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标题:请教：关于内含子和外显子

椰子叶子[使用道具]
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发表于 2011-9-24 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
建议在intron/exon结合处设计引物以避免DNA的污染问题，这一点我完全同意！我想问的一个问题是：
如果我们需要cDNA的全长扩增时又如何来设计引物呢？那时我们还能够兼顾污染防止的问题吗？

或许在中间设计一个跨越intron/exon的引物（实际上是两个5‘和3’倒置的正向和反向分别合成，序列含一个RE位点），再在两头UTR区合成引物。这样扩增能够覆盖cDNA全长。扩增以后酶切连接就可以得到全长的了。

不过这办法好象是太麻烦了，各位有何高招？
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豆荚[使用道具]
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发表于 2011-9-24 11:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
识别intron/exon的软件基础是根据结合处序列、剪接分支点序列等参数来确定的。我没有特意地去使用过相关软件的这个功能。但是一些好的蛋白质分析软件会有这个功能的，比如EMBOSS软件包。
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DDD[使用道具]
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发表于 2011-9-24 11:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
应该在设计引物时，其中一条引物要跨越一个内含子，即包含两个外显子。
希望对你有帮助

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那这条引物可能象南京长江大桥一样长。
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