向他们致敬,但是也有很多高手不理我们这些小孩,我们只能靠自学喽!我做miRNA走了不少弯路,而且大部分都是自己在摸索中成长,不比那些有基础的同学和实验室,所以花钱自己多了些,但我还是认为该花的绝对不能省,要不然以后会花更多钱!
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ALALA[使用道具]
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夸张啊,有那么贵么?当然,如果你啥都要买,那肯定很贵了,但如果比如有的试剂实验室是有的,用不了那么多。而且靶基因验证三个实验就够。
1、楼上提到的荧光定量PCR可以省掉,除非你想看看是不是发生1-5%概率的转录水平调控。所以这个不做的话直接从UTR验证开始。因此,UTR区克隆,然后做luciferase实验。这个需要常规的基因克隆费用不多,要买mimics需要几百元钱,如果你能构建过表达的miRNA,这个mimics都可以省了。但luciferase试剂贵些,1万多10个,所以话说回来来,如果你需要从头买,很贵,但如果实验室有,用不多的话,不贵。一般1瓶约10ml量,可以测约400个孔。你自己可以算成本。
2、UTR验证正确后,还要做突变,再做一次luciferase,看看是不是真的具有结合作用。这给费用可以参考上边。
3、western:如果UTR验证正确,可以做western验证,这个要买抗体,如果你能买到小包装就很便宜,1-2000元,如果没有,一般打折抗体只要不是很不常见的那些,3000-4000元,可以使用N多次。如果你实验室正好有这个抗体,这个是不用花费的。当然,这部分还要ECL试剂,稍微贵些,2000元左右。
4、最后一步就是过表达或者敲除你靶基因重新看看是不是与miRNA功能相同,这个分子生物学实验,不贵。
所以,综上所述,如果你啥都没有,1.5-2万彻底搞定。如果你有些基础,根本用不了这么多。
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感觉你对这方面很在行啊,呵呵。我也想做miRNA靶基因的验证,就用一个双荧光素酶报告基因系统,能不能给我个具体的操作步骤呢,谢谢了!
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喵咪[使用道具]
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各位同仁,我们老板体谅各大研究生的辛苦,现在允许我们对外开放,可以接靶基因预测,不过只限上海周边的同仁,如大家需要可以随时找我,创了个博客,大家有时间可以一起交流下cuturl('http://blog.sina.com.cn/u/3312807704')
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喵咪[使用道具]
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我们实验室可以做
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glass[使用道具]
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这个帖子好。很多高手的回答让我进一步了解了miR验证过程
谢谢大家
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