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标题:【讨论帖】普通PCR技术

idea2011[使用道具]
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请问PCR buffer 本身就有mgcl2,这样子的话还需要另外加镁离子么?我看操作说明书上是没有的,但是我师姐的实验记录里面是有写的
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jude[使用道具]
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请教:前几次做PCR时都能出来结果,但隔了几个星期后,再做相同的实验,结果什么都没有,为什么呢?
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taoshengyijiu[使用道具]
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大家都已经发了那么多的经验了..........
去年开始做PCR,已经有半年了,从学习PCR到最后全部的上手都是以个人开帖子慢慢摸索的,这其中的味道真是什么都有
第一次扒文献的引物,是篇cancer res上的,觉得肯定没有问题,结果什么也没有出来。。。。第一次发现文献也不可靠,最后自己倒腾下居然结果很好,特异性也强,最重要的是最后做出的结果很漂亮,我们是做分子药理的,证明基因对药物敏感,当看到那张有梯度的图出来的时候别提 多兴奋了,感觉一下子high到了极点..........
哈哈,不过最后越做越多就发现这个东西。。。。。。。。。。
不说了,WB的检测也已经过关,眼看自己的毕业就要搞定了,嘻嘻,终于可以毕业了
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ero11[使用道具]
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我是一个新手,看了各位的经验收益颇多。我是做关于白血病耐药基因的,希望大家给些指点。Blush
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vera+[使用道具]
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PCR的引物,似乎没有说的那么悬,只要找到了保守区域,怎么扩都可以出来片段,区别只是扩增效率的问题。
而有时候,保守区域就那么一小段根本没有必要用什么自动寻找引物的各种软件,可以让你移动的位置也就够一个引物的位置。
而保守区域,需要下载全面的序列,然后比对就可以了。
在这个基础上,去看文献的引物,就心里很有数,谁在说真话,说在说谎。
而多重PCR,需要注意的事项会相对多一些。但保守区域无论何时都是根本。
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feixi[使用道具]
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做了将近两个月pcr,时间不长,但酸甜苦辣,个中滋味,只有自己才能体会,在pcr版潜水了两个多月,学到了很多的东西,下面也简单说说我的一些心得,上面战友提到过的一些我就不多说了,希望能对其他战友有所帮助,有所启发,说得不对的时候,也希望战友拍砖。
1 先说污染问题,对于一般的pcr,个人认为没有那么邪乎,去超净台麻烦,我直接在我的实验台操作,tip头高压灭菌,ep管进口的,直接取用,别说口罩,帽子,手套后来我都未戴,也没有发生污染的事,可能也和周围环境有关
2 操作细节:冰上加酶(一般酶的说明书都有说明原因),且放入pcr仪之前,pcr仪需达到94度(即预变性这步),尽可能提高反应特异性。
3 一般pcr,设55、60、65度退火,一般第一次都能p出,如无则设67度和50度,再无换引物
4 对于重叠pcr,园子里战友一般讨论模板量太高P不出来,我却碰上了量太少而P不出来的情况,当时怎一个郁闷了得,也对具体情况具体分析有了更深的认识;再有就是不同公司的酶确实有差异,我先用takara的rTaq预试验,然后pyrobest突变,在一段基因上突变了两个,但是到第三个点的时候,死活重叠不出来,整整耽搁了两周,当时都快崩溃了,后来我抱着死马也当活马医的想法试了fermentas的pfu,居然扩出了很清晰的目的条带,今天测序结果发回,三个点全部突变成功,所以实在P不出来时可以试着换下试剂
5 关于2次pcr,我和实验室师姐都碰上了胶回收会再P却p不出来的现象(用takara的回收试剂盒),园子里战友分析说是乙醇残留导致的,后来直接取产物2次p,结果还可
6 原来只是听说dNTP反复冻融会变性,真让我一同学碰上了,大半管的dNTP居然不起作用了。。
pcr过程中会碰到很多问题,碰到问题就要troubleshooting,这才是不断学习的过程,都说pcr很难,但只要多一点细心,多一点恒心,多一点耐心,肯定会得到你所需要的结果,借用在园子里看到的一句话与大家共勉:往往当你崩溃的时候,也就是pcr结果出来的时候!我是真正经历过了,你呢?
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如何预防PCR过程中发生的 “产物”污染?

请各位高手指导!拜托
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65urh[使用道具]
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大家能不能告诉我哪里能找到在引物设计软件上如oligo 和 priemer ??
谢谢了,很想学一下!
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zhenxin[使用道具]
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看了大家这么多帖子实在是有感而发,本人从去年9月做RT-PCR到现在
整整一年的时间,刚开始没有觉得逆转录这一步很重要,但我的目的基因就是扩不出来,也可以说有时有有时没有,后来在今年的四月份从新设了引物结果三天就搞定了,当时觉得以前那一对引物真是害人啊
做到6月份的时候老板要求我补一个实验结果,所以我又开始做RT-PCR,心里想肯定一次搞定,所以根本有没有太在意,结果,哎,我一直做到现在。6月10号开始提了RNA做逆转录后扩出来很多非特异条带,目的条带也不亮,后来重新逆转录后什么都扩不出来了,这里可能与我的逆转录试剂盒有关,去年9月买的估计过期了,接着做第三次逆转录(用新的逆转录试剂)结果却更是郁闷,那一对让我三天做出结果的引物怎么都扩不出来,而那一对被我认为不稳定的引物却扩出来了,而且很稳定,晕啊!!
由于这次虽然扩出来了但不符合要求,我再次提RNA,这次提RNA试剂都是新的很好的试剂,又买了新的逆转录试剂盒,结果两个引物都没有扩不来(需要说明一下虽然我的两个引物扩不出来,但内参每次还是能扩出来的),到目前我的那个结果仍是没有补出来,曾经怀疑过是PCR试剂或者引物不行了,但我扩四月份提的模板同样的条件却扩出来的很好,这充分说明是我逆转录的模板有问题,哎,但就是不知道哪一环节出问题了。内参有条带,目的基因就是跟我作迷藏!!!
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summerxx[使用道具]
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我们这里都是用试剂盒,感觉并没有什么太难的。唯一和操作手册不同的地方是,经常用远大于100mg的组织来提RNA。
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