PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】T-PCR法获取目的基因,怎样设计引物

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【求助】T-PCR法获取目的基因,怎样设计引物

dmg[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74197
精华 0
积分 315
帖子 330
信誉分 100
可用分 2457
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-8
状态 离线
1
 

【求助】T-PCR法获取目的基因,怎样设计引物


最近想进行基因克隆,不知道通过RT-PCR法获取目的基因,怎样设计引物。是扩增目的基因的全序列还是部分序列,请不吝赐教。
顶部
dmg[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74197
精华 0
积分 315
帖子 330
信誉分 100
可用分 2457
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-8
状态 离线
2
 

GenBank 找到目的序列,用Primer设计你要的区域
=。
顶部
bring[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74282
精华 0
积分 597
帖子 914
信誉分 100
可用分 5326
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-9
状态 离线
3
 
或者用别人使用过的引物,通过blast检验是否正确.
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
4
 

请明确你的实验目的,是想进行基因克隆,还是检测表达,
如果是进行克隆,那么就应该是扩全长,若是检测就只要扩部分片段,
两者设计引物时,要求完全不同。
引物设计相关精华可参考:
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=708662&sty=1&tpg=1&age=-1')
--------------
你的目的似乎是想扩出目的基因,所以应该是要扩全长。
步骤如下:
1。在genebank中搜到目的基因的全长mRNA序列;
2。确认目的片段的编码序列,也就是CDS;
3。根据CDS,在ATG及终止密码前后的序列来设计最佳引物;
--------------
以TNF为例,谈谈如何搜到目的序列:
首先进入NCBI主页,然后在搜索框中输入“TNF”,数据库选“Gene”;


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:35
55882957.jpg (54 KB)
 
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
5
 

得到搜索结果708个,第一个就是我们要的结果,点击“TNF”。


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:36
85978588.snap.jpg (34.15 KB)
 
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
6
 

进入TNF分子主页面。有关于TNF的详细描述及相关链接。


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:36
29067960.snap.jpg (43.92 KB)
 
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
7
 

往下看,其中就有mRNA和protein的ID,点击mRNA的链接。


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:36
85051791.snap.jpg (40.99 KB)
 
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
8
 
进入以下页面:


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:37
29133152.snap.jpg (46.17 KB)
 
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
9
 

下拉,看其CDS序列,为170—871;
也就是说mRNA全长1669,但编码蛋白质的序列仅仅是从170-871bp处;


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:37
49201690.jpg (80.81 KB)
 
顶部
avi317[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74131
精华 0
积分 566
帖子 811
信誉分 100
可用分 4896
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
10
 

所以我们要扩的TNF是从170-871,
设计引物时可以适当在ATG和TGA前后挪动,以获得最佳引物,但是余地不大。
同时要考虑装到载体上后,密码子不能移位,以确保正确地表达出蛋白。


查看积分策略说明
附件
2015-11-11 21:37
72218608.snap.jpg (68.82 KB)
 
顶部