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标题:【求助】RT-PCR法获取目的基因,怎样设计引物

98776langtao[使用道具]
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【求助】RT-PCR法获取目的基因,怎样设计引物


最近想进行基因克隆,不知道通过RT-PCR法获取目的基因,怎样设计引物。是扩增目的基因的全序列还是部分序列,请不吝赐教。
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ALALA[使用道具]
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GenBank 找到目的序列,用Primer设计你要的区域
=。
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zhenxin[使用道具]
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或者用别人使用过的引物,通过blast检验是否正确。
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pore[使用道具]
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请明确你的实验目的,是想进行基因克隆,还是检测表达,
如果是进行克隆,那么就应该是扩全长,若是检测就只要扩部分片段,
两者设计引物时,要求完全不同。
引物设计相关精华可参考:
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=708662&sty=1&tpg=1&age=-1')
--------------
你的目的似乎是想扩出目的基因,所以应该是要扩全长。
步骤如下:
1。在genebank中搜到目的基因的全长mRNA序列;
2。确认目的片段的编码序列,也就是CDS;
3。根据CDS,在ATG及终止密码前后的序列来设计最佳引物;
--------------
以TNF为例,谈谈如何搜到目的序列:
首先进入NCBI主页,然后在搜索框中输入“TNF”,数据库选“Gene”;


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得到搜索结果708个,第一个就是我们要的结果,点击“TNF”。


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进入TNF分子主页面。有关于TNF的详细描述及相关链接。


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往下看,其中就有mRNA和protein的ID,点击mRNA的链接。


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下拉,看其CDS序列,为170—871;
也就是说mRNA全长1669,但编码蛋白质的序列仅仅是从170-871bp处;


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所以我们要扩的TNF是从170-871,
设计引物时可以适当在ATG和TGA前后挪动,以获得最佳引物,但是余地不大。
同时要考虑装到载体上后,密码子不能移位,以确保正确地表达出蛋白。


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