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标题:【求助】关于RNA电泳的问题

小野花[使用道具]
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【求助】关于RNA电泳的问题


我在论坛上看到有一位师兄说:“一般的琼脂糖凝胶电泳,注意不要用甲醛变性电泳(又不是做northern,实在没有必要). 电泳槽注意一定不要用DEPC处理,一定要保证电泳体系中有少量的RNAase存在.” 原贴我找不到了,我不知道这是笔误还是另有道理,为什么要保证电泳体系中有少量的RNAase存在呢?
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duchy[使用道具]
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RNAase的作用是降解RNA,怎么会要保证电泳体系中有少量的RNAase存在?本来提取RNA的时候就应该严格操作,尽量避免降解。因此,我认为那位师兄说的不对。
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zhenxin[使用道具]
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但是一般琼脂糖电泳都是检测DNA的条带。
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HP007[使用道具]
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我觉得应该是笔误吧!做RNA电泳应尽量避免RNAase的存在。但我个人体会是要求没有那么严格,一般的琼脂糖电泳就可以跑得出来,但TAE最好是新稀释的,当然新配的更好。电泳槽应当刷一下,缓冲液最好也是新的(新稀释的即可)。
以上只是个人的一点体会,供你参考吧。
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vera+[使用道具]
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呵呵,你的师兄说的是DNA凝胶电泳吧,因为跑DNA电泳不需要经过特殊处理的。一般用琼脂糖凝胶来跑RNA只是平常用来快速检测RNA提取的质量及数量的。所用的试剂及电泳槽都需要经过特殊处理的。电泳槽可以不用DEPC处理,因为那样处理是不够干净的,你可以用市售的氯仿仔细擦拭电泳槽,然后再用70%的无RNAase的乙醇再擦拭一遍。这样就省事省钱啦。另外在电泳时可以加入EB来一起跑,跑完后就可以立刻看胶了,也可以另外处理一个托盘来进行RNA电泳的EB染色,要不然没等你跑完你的RNA就没了哦。
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cocacola[使用道具]
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这里有一张RNA的电泳图,你看一下。


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2015-10-9 14:28
28308751.jpg (52.88 KB)
 
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duoduo[使用道具]
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一般的琼脂糖凝胶就可以,不要用TAB 或TBE,最好用MOPS的。其他观点同意。
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ero11[使用道具]
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很高兴有人看过我得帖子,我不巧就是那个白痴。很久没有上来,实在抱歉。
不过可惜的是不是笔误!!!
:“一般的琼脂糖凝胶电泳,注意不要用甲醛变性电泳(又不是做northern,实在没
有必要). 电泳槽注意一定不要用DEPC处理,一定要保证电泳体系中有少量的
RNAase存在.”
我想您没有仔细看我得帖子或者是没有看懂,我把链接再给大家一下,大家可以
仔细看看。
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=1987203&sty=1&tpg=1&age=0')
我不知道这是笔误还是另有道理,为什么要保证电泳体系中有少量的RNAase存在
呢?
在我心目中我得答案是另有道理。呵呵
RNAase的作用是降解RNA,怎么会要保证电泳体系中有少量的RNAase存在?本来提
取RNA的时候就应该严格操作,尽量避免降解。因此,我认为那位师兄说的不对。
您说得很对。 不过提取RNA电泳严格操作,避免降解这部分是对的。 RNA电泳
适合不是抽提RNA的步骤吧。
但是一般琼脂糖电泳都是检测DNA的条带。
???似乎没有这种说法吧!!!
呵呵,你的师兄说的是DNA凝胶电泳吧,因为跑DNA电泳不需要经过特殊处理的。
一般用琼脂糖凝胶来跑RNA只是平常用来快速检测RNA提取的质量及数量的。所用
的试剂及电泳槽都需要经过特殊处理的。电泳槽可以不用DEPC处理,因为那样处
理是不够干净的,你可以用市售的氯仿仔细擦拭电泳槽,然后再用70%的无RNAase
的乙醇再擦拭一遍。这样就省事省钱啦。另外在电泳时可以加入EB来一起跑,跑
完后就可以立刻看胶了,也可以另外处理一个托盘来进行RNA电泳的EB染色,要不
然没等你跑完你的RNA就没了哦。
这位同志说得很正确,我几乎完全同意。不过最后一句实在不敢苟同。 我跑了这
么多次,还教这么多人跑了这么多次没有一次降解的,关键是快速电泳结束,哪
里会那么快降解的。不信自己做个对照实验呵呵。 往往困扰我得是降解的太慢,
影响我对是否有DNA污染的快速判断(紫外比色方法判断实在不准,建议大家慎用

TAE就非常好用了,不用其他buffer
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ero11[使用道具]
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此外,上面那个电泳图非常漂亮和标准,基本上可以认为是不错的RNA了,但是我曾经遇到DNA污染正好被28S掩盖的事情,完成电泳后存图和上面看起来差不多,当然由于是Qiagen盒子提取的,没有5S带。
等电泳结束后将胶放置于薄膜口袋中,过夜,再成像。 发现RNA大部分都降解了,但是却出现了清楚的DNA污染带,位置和28S位置一样。(这个也是RNA电泳需要加DNA marker的原因)
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小野花[使用道具]
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"我不知道这是笔误还是另有道理,为什么要保证电泳体系中有少量的RNAase存在呢?
在我心目中我得答案是另有道理。呵呵"
这位师兄,我比较笨,还是不明白为什么要保证电泳体系中有少量的RNAase存在
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