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标题:【求助】snp的rs号

superboy[使用道具]
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【求助】snp的rs号

请问各位大侠,能帮忙找一下MDR1基因C3435T的rs号吗?急啊!谢过了。
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superboy[使用道具]
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我的PCR产物一共找到3个SNP位点,即有3个rs码,就是不知道我要研究的
C3435T的rs码及序列。测序出来的结果无法比较啊,真烦!
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ero11[使用道具]
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这个你要把序列自己
到dbsnp库里一个个去比
不一定有3个rs号,有的不一定提交
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woshi[使用道具]
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你的目的基因应该是下面这个吧
ABCB1 Order cDNA clone, Links
Official Symbol ABCB1 and Name: ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 1 [Homo sapiens]
Other Aliases: ABC20, CD243, CLCS, GP170, MDR1, MGC163296, P-gp, PGY1
Other Designations: ATP-binding cassette sub-family B member 1; P glycoprotein 1; P-glycoprotein 1; colchicin sensitivity; doxorubicin resistance; multidrug resistance 1
Chromosome: 7; Location: 7q21.1
C3435T对应的RS number为rs1045642
序列为:CTCACAGTAACTTGGCAGTTTCAGTGTAAGAAATAATGATGTTAATTGTGCTACATTCAAAGTGTGCTGGTCCTGAAGTTGATCTGTGAACTCTTGTTTTCAGCTGCTTGATGGCAAAGAAATAAAGCGACTGAATGTTCAGTGGCTCCGAGCACACCTGGGCATCGTGTCCCAGGAGCCCATCCTGTTTGACTGCAGCATTGCTGAGAACATTGCCTATGGAGACAACAGCCGGGTGGTGTCACAGGAAGAGAT Y GTGAGGGCAGCAAAGGAGGCCAACATACATGCCTTCATCGAGTCACTGCCTAATGTAAGTCTCTCTTCAAATAAACAGCCTGGGAGCATGTGGCAGCCTCTCTGGCCTATAGTTTGATTTATAAGGGGCTGGTTTCCCAGAAGTGAAGAGAAATTAGCAACCAAATCACACCCTTACCTGTATACAAGCATCTGGCCACACTTCCTGTTTGGGTTAGTTGTTACCTTTACCTGATCACCTGACCCTCCTTGTGAG
链接如下:
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?rs=1045642')
补充说明:此处的C3435T 为ABCB1/MDR1基因mRNA position。起始密码子ATG中A为第1位碱基,向下数,第3435位即为你的目的SNP位点rs1045642。
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非常抱歉,具体查找过程非当面演示很难描述清楚,大概的流程如下:
1.在NCBI查找ABCB1 mRNA序列,据C3435T,定位SNP位置。
2.查找ABCB1 DNA 序列,复制SNP位点上下游大概300bp。
3.利用NCBI的SNP Blast工具cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_blastByOrg.cgi')
可将需要的RS Number Blast出来。
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一步一步找找看!
首先在ncbi中gene 中查mdr1gene


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接下来我们看看这个基因的外显子,内含子,以及5‘ 3’侧翼区的情况,哈哈


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下面是重要的,看snp就要点这里,上面的连接是dbsnp库里的东西,还在ncbi里,下面的连接是hapmap里的,也就是单倍型了。


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再接着看,点了上面的链接后,出现这个图,图例显示了SNP的位置信息,而下面的彩色表格中我们可以看到各个外显子的snp信息,红颜色的是有义突变,绿颜色的是无义突变,有rs号,还有频率信息等,很丰富,这些都是经过ncbi的工作人员对所全世界科学家所提交的snp进行过review后确认的参考snp。
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idea2011[使用道具]
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刚才忘记了黏图了,这贴补上,sorry


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