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标题:【求助】基因拷贝数的计算公式

hold住[使用道具]
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【求助】基因拷贝数的计算公式

相关疾病:
先天性卵巢发育不全综合征
看以往的帖子发现几个关于基因拷贝数的计算公式,不知道到底哪个准确,请战友帮忙解答一下。
1、copies=con.(ng/ul)*6.02*10(23)*10(-9)/660*bases----------DNA,如果RNA把660换345
2、copy数/ul=(OD260值×50×10*-9×测量终体积ul×6.023×10*23)/(660×bp数×样品体积ul)
3、copy数/ul=(浓度μg/ml×10*-9×测量终体积ul×6.023×10*23)/(660×bp数×样品体积ul)
疑问:一、它们的“bp数”是质粒大小和插入片段大小的和吗?(就重组质粒而言)
二、公式1得出的拷贝数是每ul的,还是每ml的?
三、公式2和3的测量终体积和样品体积分别指什么?
四、公式2和3相除得到:浓度μg/ml=OD260值×50,查得(I)DNA样品浓度(ug/ml)=OD260×50×稀释倍数(II)DNA样品浓度(ug/ml)=OD260×50×稀释倍数/1000,不知道哪个正确(本人感觉第一个正确)。这两个公式都与上面得到的结果不一致。
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hold住[使用道具]
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但是那上面说的是引物的算法,我想知道拉出的目的基因的拷贝数
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hyuu[使用道具]
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公式2、3中的OD值和浓度都是针对稀释后的样本。
你查得的公式中的I、II中,浓度是针对稀释前的样本。OD值是针对稀释后的样本。这样就好理解了。
个人感觉I是正确的,II如果成立的话可能还和分光光度计有关。
希望各位战友指正!
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hold住[使用道具]
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可是根据公式2、3计算,推导出浓度(ug/ml)=OD260×50,这与我查的公式I、II都不符合。
还希望多多指教。
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SO2[使用道具]
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实在是复杂了,看得直晕。
DNA的浓度(ng/ul)=A260的OD值*50*稀释倍数。
copies/ul=con.(ng/ul)*6.02*10(23)*10(-9)/660*bases
这个应该是正确的,记住就行了,不必倒来倒去的。
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请问bases是目的基因的长度吗?
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7
 
我用PCR产物做的标准品,没有用质粒,用这个公式也可以吗?
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hold住[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 jude 于 2015-10-9 15:41 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

请问bases是目的基因的长度吗?

你是以PCR产物作标准品,那bases就应该是目的基因的碱基数。
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那我用基因组DNA呢?bases就是整个基因组DNA的碱基数么?
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gogo[使用道具]
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1A260 吸光度值=ds DNA50mg/ml=ss DNA33mg/ml=ss RNA40mg/ml
(OD260) x (dilution factor) x [33 或40或50]/ (1000) = mg/ml
MW = 克/摩尔
1 摩尔= 6.02 x 1023次摩尔分子(拷贝数)
平均分子量(MW):
dsDNA=(碱基数) x (660 道尔顿/碱基)
ssDNA=(碱基数) x (330 道尔顿/碱基)
ssRNA=(碱基数) x (340 道尔顿/碱基)
拷贝数计算公式:
(6.02 x 1023次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml.
例:3000 碱基质粒, 浓度100 ng/ml , MW = 3000 bp x 660 dalton/bp = 1.98 x 106 daltons,1 mol = 1.98 x 106g.
(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (1x 10的-7次克/微升) / (1.98 x 10的6次 克/摩尔) = 3 x 1010次copies/ml.
供学习参考!
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