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标题:【求助】我配的10XPCR Buffer怎么了?稳定性?高效率?

xue258[使用道具]
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【求助】我配的10XPCR Buffer怎么了?稳定性?高效率?


最近,小弟做PCR,因模板GC含量高,用TAKARA的GC Buffer扩增效率还可以了,但感觉太贵了,2XGC buffer才1.25ml要60RMB啊,那个黑啊!无法忍受之下,决定自配PCR Buffer。找了两个配方:
1: Mgcl2, Tris-HCL(PH 8.4), KCl, betain(终浓度分别为 15mM, 100mM, 500mM, 1M);
2: Mgcl2, Tris-HCL(PH 8.4), KCl, DMSO(终浓度分别为15mM, 100mM, 500mM, 5%)
捣鼓了半天的瓶瓶罐罐,终于配好了,各配了100ml,各取1ml留用,其它-20冻存。分别标记为 Buffer1 和 Buffer2。好了,下面开始PCR了,头次试验时用了Buffer1, Buffer2,Takara GC Buffer I 做平行比对试验,即PCR体系和PCR程序完全一样,就Buffer不一样。结果如图1所示。从图上可以看出自配Buffer1/2除了扩增效率稍微比GC Buffer差点,其它都OK啊,心里窃喜啊!准备第二天大扩一通!
第二天,以相同的体系,程序和PCR仪器用Buffer 1扩了20个左右的样本(该批样品以前都用GC Buffer扩过,模板没有问题),电泳结果令我沮丧啊,见图2,扩增效率普遍低下,有的泳道有结果,有的没有结果,当时怀疑是不是模板放久了,部分模板降解了,不甘心之余,当即决定加大扩增结果不好的模板的量,降低1度退火温度,而且Buffer1,Buffer2同时上马。
第三天,电泳结果出来了,结果更是奇怪啦,第二天碰到的怪事第三天也碰到了,更奇怪的是,同样的模板,有的Buffer1出来了,Buffer2没有出来,有的则相反!晕菜哦!
从以上三天试验结果可以看出自配PCR Buffer的扩增效率越来越差,稳定性越来越低,这是什么原因造成的呢?需要提出的是,由于个人习惯原因,本人习惯把用完的Buffer -20度保存,下次使用再解冻使用,这样是否会对Buffer的稳定性造成一定的影响,但以前用Takara 的GC Buffer时也是这样做的,也没有发现明显的问题。还有就是这批模板都是人gDNA,其中有手工抽提的也有试剂盒抽提的,但结果没有什么明显不同。
个人觉得是不是PCR Buffer的PH值变化导致Buffer的稳定性和扩增效率都降低?但不至于降得这么快吧?还有就是正常PCR Buffer的PH值是多少啊,有谁知道。
看到有的PCR Buffer 配方中加 Triton X-100,终浓度0.1%,不知道有什么用,个人猜测是利用其变性剂的本质来更好的展开,稳定DNA模板?提高PCR反应效率?
总之,为什么自配的PCR Buffer的稳定性,效率会降低得这么快,还请各位战友多多提提意见,想法什么的啊,欢迎,欢迎,热烈欢迎。


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图2见这里


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图三在此


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配方是不是太简单了,以你的配方根本不用自己配PCR的反应buffer,在普通的PCR buffer中添加DMSO和甜菜碱至希望的浓度就好了。提供另外一个配方,好像(NH4)2SO4貌似比较重要的说:
Reaction buffer GC-rich (10x): 1.2 M Tris-HCl (pH 8.0); 100 mM KCl; 60 mM (NH4)2SO4; 1% Triton X-100; 0.01% BSA. Plus an extra Tube of: 25 mM MgCl2
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你提供的思路也很不错,直接在普通PCR buffer中加DMSO或者甜菜碱至希望浓度就OK了,回头试试,反正买酶时附赠的普通PCR buffer不少。
不过,上面提到的自配PCR Buffer配方虽然简单,初次使用时还是确实有效啊,只是稳定性差了点,估计是还差了点什么东西。今天问了下同事,他提到了叠氮钠可以维持起到维持溶液稳定性的作用。刚刚查了下,一看,剧毒物质,堪比氰化物,还可通过空气和皮肤接触传播,顿时就没兴趣了,小命要紧啊。
还有bioyanfei战友提供的配方中也有 Triton X-100,你知道为什么要用它吗?
有没有自己配过PCR Buffer经验的,而且配制的Buffer确实管用的战友啊,介绍点经验,提供点建议啊!
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Triton X-100本身就是一个温和的非离子去污剂,一般使用浓度为1%,增加蛋白溶解性.它在PCR反应体系中的作用我不是很清楚,但是不是可能与Taq酶的反应活性相关呢?聚合酶的一个重要特性是进行性(processivity), 即一次结合事件中聚合酶向前聚
合单核苷酸而不解离的概率. DNA聚合酶的进行性通常不超过40 个核苷酸 聚合酶在延伸数十个单核苷酸后即会游离下来, 由新的酶继续工作。即便是进行性很低的聚合酶, 若提高其浓度, 便可通过多次结合提高延伸的平均长度, 也即增加聚合酶浓度可增加酶与PTJ的结合次数(即便聚合酶易游离下来). 因此可能PCR增强剂的作用是不是更倾向于提供一种相对更为稳定的反应体系,稳定多循环过程中聚合酶的聚合和解离作用对酶活性的影响。
只是推测,出错不管呀,呵呵!:-)
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搞到一个解释,你参考参考!
多重PCR反应中关键因素与实验步骤
作者:佚名 来源:生物秀 时间:2007-9-9
PCR 缓冲液( Kcl )的浓度 . PCR 缓冲液的比较 (Step 5, B–D).
KCl 或 PCR 缓冲液浓度 . 提高 PCR 缓冲液的浓度为 2x (或仅将 KCl 的浓度增加到 100mM )可以提高多重 PCR 的效率
(Figure 4d 及 Figure 3, d–f) ,这种调节作用比调节 DMSO ,甘油或 BSA
更重要。通常产生长片断扩增产物的引物在低盐浓度下扩增结果更好,而产生短片断扩增产物的引物在高盐浓度下扩增结果更好,高盐浓度会使长片断扩增产物难于变性解链 (
比较 Figure 4d 中 0.4x 缓冲液与 2.8x 缓冲液 ) 。例如, sY94 引物对 ( 熔点为 58 ℃ ) 在缓冲液的浓度为 0.8x
时扩增效果优于 sY88 引物对 ( 熔点为 58 ℃ ) 和 sY151 引物对 ( 熔点为 52 ℃ ) ,但在高的盐浓度条件下, sY94
引物对的扩增效果无明显优势。合适的缓冲液浓度可以克服产物大小和 GC 含量等因素的影响。
PCR 缓冲液的比较 . 我们还比较了原先提到的被称为 DMD 的多重 PCR 缓冲液 Devil 和相对简单的 KCl 缓冲液在多重 PCR 反应中的差异。 5x
的 DMD 缓冲液含有 83 mM(NH 4 ) 2 SO 4 , 335 mM Tris-HCl (pH8.8), 33.5 mM MgCl 2 , 50
mM β -mercaptoethanol (β-巯基乙醇)和 850 μ g/mL BSA ,缓冲液 DMD 的使用终浓度为 1x ,与 10% DMSO 和
1.5 mM each dNTP 同时使用 (1,2,4) 。实验表明用 1.6x 的常规 KCl 缓冲液比用 DMD 缓冲液扩增 DMD 基因 ( 引物混合物
X-1) 效果更好,明显见到更多的 PCR 产物 (Figure 4e) 。实验结果使用病人的 DNA 样品做了十二次重复,重复性很好。 KCl
缓冲液相对简单,便于调节和优化实验。低 dNTP 浓度时 Taq DNA 聚合酶的保真性更高 (9) 。使用 KCl 缓冲液(要求更少的 dNTP )有利于对
PCR 产物做进一步的突变分析。
模板 DNA 的量和 Taq DNA 聚合酶 ( 步骤 5, A 和 D). 当每 25 μ L 反应体积中 DNA 的模板量为 30ng 到 500ng
时,混合物 Y-3* 未表现出明显差异 (Figure 4f) ,然而当模板量低于 30ng 时,某些 PCR 产物的量会减少。当模板量很低时( pg 级的
DNA ),扩增的效率与特异性可以通过进一步降低退火温度来优化,有时甚至要降低 10 ℃ –12 ℃(数据未显示)。使用引物混合物 Y-3(Figure 5a)
来测试不同 Taq DNA 聚合酶的浓度 (Perkin-Elmer) 。 Taq DNA 聚合酶的最适浓度为每 25 μ L 反应体积中 0.4 μ L 或
2U 。也许是由于 Taq DNA 聚合酶中甘油浓度过高,加入过多的 Taq DNA 聚合酶会导致不同基因扩增不平衡及背景的轻微增高。在 1.6xPCR
缓冲液中使用自制的五种不同来源的 Taq DNA 聚合酶(每 25 μ L 反应体积中加入 2U )对 Y-4 引物混合物的反应体系扩增得到了相似的结果
(Figure 5b) 。
佐剂的使用: DMSO, 甘油 , BSA (Step 5E). 许多作者建议使用浓度范围为 5%–10% (v/v) 的 DMSO
和甘油来改善扩增的效率(提高产物量)和特异性(没有非特异性产物) (9) 。然而在多重反应中, DMSO 的使用会给出矛盾的结果。例如, 5% DMSO
增加了某些基因的产物量,减少了另一些基因的产物量,而对某些基因却没有任何影响 (Figure 5c) 。使用 5% 的甘油也得到了相似的结果。因此, DMSO
和甘油的调节对实验结果的影响要根据具体的实验来摸索。加入浓度达 0.8 μ g/ μ L BSA (比以前描述得更高)比加入 DMSO 和甘油更能提高 PCR
扩增的效率。 BSA 对任何基因的扩增都未产生抑制作用。
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你找到的关于 多重PCR的东东,我也看过,当时没有怎么仔细看,今天仔细看了下,发现其中这个关于
“合适的缓冲液浓度可以克服产物大小和 GC 含量等因素的影响”的结论很有意思,按照这个结论,只要适当调节PCR Buffer的浓度,用普通Buffer也可以有效的扩增高GC含量的模板,可以测试一下。
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ero11[使用道具]
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体系调整的怎么样效果何如?
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