小中大1. 区域太小，可能你的是amorphous结构中的crystal particle。也可能是你区域选小了。
2. 表面非晶污染，FFT的noise太重。
3. 你看到的清晰的高分辨，可能是morie fringe，不过理论上即使这样，FFT应该比较清晰，可能不太可信所以你觉得不清晰。
4. out of zone。有点偏离晶轴，虽然能看到lattice fringe，但是这样某些g vectors就很强，导致其他的相比起来就很模糊。
5. objective lens 的 astigmatism。不过这样高分辨会受到影响，其实不太可能
一般说来，FFT就是高分辨图的2D直接变换，没有任何新的信息，如果高分辨清晰，FFT就没问题的^_^
