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标题:【求助】基因组DNA提取

eve_49[使用道具]
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郁闷之极,昨天使用TAKARA的试剂盒提取EDTA抗凝血的全基因组DNA后,用分光光度计检测居然和空白对照的结果一样,下面我把相关的情况说一下,希望各位高手能够帮我找找原因。
1.我的血标本保存时间比较长,是在采血后于4度保存了一个星期,然后放置-20度左右冻存了2个月;
2.使用的是takara试剂盒,其中有几步离心的步骤,由于准备不充分,在离心后放置了10-20分钟再进行后续的步骤
3.70%乙醇是临时急配的
4.溶解DNA的是双蒸水
5.提取完毕后溶解之前,我在离心管底感觉隐约是能看到一点沉淀的
......

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1. 保存时间:4度1周,-20度两个月的保存时间算是短的了,而且不会对质量有致命的影响。而且就有些方法而言,冻存一段时间的血液提取起来更方便一些。-30度下保存了3年的血我们提取的效果也还不错。
2.试剂盒的选择:我看了Takara的试剂盒的操作说明,结合我们现在经常用的一些试剂盒,感觉就是怎么这么憋屈!呵呵!一次性处理的血量少不说,还得那么小心翼翼的,郁闷啊,打死偶也不会用这种盒子。推荐Promega的A1120或A1125,原理和Takara的类似,操作无需小心谨慎,我可以免费提供改良版的操作说明,一次可以处理冻存血600-750ul、新鲜血500ul,成功率近乎100%,60ul溶解后的浓度在100-300ng/ul,1.7-1.9之间。或者可以选择过柱子的试剂盒,MN、Qiagen什么的都可以,看你有多少钱了,只是产量低一些。
3.实验过程中有断档,对人血DNA提取来说一般不会有太大的影响,我们经常在加完溶液2后去休息一会,呵呵。当然试剂盒本身决定的。
4.DNA沉淀溶解的溶剂最好用1*TE,pH8.0,利于溶解,而且利于长期保存。双蒸水就不推荐了,问题多多。
5.沉淀能看到的话,那就不算太少了,60ul溶解完全的话,估计在30-50ng/ul。这样的最好用40ul去溶解。我们自己提取时,沉淀大小通常在0.5-1平方毫米左右的面积。
6.对于提血试剂盒,不要拘泥于它的操作说明中的量,有时候里面给的太保守了。
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feixi[使用道具]
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我提的可是冻了半年的血,试用了两个厂家的试剂盒,发现结果都不太好,而且还挺烦琐的,然后就用了二氧化硅法来提,俗称玻璃奶法,效果还不错,你可以试试!
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耽误了一个多月,昨天再次去提DNA 。提取完毕后,在管底可以清晰看到沉淀,加入灭菌水后发现很难溶解,吹打了半天还是能隐约看到絮状的物质,于是只好放4度过夜,今天再去看结果。
看到众位的高见后,发现有提议孵育一段时间促进溶解,但温度不同,有55度、65度、室温还有4度。都不知道该如何选择了。
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另外,我能看到沉淀,但是很难溶解,我分析原因可能有:1.干燥时间过长,我用乙醇清洗后,倒去乙醇,室温下倒置了十几分钟,虽然管壁上还残留一点乙醇,但管底可能干燥过度了。
2.混有蛋白质等杂质,影响溶解。
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iii_ii[使用道具]
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DNA放在4度估计放了24小时,下午过去看,还有一管里能清晰的看到絮状物。我选了两管用分光光度计测了一下,其中一管OD260为0.3312,OD260/OD280为1.0539,另一管OD260才0.001左右(稀释倍数为50倍),再测一次,两管的结果OD260都只有0.003左右了。于是我把DNA放进55度水浴锅中,并不时吹打,之后再去测,发现原先0.001的那管,OD260达到0.3531,OD260/OD280为1.3578,而其他的还是维持原状。后天再去跑电泳看看。
各位高人有何高见啊?
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ujne[使用道具]
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DNA我无论是用酚氯仿提取,还是试剂盒提,都是让提好的DNA 4度过夜充分溶解,有时候要放几天,然后跑个琼脂糖电泳看看。有时都直接做PCR,能扩增出来就是好的,不去管OD值。
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DNA我无论是用酚氯仿提取,还是试剂盒提,都是让提好的DNA 4度过夜充分溶解,有时候要放几天,然后跑个琼脂糖电泳看看。有时都直接做PCR,能扩增出来就是好的,不去管OD值。
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耽误了一个多月,昨天再次去提DNA 。提取完毕后,在管底可以清晰看到沉淀,加入灭菌水后发现很难溶解,吹打了半天还是能隐约看到絮状的物质,于是只好放4度过夜,今天再去看结果。
看到众位的高见后,发现有提议孵育一段时间促进溶解,但温度不同,有55度、65度、室温还有4度。都不知道该如何选择了。
我是刚开始做PCR的新手,针对你上面提出来的问题,我建议你在55度的水浴箱中孵育30分钟左右吧,当你看到絮状物基本消失时再进行下一步操作就行。我自己做的效果还可以。
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不知道你是用的什么离心机?当初我提不出来是用的国产小的离心机,转子半径太小了。换个大离心机,转数大一些,时间长一点。应该能提取出来。按要求,可以看到少量的DNA沉淀,吹打溶解的时候注意别沾在枪头上了。建议别用分光光度计测浓度,现有低灵敏度的不行。跑个胶看看就行了。一般差不多,当然要看你下一步做什么了。
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iii_ii[使用道具]
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我用的是比较大半径的离心机,转速跳到13000rpm。我提取的过程中有一次在异丙醇洗涤后弃上清时就看到絮状DNA被洗起来了,幸好发现,才没被吸掉。
我在考虑,以后弃上清时是不是可以不要弃的太干净,这样可以最大程度的避免丢失。
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