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标题:【讨论帖】普通PCR技术

ns5fan[使用道具]
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我从组织中提取DNA,做普通PCR,每次用研磨器研磨组织,请高手指教研磨完组织后,研磨器用清水洗净后,还需要高压消毒吗?谢谢!
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finger[使用道具]
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关于提RNA,如果样本是 Cell的话,我推荐看上海孤儿在本站发表的技术帖。对于cell,他的方法是完全有效的,我两年前提的RNA,效果和新提的没什么区别,稀释1000倍仍有目的条带。
在这里想和同行们探讨一下,PCR稳定剂和增强剂的作用。
我使用过DMSO,BSA,Betaine,现在正在研究甘油和甲酰胺。
在我的体系中2%的DMSO最optimize,BSA则是万金油,Betaine作用更大是在体系的稳定性上。
想抛砖引玉,除了这些,还有什么物质有效,听说我们实验室97年前酶都是自己表达的,我有兴趣做做基础研究
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西子[使用道具]
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刚开始做RT-PCR,没有成功过,后来实验需要做普通PCR,第一次把PCR结果扫描进电脑后,心情别提有多高兴了,后来再去做RT-PCR也是全面成功。
我觉得PCR是分子生物学的基本功,好像美国中学生在校园里做PCR的,三个水浴锅,计时器,提来提去,然后去跑电泳。
PCR成功的基本条件:
第一:模板要好,DNA或RNA一定要提的好!
第二:引物最好不直接采用文献报道的(我用的引物都是文献上的,运气比较好,都能做出来),自己去设计,或者把文献上的引物和DNA序列或CDNA 序列进行比对,能对上再继续做。
第三:会跑电泳,不能图省事。我个人多用5%聚丙烯酰胺凝胶,然后EB染色,危险是多些,但效果比较好,用琼脂糖要注意胶的厚薄浓度,电泳液配胶等等。
还有就是做的时候,根据实验要求,可以适当使用不同档次的TAQ酶,省钱的同时不会影响结果,记住国外进口分装的酶和完全进口的是两个概念,PCR贵的就是酶
减小反应体系,批量进行实验是省酶的法宝,这样多多尝试,PCR就尽在掌握之下了。
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vcve[使用道具]
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刚开始做RT-PCR,虽然前面的一帆风顺,可是最近却又受挫连连,小结一下,防其他战友走老的弯路!
1 正如上面师兄们所说的RNA的提取十分重要,这是基础,后面的一切均是在这个基础上累计出来的。
2 注意所用的的东西如EP管、tip头等等一定要用DEPC水(0.1%)泡至少一天,然后在高压灭菌锅中消毒灭菌。之后就是在烘箱中烤干,一般两天后再用最好。
3 操作时要带上橡胶手套,时刻提防RNA的降解。最好戴上口罩,要不就少说话。
4 所加体系可以少一点,我们实验室一般是RT20ul体系,PCR25ul体系。所用到的试剂也相应减半。
5 体系中的各个试剂的量是有一定的规律的,任何一种都不能过多或过少,对于摸索阶段可以尝试几个梯度来做,主要就是dNTP、Mg离子浓度。有时候我们也尝试改变所用的Buffer来进行PCR。例如用buffer viii,即是5*buffer,效果会好一点。
6 跑胶一般用90V即可,时间可以伸缩。胶的浓度要看所检验的东西,一般RNA是用1%、DNA用2.5%
7 一定要用心,实验是需要有感情投入的!
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ero11[使用道具]
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CDNA还要测浓度吗?
我做RT-PCR时有时无,测序结果确实是目的产物就是很不稳定,都半个多月了,还未解决,很头大,我现在怀疑是我的反转录产物的问题,但是不知道该怎么验证,我是用特异性引物反转录的。
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finger[使用道具]
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提RNA那是相当的重要啊,这几次做rt-pcr时都遇到基因组污染了
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