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标题:【求助】查找基因序列

gmjghh[使用道具]
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发表于 2015-10-9 16:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】查找基因序列

大家好，我是新手，现在正在设计引物。可是在查找基因序列的时候遇到不少困惑，只好向高手请教了。Disapproved
问题一：我在NCBI－nucleotide上查找某一基因序列时，他给出了该基因所在染色体的所有基因，很辛苦找到了目的基因，他给出了gene、mRNA和CDS的信息，不知有何区别？
问题二：另在NCBI－gene上查到同一基因的mRNA序列，为什么与上途径查到的相差甚远？
问题三：我要找的是小鼠基因，不同的小鼠同一基因序列相差有多远？比如我用FVB鼠的基因序列设计引物，而实际试验中需要扩增的是昆明小鼠或C57BL/6J鼠，试验能做出来吗？
问题四：我查到的mRNA序列为什么没见多聚A尾和鸟苷酸帽子结构，也没见U啊？
问题五：我做的是RT-PCR，设计引物应该是以cDNA为模板，在引物设计软件中导入应该是cDNA序列，但如果查不到怎么办？能输入mRNA吗？
问题六：设计引物时是上下游引物成对设计好，还是分别设计好？如果分别设计，上下游引物PCR的条件不一致，如何平衡呢？引物设计出来如何选择呢？除了评分，还要看那些指标？
问题太多，给各位添麻烦了。
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发表于 2015-10-9 16:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我推荐这用一份详细的基因组用户指南，你仔细读一下会找到你要的答案，实验是在摸索中进步，有时你认为对的，作出来也会存在一定差异，建议你查阅相关文献看看别人用的是哪一段基因，再blast反查
<人类基因组用户指南>
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发表于 2015-10-9 16:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

首先，你要清楚自己提起的是DNA，还是RNA，他们的目的基因是不一样的，DNA是不包括内含子的，相对来说比较短。如果是DNA就找DNA的基因序列，RNA就找RNA的基因序列，他们两个序列是不一样的，RNA序列包括DNA序列。
第二，不同种属的同一基因序列是不一样的，虽然，有时他们有95％，乃至99.9％的同原形性。
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gmjghh[使用道具]
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发表于 2015-10-9 16:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我准备做得是RT-PCR，提取RNA，逆转录为DNA，再PCR，所以我要以cNDA为模板设计引物。但我查到得大多是mRNA序列，但是NCBI上提供得RNA序列很奇怪，为什么有的看不到多聚A尾或G帽子结构，也不见U啊，感到很疑惑。有人说可以直接江mRAN序列输入到PREMIER进行设计，但也有人说不行。
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发表于 2015-10-9 16:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

CDS是ATG到TAA的序列，是编码区。mRNA比CDS长，CDS序列为mRNA序列一部分，这里mRNA序列其实是cDNA序列。
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whitesheep[使用道具]
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发表于 2015-10-9 16:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我准备做得是RT-PCR，提取RNA，逆转录为DNA，再PCR，所以我要以cNDA为模板设计引物。但我查到得大多是mRNA序列，但是NCBI上提供得RNA序列很奇怪，为什么有的看不到多聚A尾或G帽子结构，也不见U啊，感到很疑惑。有人说可以直接江mRAN序列输入到PREMIER进行设计，但也有人说不行。

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这里mRNA序列其实是cDNA序列，当然“不见U”，所以可以直接将序列输入到PREMIER进行设计。
由于全长很难拿到，往往只能获得大部分cDNA序列，所以NCBI上提供的mRNA序列常常“看不到多聚A尾或G帽子结构”。
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gmjghh[使用道具]
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发表于 2015-10-9 16:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

多谢指教。再请问一下，既然CDS是mRNA得一部分，那引物设计是以CDS还是mRNA为模板？两者设计得引物有区别吗？
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