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标题:【求助】△△Ct法相对定量的统计问题？

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发表于 2015-12-4 10:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】△△Ct法相对定量的统计问题？


我最近用SYBR GREEN △△Ct法做相对定量，不知道统计时T test 应该直接用△Ct，还是用2^－△Ct。
看到一般文章中都没有写。我本来以为两者检验出来应该一致，但实际上，我其中有一组数据用△Ct检验有差异，但是用2^－△Ct比较竟然变成没有差异！
不知道确切的应该用什么统计呢？
谢谢大家！
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发表于 2015-12-4 10:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这位同仁，我现在也是遇到了跟你一样得问题。你的△Ct值是计算了某个基因的Ct的均值然后减去内参基因Ct均值这样算的吧，你用的是student双侧t检验吧？你的fold change值大概是多少？
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发表于 2015-12-4 10:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 vera+ 于 2015-12-4 10:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

这位同仁，我现在也是遇到了跟你一样得问题。你的△Ct值是计算了某个基因的Ct的均值然后减去内参基因Ct均值这样算的吧，你用的是student双侧t检验吧？你的fold change值大概是多少？ ...

我的Ct值是试验组Ct的均值然后减去内参基因Ct均值，用student双侧t检验。主要是因为直接用△Ct值统计，方差齐性，有统计学意义，而用2^－△Ct值检验，由于数值变小，方差不齐，结果就没有统计学意义，郁闷呀！
本来看看结果是有差异的呀。
请高手指点一下！谢了！
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发表于 2015-12-4 10:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我做的是SYBR相对定量PCR, 关于结果的统计也遇到这个问题了, 是使用△Ct值来统计分析吗? 这种相对定量的不是用△△Ct法的吗?请问eyedrop,你的△△Ct值是用什么方法分析的呢?秩和检验吗?
ABI7500 SDS分析软件会自动出来柱状图, 对结果分析有什么用吗? 谢谢!
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发表于 2015-12-4 10:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我觉得应该还原成2的指数来统计比较好,这样cv比较小.
直接用ct值算cv大.
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发表于 2015-12-4 10:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我在一篇文献中也看到确实应该用2^－△Ct进行T检验。所以准备增加样本数再进行统计了。
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发表于 2015-12-4 10:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

T test 和方差分析都是有前提的：正态分布以及方差齐性。
相对表达量值是相对数，应该做对数转换后才进行统计检验。
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=185&id=10023110&sty=1')
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发表于 2015-12-4 10:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果你做的是相对定量，应该用2- △△Ct的值来做t检验。
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发表于 2015-12-4 10:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

实时 PCR 最终分析的是阈值循环或 C 。 C T 值通过 PCR 信号的对数值和循环数来确定。 因此 C T 值是一个指数而非线性概念 。因此，在任何统计分析中都不要用原始的 C T 值来表示结果。正如我们在前文中所描述的一样， PCR 相对量通常和内标和参照样本一起计算而很少直接用 C T 值来表示，除非我们想检验重复样本之间的差别。为了向大家显示这一点，我们用 SYBR Green 通过 real-time PCR 来检测相同 cDNA 的 96 个重复反应。所有反应组分在同一管中混好后分装到 96 个管中，做实时 PCR 分析，得到了每一个样本的 C T 值。为了比较样品间变化，计算了 96 个样本的平均 ±SD ，如果通过原始 C T 值计算，平均 ±SD 是 20.00±0.193 ， CV 为 0.971% 。但是如果把原始 Ct 值用 2 -CT 转化成线性形式，平均 ±SD 是 9.08 × 10 -7 ±1.33 × 10 -7 ， CV 为 13.5 ％。从这个简单的例子我们可以看出，通过原始 CT 值来反映变化是错误的，应该避免。用 2 -CT 将单个数据转化成线性形式来说明重复样本之间的变化和差异更准确可靠。
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 小中大

请问一下7300定量机器下作统计，用样品之间作差还是样品内部做差呢？
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