小中大【求助】我配的10XPCR Buffer怎么了?稳定性?高效率?
最近,小弟做PCR,因模板GC含量高,用TAKARA的GC Buffer扩增效率还可以了,但感觉太贵了,2XGC buffer才1.25ml要60RMB啊,那个黑啊!无法忍受之下,决定自配PCR Buffer。找了两个配方:
1: Mgcl2, Tris-HCL(PH 8.4), KCl, betain(终浓度分别为 15mM, 100mM, 500mM, 1M);
2: Mgcl2, Tris-HCL(PH 8.4), KCl, DMSO(终浓度分别为15mM, 100mM, 500mM, 5%)
捣鼓了半天的瓶瓶罐罐,终于配好了,各配了100ml,各取1ml留用,其它-20冻存。分别标记为 Buffer1 和 Buffer2。好了,下面开始PCR了,头次试验时用了Buffer1, Buffer2,Takara GC Buffer I 做平行比对试验,即PCR体系和PCR程序完全一样,就Buffer不一样。结果如图1所示。从图上可以看出自配Buffer1/2除了扩增效率稍微比GC Buffer差点,其它都OK啊,心里窃喜啊!准备第二天大扩一通!
第二天,以相同的体系,程序和PCR仪器用Buffer 1扩了20个左右的样本(该批样品以前都用GC Buffer扩过,模板没有问题),电泳结果令我沮丧啊,见图2,扩增效率普遍低下,有的泳道有结果,有的没有结果,当时怀疑是不是模板放久了,部分模板降解了,不甘心之余,当即决定加大扩增结果不好的模板的量,降低1度退火温度,而且Buffer1,Buffer2同时上马。
第三天,电泳结果出来了,结果更是奇怪啦,第二天碰到的怪事第三天也碰到了,更奇怪的是,同样的模板,有的Buffer1出来了,Buffer2没有出来,有的则相反!晕菜哦!
从以上三天试验结果可以看出自配PCR Buffer的扩增效率越来越差,稳定性越来越低,这是什么原因造成的呢?需要提出的是,由于个人习惯原因,本人习惯把用完的Buffer -20度保存,下次使用再解冻使用,这样是否会对Buffer的稳定性造成一定的影响,但以前用Takara 的GC Buffer时也是这样做的,也没有发现明显的问题。还有就是这批模板都是人gDNA,其中有手工抽提的也有试剂盒抽提的,但结果没有什么明显不同。
个人觉得是不是PCR Buffer的PH值变化导致Buffer的稳定性和扩增效率都降低?但不至于降得这么快吧?还有就是正常PCR Buffer的PH值是多少啊,有谁知道。
看到有的PCR Buffer 配方中加 Triton X-100,终浓度0.1%,不知道有什么用,个人猜测是利用其变性剂的本质来更好的展开,稳定DNA模板?提高PCR反应效率?
总之,为什么自配的PCR Buffer的稳定性,效率会降低得这么快,还请各位战友多多提提意见,想法什么的啊,欢迎,欢迎,热烈欢迎。