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标题:【求助】QPCR结果各种不稳定

mickeylin[使用道具]
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【求助】QPCR结果各种不稳定

最近一直在做QPCR,由于基因比较特别,因此,在确定引物上花了好大一番功夫,才找到了一对即没有二聚体,也没有非特异性扩增的引物。一直在扩增上没有什么大问题。
然后,大约1个月没有做实验。
结果,结果现在再做实验时,发现,又出现的头痛的二聚体。不知道是什么原因,换过了酶,重新稀释了引物,连QPCR仪也换过了,还是一样的。为什么隔了一断时间不做之后,扩增的结果就不一样了呢?应该怎么去解决呢?
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ladyhuahua[使用道具]
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1.取员工健康证;2.与工程总监确定无线网具体施工方案。
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wawa[使用道具]
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1.不知道你说有操作不太规范,能不能再具体点呢。
2.我的二聚体一般出现在33个以后。我的基因丰度低,之前检测时候CT值35,36我都接受。这一对引物之前并没有这种情况,到40个循环都没有问题。
3.关于二聚体的判断,我是通过溶解曲线TM来确定的。大约在60多,70多都有,TM位置不是特别的统一。有模板反应中比较厉害。而在水NTC对照里,没有二聚体的。关于污染,我跑过胶,只有二聚体跟目的条带,应该就没有污染了。
下次我把溶解曲线图贴上来,请再帮我看看。谢谢!
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1.关于操作不规范是这样的,比如我们几个同学一起做定量,用的试剂,模板,引物,仪器啊什么都是一样的,但有的同学就能做出引物二聚体,有的就没有,所以说引物应该是没问题的,那不同之处就在于操作。老师说不能操作太暴力,轻柔一点比较好。
2.你的目的基因的丰度太低了,不能加大一些模板量?CT值35,36是不是太靠后了?这样能接受吗?我们这边都得35以前。
3.你的NTC中就是什么扩增?也没有引物二聚体啊?一般如果是引物二聚体,在NTC的融解曲线中看得比较明显,TM值大约在70-78左右。污不污染还是应该看NTC的扩增,量小的话,跑胶是看不出来的。
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duchy[使用道具]
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最近一直在做QPCR,由于基因比较特别,因此,在确定引物上花了好大一番功夫,才找到了一对即没有二聚体,也没有非特异性扩增的引物。一直在扩增上没有什么大问题。
然后,大约1个月没有做实验。
结果,结果现在再做实验时,发现,又出现的头痛的二聚体。不知道是什么原因,换过了酶,重新稀释了引物,连QPCR仪也换过了,还是一样的。为什么隔了一断时间不做之后,扩增的结果就不一样了呢?应该怎么去解决呢?
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不知楼主是如何检测没有引物二聚体等非异性扩增的?如果是普通PCR方法检测的,这就不奇怪了。
1.引物特异性不好。可以从融解曲线及NTC的结果判断,只能是建议重新设计引物了。
2.还要考虑到一点,是否是因为时间过长,模板降解,产生了非特异性扩增。
3.反应条件的调整,二步法,退火温度提高。
4.还要一点,也是很重要的,可以采用特异性好的试剂扩增。Takara有款DRR820,特异性就很好。
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duchy[使用道具]
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头痛
我一般做的是加模板不会有引物二聚体,NTC可能会有引物二聚体。你这种情况是不是该考虑下引物问题,不知道你设计引物的时候有没有进行blast。我目前头疼的是每次细胞做的3个平行本身重复性很差,差异很大,细胞都是用200微升枪头传的孔板,各孔之间的细胞数量应该不会有太大误差了,其他操作都是一样同时进行的,提出来的RNA纯度、浓度也相差不大,反翻转录的RNA总量一样
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1.关于操作不规范是这样的,比如我们几个同学一起做定量,用的试剂,模板,引物,仪器啊什么都是一样的,但有的同学就能做出引物二聚体,有的就没有,所以说引物应该是没问题的,那不同之处就在于操作。老师说不能操作太暴力,轻柔一点比较好。
2.你的目的基因的丰度太低了,不能加大一些模板量?CT值35,36是不是太靠后了?这样能接受吗?我们这边都得35以前。
3.你的NTC中就是什么扩增?也没有引物二聚体啊?一般如果是引物二聚体,在NTC的融解曲线中看得比较明显,TM值大约在70-78左右。污不污染还是应该看NTC的扩增,量小的话,跑胶是看不出来的。
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1.第一点我赞同。有时候不同的人操作,好像结果确实会不太一样。不过,对于这一点我也无法去进行很明显的改进。
2.我的样本量非常少,然后基因的丰度又很低。模板量实在不能再往上加了:我的样本是用Mini Kit抽,加水量是用的最小洗脱量,反转出来的CDNA都不稀释直接上量1ul进行QPCR。有的CT值超过32都认为不能接受。我是想着如果NTC在40个都没有扩增的话,那我就接受35,36.
3.NTC是水扩增,溶解曲线里没有任何产物扩增峰或二聚体峰,电泳没有可见条带。
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ladyhuahua[使用道具]
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1.二聚体扩增,非特异扩增,一般都是从溶解曲线上看的。有时候PCR完了,会跑个胶再看看。
2.第二点很合理。我会重新反转一些CDNA试试。
3.关于反应条件,我现在用的是三步法扩增。感觉会比两步法好一些。园子里,还有推荐用4步法的,据说比三步法的效果更好。
4.谢谢推荐新试剂,其实我也在寻找合适的试剂,不过苦于没有资金支持。目前只用过toyobo,跟roche两个公司的定量试剂。关于DRR820,特异性好的话,会不会扩增效率不高,检测的灵敏度会打折扣呢?有没有什么QPCR试剂是你用过的比较好的?
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ladyhuahua[使用道具]
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对于你的情况我不太了解,你是将细胞进行相同的处理,然后将处理组与对照组进行比较么。
1.我想你不可以用GAPDH做对照,消除细胞数量的因素么?
2.然后QPCR,反应你有没有做过重复,相同的模板相同的反应会不会在不同批次就不一样呢?复孔的重复性还行么?
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ladyhuahua[使用道具]
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这个是之前引物扩增的情况。有一些峰值还是挺低的。不过我觉得特异性还是可以的。


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